Job Description P21165 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:53 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 383 % Identity 15% Template c3cb5A_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:fact complex subunit spt16; PDBTitle: crystal structure of the s. pombe peptidase homology domain of fact2 complex subunit spt16 (form a) Resolution 2.05 Å

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		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.					.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.	.	.
Query Sequence		K	N	H	I	A	T	L	Q	E	R	T	R	D	A	L	A	R	F	K	L	D	A	L	L	I	H	S	G	E	L	F	N	V	F	L	D	.	.	.	.	D	H	P	Y	P	F	K	V	N	P	Q	F	K	A	W	V	P	V	T	Q	V	P	N	C	W	L	L	V	D	G	V	N	K	P	K	L	W	F	Y	L
Query Conservation																																						.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.					.																.
Template Conservation																																														.																.
Template Sequence		E	I	T	F	H	K	R	L	G	I	L	L	T	S	W	K	N	E	E	D	G	K	T	L	F	Q	D	C	D	S	I	L	V	T	V	G	A	H	D	D	T	N	P	Y	.	Q	K	S	T	A	L	H	T	W	L	L	G	Y	E	F	.	P	S	T	L	I	L	L	E	K	H	R	I	T	I	L	T	S	V	N
Template Known Secondary structure																		S							T	S	T	T		S								S			T	T				.												S	S			.	S	S							S	S
Template Predicted Secondary structure																																														.																.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.		.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.		.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110				.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.											.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.
Predicted Secondary structure																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	D	Y	W	H	N	V	E	P	L	P	T	S	F	W	T	E	D	V	E	V	I	A	L	P	.	.	.	K	A	D	G	I	G	S	L	L	P	A	A	R	G	N	I	G	Y	I	G	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	E	R	A	L	Q	L	G	I	E	A	S	N	I	N	P	K	G	V
Query Conservation																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	N	X	L	T	K	L	A	E	T	K	G	A	A	A	D	V	N	I	L	K	R	T	K	D	A	E	E	N	K	K	L	F	E	K	I	I	E	Y	I	R	A	T	N	K	K	V	G	V	F	P	K	D	K	T	Q	G	K	F	I	N	E	W	D	S	I	F	E	P	V	K	S	E	F	N	L	V	D	A
Template Known Secondary structure							G	G	G	G	S		T	T		S	S									S																		T	T	T	S						T	T					S											G	G	G	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
		152	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.																								.
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	Y	L	H	Y	Y	R	S	F	K	T	E	Y	E	L	A	C	M	R	E	A	Q	K	M	A	V	N	G	H	R	A	A	E	E	A	F	R	S	G	M	S	E	F	D	I	N	I	A	Y	L	T	A	T	G	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	G	L	A	K	C	L	A	I	K	D	E	Q	E	L	A	N	I	K	G	A	S	R	V	S	V	A	V	X	S	K	Y	F	V	D	E	L	S	T	Y	I	D	Q	G	K	K	I	T	H	S	K	F	S	D	Q	X	E	S	L	I	D	N	E	A	F	F	Q	T	K	S	L	K	L	G	D	I	D	L	D
Template Known Secondary structure											S																																		T	T				B											G	G	G		T	T	G	G	G		S	S	S			T	T			G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	T	D	V	P	Y	S	N	I	V	A	L	N	E	H	A	A	V	L	H	Y	T	K	L	D	H	Q	A	P	E	E	M	R	S	F	L	L	D	A	G	A	E	Y	N	G	Y	A	A	D	L	T	R	T	W	S	A	K	S	D	N	D	Y	A	Q	L	V	K	D	V	N	D	E	Q	L	A	L	I	A	T	M
Query Conservation
Alig confidence																								.
Template Conservation																								.
Template Sequence		Q	L	E	W	C	Y	T	P	I	I	Q	S	G	G	S	Y	D	L	K	P	S	A	.	I	T	D	D	R	N	L	H	G	D	V	V	L	C	S	L	G	F	R	Y	K	S	Y	C	S	N	V	G	R	T	Y	L	F	D	P	D	S	E	Q	Q	K	N	Y	S	F	L	V	A	L	Q	K	K	L	F	E	Y	C
Template Known Secondary structure		G				S	S						B	T	T	B				S	T	T		.				S	S	B			S	S											T	T												S
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.		.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	G	V	S	Y	V	D	Y	H	I	Q	F	H	Q	R	I	A	K	L	L	R	K	H	Q	I	I	T	D	M	S	E	E	A	M	V	E	N	D	L	T	G	P	F	M	P	H	G	I	G	H	P	L	G	L	Q	V	H	D	V	A	G	F	M	Q	D	D	S	G	T	H	L	A	A	P	A	K	Y	P	Y
Query Conservation
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	D	G	A	V	I	G	D	I	Y	T	K	I	L	G	L	I	R	A	K	R	P	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	P	N	F	V	R	N	L	G	A	G	I	G	I	E	F	R	E	S	S	L	L	V	N	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure			T	T		B																	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	B		S							S	S	S	S		B	G	G	G			S	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
		369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	R	C	T	R	I	L	Q	P	G	M	V	L	T	I	E	P	G	I	Y	F	I	E	S	L	L	A	P	W	R	E	G	Q	F	S	K	H	F	N	W	Q	K	I	E	A	L	K	P	F	G	G	I	R	I	E	D	N	V	V	I	H	E	N	N	V	E	N	M	T	R	D	L	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	N	P	R	V	L	Q	A	G	X	T	L	N	L	S	I	G	F	G	N	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	P	H	P	K	N	S	Q	S	K	E	Y	A	L	L	L	I	D	T	I	Q	I	T	R	S	D	P	I	V	F	T	D	S	P	K
Template Known Secondary structure		.	.				B			T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S			T	T	S		S														S	S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.																.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430