Job Description P21165 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:37:53 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 373 % Identity 16% Template c3bitA_ PDB info PDB header:transcription Chain: A: PDB Molecule:fact complex subunit spt16; PDBTitle: crystal structure of yeast spt16 n-terminal domain Resolution 1.90 Å

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		5	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	S	L	Y	K	N	H	I	A	T	L	Q	E	R	T	R	D	A	L	A	R	F	K	L	D	A	L	L	I	H	S	G	E	L	F	N	V	F	L	D	D	H	P	Y	P	F	K	V	N	P	Q	F	K	A	W	V	P	V	T	Q	V	P	N	C	W	L	L	V	D	G	V	N	K	P	K	L	W	F	Y	L
Query Conservation
Alig confidence																			.	.																.	.	.	.	.																						.
Template Conservation																			.	.																.	.	.	.	.																						.
Template Sequence		F	D	V	F	K	K	R	I	E	L	L	Y	S	K	Y	N	E	.	.	F	E	G	S	P	N	S	L	L	F	V	L	G	S	S	.	.	.	.	.	N	A	E	N	P	Y	Q	K	T	T	I	L	H	N	W	L	L	S	Y	E	F	.	P	A	T	L	I	A	L	V	P	G	K	V	I	I	I	T	S	S	A
Template Known Secondary structure																G	G	G	.	.	S	T	T			S								S		.	.	.	.	.		T	T	S	T	T												S	S			.	S	S							T	T
Template Predicted Secondary structure																			.	.																.	.	.	.	.																						.
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.			.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.						40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60		.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.											110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.										.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	V	D	Y	W	H	N	V	E	P	L	P	T	S	F	W	T	E	D	V	E	V	I	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	A	D	G	I	G	S	L	L	P	A	A	R	G	N	I	G	Y	I	G	P	V	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	R	A	L	Q	L	G	I	E	A	S	N
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	A	K	H	L	Q	K	A	I	D	L	F	K	D	P	E	S	K	I	T	L	E	L	W	Q	R	N	N	K	E	P	E	L	N	K	K	L	F	D	D	V	I	A	L	I	N	S	A	G	K	T	V	G	I	P	E	K	D	S	Y	Q	G	K	F	X	T	E	W	N	P	V	W	E	A	A	V	K	E	N	E
Template Known Secondary structure							T	T					T	T	S	T	T		S										T	T																					S						T	T					S																		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	N	P	K	G	V	I	D	Y	L	H	Y	Y	R	S	F	K	T	E	Y	E	L	A	C	M	R	E	A	Q	K	M	A	V	N	G	H	R	A	A	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	F	R	S	G	M	S	E	F	D	I	N	I	A	Y	L	T	A	T	G
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	N	V	I	D	I	S	L	G	L	S	K	V	W	E	V	K	D	V	N	E	Q	A	F	L	S	V	S	S	K	G	S	D	K	F	X	D	L	L	S	N	E	X	V	R	A	V	D	E	E	L	K	I	T	N	A	K	L	S	D	K	I	E	N	K	I	D	D	V	K	F	L	K	Q	L	S	P	D	L	S
Template Known Secondary structure															S		S																																	T	T				B											G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.											.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	R	D	T	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	Y	S	N	I	V	A	L	N	E	H	A	A	V	L	H	Y	T	K	L	D	H	Q	A	P	E	E	M	R	S	F	L	L	D	A	G	A	E	Y	N	G	Y	A	A	D	L	T	R	T	W	S	A	K	S	D	N	D	Y	A	Q	L	V	K	D
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	C	P	P	N	Y	K	F	N	F	D	L	L	D	W	T	Y	S	P	I	I	Q	S	G	K	K	F	D	L	R	V	S	A	R	S	T	N	D	Q	L	Y	G	N	G	C	I	L	A	S	C	G	I	R	Y	N	N	Y	C	S	N	I	T	R	T	F	L	I	D	P	S	E	E	X	A	N	N	Y	D	F
Template Known Secondary structure		T	T	S		T	T	S				G	G	G				S	S							S	S					S	T	T					S	S	B				S												T	T												S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		277	.	.	280	.	.	.	.	.		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure											.
Query SS confidence											.
Query Sequence		V	N	D	E	Q	L	A	L	I	.	A	T	M	K	A	G	V	S	Y	V	D	Y	H	I	Q	F	H	Q	R	I	A	K	L	L	R	K	H	Q	I	I	T	D	M	S	E	E	A	M	V	E	N	D	L	T	G	P	F	M	P	H	G	I	G	H	P	L	G	L	Q	V	H	D	V	A	G	F	M	Q	D	D
Query Conservation											.
Alig confidence											.																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	T	L	Q	K	E	I	V	T	N	I	L	K	P	G	R	T	P	K	E	V	Y	E	S	V	I	E	Y	I	E	K	T	K	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	V	P	N	F	T	K	N	I	G	S	L	I	G	L	E	F	R	D	S	N	F	I	L	N	V	K
Template Known Secondary structure													T			T	T																			G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	B		S							S	S	S	S	S		T	T	S	B	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
		356	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.							.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	G	T	H	L	A	A	P	A	K	Y	P	Y	L	R	C	T	R	I	L	Q	P	G	M	V	L	T	I	E	P	G	I	Y	F	I	E	S	L	L	A	P	W	R	E	G	Q	F	S	K	H	F	N	W	Q	K	I	E	A	L	K	P	F	G	.	.	.	.	.	.	G	I	R	I	E	D	N	V	V	I	H
Query Conservation																																																																	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	R	K	I	Q	R	G	D	C	F	N	I	S	F	G	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	L	K	D	S	Q	S	A	N	N	Y	A	L	Q	L	A	D	T	V	Q	I	P
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S					T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	T
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		383															.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		430	.				.	.	.	.	.	.	.	.	440	.
Predicted Secondary structure				.	.	.
Query SS confidence				.	.	.
Query Sequence		E	N	.	.	.	N	V	E	N	M	T	R	D	L	K
Query Conservation				.	.	.
Alig confidence				.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	D	E	T	E	P	P	R	F	L	T	N	Y	T	K
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	S					S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.