Job Description P31455 Confidence 99.86% Date Thu Jan 5 11:47:46 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 315 % Identity 12% Template c2j04B_ PDB info PDB header:transcription Chain: B: PDB Molecule:ydr362cp; PDBTitle: the tau60-tau91 subcomplex of yeast transcription factor2 iiic Resolution 3.2 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.		.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.
Query SS confidence																																																																	.
Query Sequence		P	V	L	Y	Q	D	R	A	M	K	Q	I	T	F	A	P	R	N	H	L	L	T	N	T	N	T	W	T	P	D	S	Q	W	L	V	F	D	V	R	P	S	G	A	S	F	T	G	E	T	I	E	R	V	N	I	H	T	G	E	V	E	V	I	.	Y	R	A	S	Q	G	A	H	V	G	V	V	T	V	H	P
Query Conservation																																																																	.
Alig confidence																								.	.	.	.																			.	.	.	.																.
Template Conservation																								.	.	.	.																			.	.	.	.
Template Sequence		R	G	F	I	Y	N	V	G	G	T	D	I	A	W	L	N	I	E	E	N	T	D	.	.	.	.	I	G	K	D	I	Q	Y	L	A	V	A	V	S	Q	S	S	C	I	.	.	.	.	Q	I	F	K	M	N	T	S	T	L	H	C	V	K	V	Q	T	I	V	H	S	F	G	E	V	W	D	L	K	W	H	E
Template Known Secondary structure														S									S	.	.	.	.	S		S	S															.	.	.	.							T	T	T															S								S
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.																			.	.	.	.
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.					.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.					.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		83	.	.	.						.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	E	K	.	.	.	.	.	Y	V	F	I	H	G	P	E	N	P	D	E	T	W	H	Y	D	F	H	H	R	R	G	V	I	V	E	G	G	K	M	S	N	L	D	A	M	D	I	T	A	P	Y	T	P	G	V	L	R	G	G	S	H	V	H	V	F	S	P	N	G	E	R	V	S	F	T	Y	N	D	H
Query Conservation						.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		G	C	H	A	P	H	L	V	G	C	L	S	F	V	S	Q	E	G	T	I	N	F	L	E	I	I	D	N	A	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	H	V	F	K	M	C	E	K	P	S	L	T	L	S	L	A	D	S	L	I	T	T	F	D	F	L	S	P	T	T	.	V	V	C	G	F	K	N	G
Template Known Secondary structure		S				S	S	S	S								T	T	S											S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S							S		S						T	T	T								S	S	S	S		.						T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
		374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.										.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.		.	.	.	.	440	.	.	.
		158	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.		.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.
Query SS confidence																				.
Query Sequence		V	M	H	E	L	D	P	A	L	D	L	R	N	V	G	V	A	A	.	P	F	G	P	V	N	V	Q	K	Q	H	P	R	E	Y	S	G	S	H	W	C	V	L	V	S	K	T	T	P	T	P	Q	P	G	S	D	E	I	N	R	A	Y	E	E	G	W	V	G	N	H	A	L	A	F	I	G	D	T	L	S	P
Query Conservation																				.
Alig confidence																				.																	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	V	A	E	F	D	L	T	D	P	E	V	P	S	F	Y	D	Q	V	H	D	S	Y	I	L	S	V	S	T	A	Y	S	D	F	E	.	.	.	D	T	V	V	S	T	V	A	V	D	G	Y	F	Y	I	F	N	P	K	D	I	A	T	T	K	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T	B		S	S		S						S	S	S											T	T	S	.	.	.									T	T	S							G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.				.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	E	K	V	P	E	L	F	I	V	E	L	P	Q	D	E	A	G	W	K	A	A	G	D	A	P	L	S	G	T	E	T	T	L	P	A	P	P	R	G	V	V	Q	R	R	L	T	F	T	H	H	R	A	Y	P	G	L	V	N	V	P	R	H	W	V	R	C	N	P	Q	G	T	Q	I	A	F	L	M	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	S	R	F	R	G	S	N	L	V	P	V	V	Y	C	P	Q	I	Y	S	Y	I	Y	S	D	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S			S								T	T	T	T							S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																								506	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.		.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	N	G	I	V	Q	L	W	L	I	S	P	Q	G	G	E	P	R	Q	L	T	H	N	K	T	D	I	Q	S	A	F	N	W	H	P	S	G	E	W	L	G	F	V	L	.	D	N	R	I	A	C	A	H	A	Q	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																															.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.																																							.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.
Template Sequence		A	S	S	.	.	.	.	L	R	A	V	P	S	R	A	A	F	A	V	H	P	L	V	S	R	E	T	T	I	T	A	I	G	V	S	R	L	H	P	M	V	L	A	G	S	A	D	G	S	L	I	I	T	N	A	A	R	R	L	L	H	G	I	Q	K	S	L	R	L	W	K	W	D	Y	S	I	K	D	D	K
Template Known Secondary structure		S	S		.	.	.	.						T	T		T	T									S	S									S	S			B						T	T	T						B	S		S	S	T	T	T												B			S	S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.
Template SS confidence
		532	.	.					.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.
			374	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.				.	.	.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure		.																								.	.	.							.
Query SS confidence		.																								.	.	.							.
Query Sequence		.	E	V	E	Y	L	T	E	H	H	A	N	S	P	S	A	D	A	V	V	F	S	P	D	.	.	.	G	Q	W	L	A	W	.	M	E	G	G	Q	L	W	I	T	E
Query Conservation		.																								.	.	.							.
Alig confidence		.																								.	.	.							.
Template Conservation
Template Sequence		Y	R	I	D	S	S	Y	E	V	Y	P	H	G	I	N	I	T	C	T	K	W	N	E	T	S	A	G	G	K	C	Y	A	F	S	N	S	A	G	L	L	T	L	E	Y
Template Known Secondary structure																S									S	T	T	T	T	T							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		614	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low