Job Description P0A8V2 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 988 % Identity 27% Template c3h0gN_ PDB info PDB header:transcription Chain: N: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase ii subunit rpb2; PDBTitle: rna polymerase ii from schizosaccharomyces pombe Resolution 3.65 Å

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		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.											.	80	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	F	G	K	R	P	Q	V	L	D	V	P	Y	L	L	S	I	Q	L	D	S	F	Q	K	F	I	E	Q	D	P	E	G	Q	Y	G	L	E	A	A	F	R	S	V	F	P	I	Q	S	Y	S	G	N	S	E	L	Q	Y	V	S	Y	R	L	G	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	F	D	V
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																															.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	C	W	T	V	I	S	S	F	F	E	E	T	S	L	A	R	Q	Q	L	F	S	F	D	E	F	V	Q	N	.	.	.	.	.	.	T	M	Q	E	I	V	D	D	D	S	T	L	T	.	.	.	.	.	.	.	I	N	F	G	Q	I	Y	L	S	R	P	T	M	T	E	A	D	G	S	T	T	T	M	F	P
Template Known Secondary structure														T		T	T		S	S	S	S	S	S	S	S	S	T	T	T	.	.	.	.	.	.	T					S	S	T	T					.	.	.	.	.	.	.														B		T	T	S		B					T
Template Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		16	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.							.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.								.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.																									.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	E	C	Q	I	R	G	V	T	Y	S	A	P	L	R	V	K	L	R	L	V	I	Y	E	R	E	A	P	E	G	T	V	K	D	I	K	E	Q	E	V	Y	M	G	E	I	P	L	M	T	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	V	I
Query Conservation																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	E	A	R	L	R	N	L	T	Y	S	S	P	L	Y	V	D	M	R	K	E	D	E	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	V	F	I	G	K	I	P	I	M	L	R	S	T	F	C	I	L	N	G	V	S	D	S	E	L	Y	D	L	N	E	C	P	Y	D	Q	G	G	Y	F	I	I
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T																	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S	S	T	T	S	S	S	S	S									T	T			T	T						B		G
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.													.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		139	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.												.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	G	T	E	R	V	I	V	S	Q	L	H	R	S	P	G	V	F	F	D	S	D	K	G	K	T	H	S	S	G	K	V	L	Y	N	A	R	I	I	P	Y	R	G	S	W	L	D	F	E	F	D	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	N	L	F	V	R	I	D	R	R	R	K	L	P	A	T
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.
Template Sequence		N	G	S	E	K	V	I	I	A	Q	E	R	S	A	A	N	I	V	Q	V	F	.	K	K	A	A	P	S	P	I	A	Y	V	A	E	I	R	S	A	L	E	R	G	S	R	L	I	S	S	M	Q	I	K	L	M	A	R	N	T	E	N	S	G	Q	T	I	R	A	T	L	P	Y	I	R	S	D	I	P	I	V
Template Known Secondary structure		G	G	S		B				B							S						.					S	S	S													S	S	S															T	T	S		S								T	T	S		S				S
Template Predicted Secondary structure																							.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.		.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.		.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.
Query SS confidence													.
Query Sequence		I	I	L	R	A	L	N	Y	T	T	E	.	Q	I	L	D	L	F	F	E	K	V	I	F	E	I	R	D	N	K	L	Q	M	E	L	V	P	E	R	L	R	G	E	T	A	S	F	D	I	E	A	N	G	K	V	Y	V	E	K	G	R	R	I	T	A	R	H	I	R	Q	L	E	K	D	D	V	K	L	I	E
Query Conservation													.
Alig confidence													.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	V	F	R	A	L	G	V	V	P	D	R	D	I	L	E	H	I	C	Y	D	P	N	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure					T	T	T	T			S	T	T									S	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.		.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																					.
Query SS confidence																																																																					.
Query Sequence		V	P	V	E	Y	I	A	G	K	V	V	A	K	D	Y	I	D	E	S	T	G	E	L	I	C	A	A	N	M	E	L	S	L	D	L	L	A	K	L	S	Q	S	G	H	K	R	I	E	T	L	F	T	N	D	L	D	H	G	P	Y	I	S	E	T	L	R	V	.	D	P	T	N	D	R	L	S	A	L	V	E
Query Conservation																																																																					.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Q	M	L	E	M	M	K	P	C	I	E	E	A	F	V	I	Q	D	K	D	I	A	L	D	Y
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						T							T	T	S	S			S	S						T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																								294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.			.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.
Query SS confidence																																																							.	.
Query Sequence		I	Y	R	M	M	R	P	G	E	P	P	T	R	E	A	A	E	S	L	F	E	N	L	F	F	S	E	D	R	Y	D	L	S	A	V	G	R	M	K	F	N	R	S	L	L	R	E	E	I	E	G	S	G	.	.	I	L	S	K	D	D	I	I	D	V	M	K	K	L	I	D	I	R	N	G	K	G	E	V	D
Query Conservation																																																							.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	K	R	G	S	T	T	G	V	T	R	E	K	R	L	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	H	D	I	L	Q	K	E	L	L	P	H	I	T	T	M	E	G	F	E	T	R	K	A	F	F	L	G	Y	M	I	H	R	M	L	L	C	A	L	E	R	R	E	P	D
Template Known Secondary structure		T				S	S	S											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T	T	S	S		S	S			S	S	S			S	S																	T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.
		444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.
Predicted Secondary structure																																						.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																						.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	I	D	H	L	G	N	R	R	I	R	S	V	G	E	M	A	E	N	Q	F	R	V	G	L	V	R	V	E	R	A	V	K	E	R	L	.	.	S	L	G	D	L	D	T	L	M	P	Q	D	M	I	N	A	K	P	I	S	A	A	V	K	E	F	F	G	S	S	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																						.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																						.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	R	D	H	F	G	K	K	R	L	D	L	A	G	P	L	L	A	S	L	F	R	M	L	F	R	K	M	T	R	D	V	Y	K	Y	M	Q	K	C	V	E	T	N	R	E	F	N	L	T	L	A	V	K	S	N	I	I	T	N	G	L	R	Y	S	L	A	T	G	N	W	G	D	Q	K	R	S	M	V	N	R
Template Known Secondary structure			T	T		S	S	S																																		T	T			S				T	T	S	S		S	T	T	T	S								S	S	S		S	S	T	T	S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		383	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.
					512	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.
Query SS confidence		.	.	.
Query Sequence		.	.	.	S	Q	F	M	D	Q	N	N	P	L	S	E	I	T	H	K	R	R	I	S	A	L	G	P	G	G	L	T	R	E	R	A	G	F	E	V	R	D	V	H	P	T	H	Y	G	R	V	C	P	I	E	T	P	E	G	P	N	I	G	L	I	N	S	L	S	V	Y	A	Q	T	N	E	Y	G	F	L	E
Query Conservation		.	.	.
Alig confidence		.	.	.																					.	.	.	.																																																.
Template Conservation																									.	.	.	.																																																.
Template Sequence		V	G	V	S	Q	V	L	N	R	Y	T	F	A	S	T	L	S	H	L	R	R	T	N	.	.	.	.	T	P	I	G	R	D	G	K	L	A	K	P	R	Q	L	H	N	T	H	W	G	M	V	C	P	A	E	T	P	E	G	Q	A	C	G	L	V	K	N	L	S	L	M	S	Y	V	S	.	V	G	S	P	S
Template Known Secondary structure				S			B				S	S								T	T	B	B		.	.	.	.		S			S	S			S	S	S	S	S	S			G	G	G	T	T	T				S				S	S	S	S	T	T	T	S		B			S	S			B		.					S
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.	.																																																.
Template SS confidence
		463	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.					.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.		.	.	.	.	.
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.					.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.
Query Sequence		T	P	Y	R	K	V	T	D	G	V	V	T	D	E	I	H	Y	L	S	A	I	E	E	G	N	Y	V	I	A	Q	A	N	S	N	L	.	.	.	.	D	E	E	G	H	F	V	E	D	L	V	T	C	R	S	K	G	E	S	S	L	F	S	R	D	Q	V	D	Y	M	D	V	S	T	Q	Q	V	V	S	V	G
Query Conservation																																					.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	P	I	I	E	F	L	E	E	W	G	L	E	T	L	E	D	Y	N	P	S	A	S	P	N	A	T	K	V	F	V	N	G	V	W	L	G	V	H	R	D	P	A	H	L	T	E	T	L	R	S	L	R	R	R	L	D	I	S	A	E	V	S	I	V	R	D	I	R	E	K	E	L	R	L	F	T	D	A	G
Template Known Secondary structure		S								S	S	S					S				S	S	S	S	S	S	S					S	T	T							S														T	T	T	S	S		T	T							T	T	T								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		538	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.
		665	.	.	.	.		670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.		.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.						.	.	.
Predicted Secondary structure							.															.																																																	.	.	.	.	.				.	.	.
Query SS confidence							.															.																																																	.	.	.	.	.				.	.	.
Query Sequence		A	S	L	I	P	.	F	L	E	H	D	D	A	N	R	A	L	M	G	A	.	N	M	Q	R	Q	A	V	P	T	L	R	A	D	K	P	L	V	G	T	G	M	E	R	A	V	A	V	D	S	G	V	T	A	V	A	K	R	G	G	V	V	Q	Y	V	D	A	S	R	.	.	.	.	.	I	V	I	.	.	.
Query Conservation							.															.																																																	.	.	.	.	.				.	.	.
Alig confidence							.															.																										.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.				.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.
Template Sequence		R	I	C	R	P	L	F	I	V	D	N	N	P	N	S	E	R	R	G	E	L	C	I	R	K	E	H	I	Q	Q	L	I	E	D	K	D	R	Y	D	I	D	P	E	Q	R	F	.	.	.	.	.	G	W	T	A	L	V	S	S	G	L	I	E	Y	L	D	A	E	E	E	E	T	V	M	I	A	M	S	P	E
Template Known Secondary structure			B										S	S		S	S	S	S				S	S													T				S		T	T				.	.	.	.	.	S	S	T	T	T	T	T	T	T	S						T	T	T	G	G	G					S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		618	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.						.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.
																																			735	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.																			.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	N	E	D	E	M	Y	P	G	E	A	G	I	D	I	Y	N	L	T	K	Y	T	R	S	N	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	T
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	E	A	S	R	Q	M	Q	A	G	Y	E	V	K	E	E	L	D	P	A	Q	R	V	K	P	A	P	N	P	H	V	H	A	W	T	H	C	E	I	H	P	A	M	I	L	G	I	L	A	S	I	I	P	F	P	D	H	N	Q	S	P	R	N	T	Y	Q	S	A	M	G	K	Q	A	M	G	V	Y	L	T
Template Known Secondary structure										T	T							S	S			S	S						S			S			S		S				S		G	G	G	S	S		S	S	S	T	T	S	S	S	S	T	T	S		S											T	T			S				T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		693	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.
		764	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.				.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840
Predicted Secondary structure																														.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.
Query Sequence		C	I	N	Q	M	P	C	V	S	L	G	E	P	V	E	R	G	D	V	L	A	D	G	P	S	T	D	L	.	.	.	G	E	L	A	L	G	Q	N	M	R	V	A	F	M	P	W	N	G	Y	N	F	E	D	S	I	L	V	S	E	R	V	V	Q	E	D	R	F	T	T	I	H	I	Q	E	L	A	C	V	S
Query Conservation																														.	.	.
Alig confidence																														.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Y	Q	V	R	M	D	T	M	A	N	I	L	Y	Y	P	Q	K	P	L	A	T	T	R	S	M	E	Y	L	K	F	R	E	L	P	A	G	Q	N	A	I	V	A	I	L	C	Y	S	G	Y	N	Q	E	D	S	I	I	M	N	Q	A	S	I	D	R	G	L	F	R	S	I	F	Y	R	T	Y	T	D	Q	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	S			S	S					S	S					S	S	B		T	T	S	T	T	T	T		T	T	S		S						B						S	S	S	S		S	S										T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		773	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.
		841	.	.	.	.	.		.	.	.	850	.	.	.	.	.	.					.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure								.											.	.	.	.
Query SS confidence								.											.	.	.	.
Query Sequence		R	D	T	K	L	G	.	P	E	E	I	T	A	D	I	P	N	.	.	.	.	V	G	E	A	A	L	S	K	L	D	E	S	G	I	V	Y	I	G	A	E	V	T	G	G	D	I	L	V	G	K	V	T	P	K	G	E	T	Q	L	T	P	E	E	K	L	L	R	A	I	F	G	E	K	A	S	D	V	K	D
Query Conservation								.											.	.	.	.
Alig confidence								.											.	.	.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	K	I	G	M	T	V	M	E	E	F	E	R	P	V	R	S	T	T	L	R	M	K	H	G	T	Y	D	K	L	E	D	D	G	L	I	A	P	G	T	R	V	S	G	E	D	I	I	I	G	K	T	A	P	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	H	A	K	R	D
Template Known Secondary structure					S	S	S										T	T	S						S			G	G	G			T	T	S	S			T	T					T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		853	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	910	.	.	.	.
		916	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	S	L	R	V	P	N	G	V	S	G	T	V	I	D	V	Q	V	F	T	R	D	G	V	E	K	D	K	R	A	L	E	I	E	E	M	Q	L	K	Q	A	K	K	D	L	S	E	E	L	Q	I	L	E	A	G	L	F	S	R	I	R	A	V	L	V	A	G	G	V	E	A	E	K	L	D	K	L	P	R	D
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	T	P	L	R	S	T	E	S	G	I	V	D	Q	V	M	V	T	T	N	Q	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T														S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		926	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		996	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	W	L	E	L	G	L	T	D	E	E	K	Q	N	Q	L	E	Q	L	A	E	Q	Y	D	E	L	K	H	E	F	E	K	K	L	E	A	K	R	R	K	I	T	Q	G	D	D	L	A	P	G	V	L	K	I	V	K	V	Y	L	A	V	K	R	R	I	Q	P	G	D	K	M	A	G	R	H	G	N	K	G	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	K	F	V	K	V	R	M	R	S	T	R	I	P	Q	I	G	D	K	F	A	S	R	H	G	Q	K	G	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S											B				T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.
		1076	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	S	K	I	N	P	I	E	D	M	P	Y	D	E	N	G	T	P	V	D	I	V	L	N	P	L	G	V	P	S	R	M	N	I	G	Q	I	L	E	T	H	L	G	M	A	A	K	G	I	G	D	K	I	N	A	M	L	K	Q	Q	Q	E	V	A	K	L	R	E	F	I	Q	R	A	Y	D	L	G	A	D	V
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	M	T	Y	R	H	E	D	M	P	F	S	A	Q	G	I	V	P	D	I	I	I	N	P	H	A	I	P	S	R	M	T	V	A	H	L	V	E	C	Q	L	S	K	V	S	A	L	S	G	F	E	G	D	A	T	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								T	T	T	S			B	T	T	T	B			S					G	G	G	S	T	T	S															S	S	S	S					B			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		979	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.
		1156	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Q	K	V	D	L	S	T	F	S	D	E	E	V	M	R	L	A	E	N	L	R	K	G	M	P	I	A	T	P	V	F	D	G	A	K	E	A	E	I	K	E	L	L	K	L	G	D	L	P	T	S	G	Q	I	R	L	Y	D	G	R	T	G	E	Q	F	E	R	P	V	T	V	G	Y	M	Y	M	L	K	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	T	D	V	T	V	E	A	V	S	K	L	L	R	S	H	G	F	Q	S	R	G	F	E	V	M	Y	H	G	H	T	G	R	K	L	V	A	Q	V	F	L	G	P	T	Y	Y	Q	R	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		S												T	T	T	S		T	T	S		B			B		S	S	S			B		S	S		B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	1036	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.
		1236	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.																	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	H	L	V	D	D	K	M	H	A	R	S	T	G	S	Y	S	L	V	T	Q	Q	P	L	G	G	K	A	Q	F	G	G	Q	R	F	G	E	M	E	V	W	A	L	E	A	Y	G	A	A	Y	T	L	Q	E	M	L	T	V	K	S	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	N
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	H	L	V	D	D	K	I	H	A	R	A	R	G	P	V	Q	I	L	T	R	Q	P	V	E	G	R	S	R	D	G	G	L	R	F	G	E	M	E	R	D	C	Q	I	S	H	G	C	S	S	V	L	R	E	R	L	F	D	C	S	D	A	Y	R	V	I	V	C	D	I	C	G	L	I	A	I	A	S	Y	K
Template Known Secondary structure		S			S	T	T	T					S	S			B		S	S	S		S	B			S	S	T	T																		T											T	T	T	T								S	S	S								S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1085	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.
		1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	R	T	K	M	Y	K	N	I	V	D	G	N	H	Q	M	E	P	G	M	P	E	S	F	N	V	L	L	K	E	I	R	S	L	G	I	N	I	E	L	E	D	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	D	S	Y	E	C	R	S	C	Q	N	R	T	R	F	S	Q	V	Y	L	P	Y	A	A	K	L	L	F	Q	E	L	M	S	M	N	I	A	P	R	L	F	T	K
Template Known Secondary structure		S						T	T	T			S	S																				T	T	T								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1165	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.