Job Description P06971 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:59:36 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 561 % Identity 20% Template c3efmA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:ferric alcaligin siderophore receptor; PDBTitle: structure of the alcaligin outer membrane recepteur faua from2 bordetella pertussis Resolution 2.33 Å

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		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	Q	E	S	A	W	G	P	A	A	T	I	A	A	R	Q	S	A	T	G	T	K	T	D	T	P	I	Q	K	V	P	Q	S	I	S	V	V	T	A	E	E	M	A	L	H	Q	P	K	S	V	K	E	A	L	S	Y	T	P	G	V	S	V	G	T	R	G	A	S	N	T	Y	D	H	L	I	I	R	G	F	A
Query Conservation
Alig confidence																																																																								.	.
Template Conservation																																																																								.	.
Template Sequence		E	I	S	D	L	T	E	G	T	N	A	Y	T	T	E	A	M	S	T	A	T	G	L	T	L	S	P	R	E	T	P	Q	S	V	S	V	V	T	R	Q	Q	I	E	D	Q	G	L	T	D	T	G	A	I	L	A	T	A	P	G	I	S	V	T	R	S	D	S	N	R	Y	.	.	S	F	S	A	R	G	F	T
Template Known Secondary structure								T	T	S			S	S		S		B		T	T	T	S	S		B		G	G	G		S	S													T	T			B							T	S	T	T						T	T	S	S	S		.	.					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																								.	.
Template SS confidence
		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90			.	.	.	.	.	.	.	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150				.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.
Query Sequence		A	E	G	Q	S	Q	N	N	Y	L	N	G	L	K	L	Q	G	N	F	Y	N	.	.	.	D	A	V	I	D	P	Y	M	L	E	R	A	E	I	M	R	G	P	V	S	V	L	Y	G	K	S	S	P	G	G	L	L	N	M	V	S	K	R	P	T	T	E	P	L	K	E	V	Q	F	K	A	G	T	D	S	L
Query Conservation																							.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.															.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.
Template Sequence		I	D	N	.	.	.	.	F	Q	F	D	G	L	V	S	P	I	L	S	Q	W	N	Y	G	S	T	D	M	D	A	A	I	Y	D	H	V	E	I	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	S	G	N	P	S	A	A	V	N	F	V	R	K	R	P	L	R	E	F	A	A	T	F	N	A	S	V	G	S	W	D	Y
Template Known Secondary structure					.	.	.	.				T	T						S	G	G	G		T	T	G	G	G		B	G	G	G									S								B			S	S												S	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.
Template SS confidence
		99	100	.					.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	Q	T	G	F	D	F	S	D	S	L	D	D	D	G	V	Y	S	Y	R	L	T	G	L	A	R	S	A	N	A	Q	Q	K	G	S	E	E	Q	R	Y	A	I	A	P	A	F	T	W	R	P	D	D	K	T	N	F	T	F	L	S	Y	F	Q	N	E	P	E	T	G	Y	Y	G	W	L	P	K	E	G	T	V
Query Conservation
Alig confidence																												.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	R	G	D	A	D	I	S	V	P	I	T	E	D	G	R	I	R	S	R	L	V	A	A	Y	S	.	.	.	.	.	Q	G	D	L	D	T	R	R	R	T	F	Y	G	V	V	S	A	D	L	T	P	D	T	V	L	T	T	S	V	E	Y	Q	H	N	H	S	N	G	P	W	A	R	Q	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure												S	S	S	S	S	S											.	.	.	.	.																					T	T																						.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		175	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200						.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	P	L	P	N	G	K	R	L	P	T	D	F	N	E	G	A	K	N	N	T	Y	S	R	N	E	K	M	V	G	Y	S	F	D	H	E	F	N	D	T	F	T	V	R	Q	N	L	R	F	A	E	N	K	T	S	Q	N	S	V	Y	G	Y	G	V	C	S	D	P	A	N	A	Y	S	K	Q	C	A	A	L	A
Query Conservation
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		367	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	A	D	K	G	H	Y	L	A	R	K	Y	V	V	D	D	E	K	L	Q	N	F	S	V	D	T	Q	L	Q	S	K	F	A	T	G	D	I	D	H	T	L	L	T	G	V	D	F	M	R	M	R	N	D	I	N	A	W	F	G	Y	D	D	S	V	P	L	L	N	L	Y	N	P	V	N	T	D	F	D	F	N
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	D	T	E	A	T	T	Y	F	V	D	L	T	H	R	F	T	N	D	W	K	L	R	A	A	Y	S	H	T	D	G	R	Y	L	M	K	H	V	F	S	N	Y	D	G	N	L	D	R	D	D	I	H	F	S	L	S	A	P	F	E	A	F	G	L	R	H	E	V	A	L	G	W	M	S	I	D	N	H	S	D
Template Known Secondary structure		.																T	T	S																																											T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			262	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340
		447	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	K	D	P	A	N	S	G	P	Y	R	I	L	N	K	Q	K	Q	T	G	V	Y	V	Q	D	Q	A	Q	W	D	K	V	L	V	T	L	G	G	R	Y	D	W	A	D	Q	E	S	L	N	R	V	A	G	T	T	D	K	R	D	D	K	Q	F	T	W	R	G	G	V	N	Y	L	F	D	N	G	V	T	P	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	Q	R	Y	A	M	T	L	S	P	A	D	D	V	R	T	K	Q	T	G	A	Y	L	V	G	R	F	A	L	A	E	P	L	H	L	I	V	G	D	R	W	S	D	W	K	T	K	Q	M	Y	F	G	S	R	R	E	Y	R	I	K	N	Q	F	T	P	Y	A	G	L	T	Y	D	I	N	D	T	Y	T	A	Y
Template Known Secondary structure											S																					T	T																			T	T																						S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		343	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
		527	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.								.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	S	Y	S	E	S	F	E	P	S	S	Q	V	G	K	D	G	N	I	F	A	P	S	K	G	K	Q	Y	E	V	G	V	K	Y	V	P	E	D	R	P	I	V	V	T	G	A	V	Y	N	L	T	K	T	N	N	L	M	A	D	P	.	.	.	.	.	.	.	E	G	S	F	F	S	V	E	G	G	E	I	R
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	Y	T	E	I	F	Q	P	Q	N	A	R	D	T	S	G	G	I	L	P	P	I	K	S	K	S	Y	E	L	G	L	K	A	A	Y	L	E	G	R	L	N	T	S	A	A	L	F	Q	T	R	Q	D	N	L	A	Q	V	I	P	G	S	S	I	P	G	F	P	N	M	Q	A	S	R	A	A	S	G	A	K
Template Known Secondary structure														B		S	S	S		B																		G	G	G	T														S						T	T				T	T	S	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.
		600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	G	V	E	I	E	A	K	A	A	L	S	A	S	V	N	V	V	G	S	Y	T	Y	T	D	A	E	Y	T	T	D	T	T	Y	K	G	N	T	P	A	Q	V	P	K	H	M	A	S	L	W	A	D	Y	T	F	F	D	G	P	L	S	G	L	T	L	G	T	G	G	R	Y	T	G	S	S	Y	G	D	P
Query Conservation
Alig confidence																																		.	.	.	.																							.																		.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.																							.																		.	.	.	.
Template Sequence		V	E	G	I	D	L	E	A	S	G	Q	I	L	P	D	W	N	I	G	A	S	Y	T	H	F	T	T	K	D	A	S	G	.	.	.	.	N	P	I	N	T	N	H	P	R	S	L	F	K	L	Y	T	T	Y	R	L	P	G	.	A	L	H	R	L	T	V	G	G	G	V	D	W	Q	S	R	M	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T	T															T	T	S	.	.	.	.		B				S	S		S												S	S	.	T	T	T	T														.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.																							.																		.	.	.	.
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.					550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.		.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	N	S	F	K	V	G	S	Y	T	V	V	D	A	L	V	R	Y	D	L	A	R	V	G	M	A	G	S	N	V	A	L	H	V	N	N	L	F	D	R	E	Y	V	A	S	C	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Q	D	S	Y	A	L	V	S	L	M	A	R	F	D	F	N	K	.	.	.	.	K	L	S	A	T	L	N	V	N	N	L	R	N	V	M	L	N	L	R	A	Q
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.																	T	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template SS confidence
							594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610					.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.