Job Description P0A8V2 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:20:19 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 908 % Identity 31% Template c2pmzB_ PDB info PDB header:translation, transferase Chain: B: PDB Molecule:dna-directed rna polymerase subunit b; PDBTitle: archaeal rna polymerase from sulfolobus solfataricus Resolution 3.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80											.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	G	K	R	P	Q	V	L	D	V	P	Y	L	L	S	I	Q	L	D	S	F	Q	K	F	I	E	Q	D	P	E	G	Q	Y	G	L	E	A	A	F	R	S	V	F	P	I	Q	S	Y	S	G	N	S	E	L	Q	Y	V	S	Y	R	L	G	E	P	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	Q	E
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	R	V	I	E	A	Y	F	K	S	K	G	L	V	R	Q	H	L	D	S	Y	N	D	F	V	R	N	.	.	.	.	.	.	K	L	Q	E	I	I	D	E	Q	G	E	I	P	T	E	I	P	G	L	K	V	R	L	G	K	I	R	I	G	K	P	R	V	R	E	S	D	R	G	E	R	E	I	S	P	M	E
Template Known Secondary structure										T	T	S		T	T		T	T										T	.	.	.	.	.	.	S	S	T	T	T	T		S		S	B					T	T	T																		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.							.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		C	Q	I	R	G	V	T	Y	S	A	P	L	R	V	K	L	R	L	V	I	Y	E	R	E	A	P	E	G	T	V	K	D	I	K	E	Q	E	V	Y	M	G	E	I	P	L	M	T	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	T	F	V	I	N	G
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	R	L	R	N	L	T	Y	A	A	P	L	W	L	T	M	I	P	V	E	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	I	E	A	E	P	E	E	V	Y	I	G	D	L	P	I	M	L	K	S	A	I	D	P	I	S	Q	Y	T	L	D	K	L	I	E	I	G	E	D	P	K	D	P	G	G	Y	F	I	V	N	G
Template Known Secondary structure			T	T	T	T						B				B					S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.			S				B					B					T	T		T	T	S	G	G	G	G										T	S		T	T								G	G	G
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.									.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.				.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.		.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.	.	.																				.
Query SS confidence																																													.	.	.																				.
Query Sequence		T	E	R	V	I	V	S	Q	L	H	R	S	P	G	V	F	F	D	S	D	K	G	K	T	H	S	S	G	K	V	L	Y	N	A	R	I	I	P	Y	R	G	S	W	.	.	.	L	D	F	E	F	D	P	K	D	N	L	F	V	R	I	D	R	R	R	.	K	L	P	A	T	I	I	L	R	A	L	N	Y	T
Query Conservation																																													.	.	.																				.
Alig confidence																									.	.	.																		.	.	.																				.
Template Conservation																									.	.	.
Template Sequence		S	E	R	V	I	V	T	Q	E	D	L	A	P	N	R	V	L	V	D	T	G	K	T	.	.	.	G	S	N	I	T	H	T	A	K	I	I	S	S	T	A	G	Y	R	V	P	V	T	I	E	R	L	K	D	G	T	F	H	V	S	F	P	A	V	P	G	K	I	P	F	V	I	L	M	R	A	L	G	I	L
Template Known Secondary structure		T												S										S	.	.	.		S	S	S											S	S	S											T	T	T	T					S	S	S		S											T	T
Template Predicted Secondary structure																									.	.	.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.				180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.
		217	.		.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.
Query SS confidence				.
Query Sequence		T	E	.	Q	I	L	D	L	F	F	E	K	V	I	F	E	I	R	D	N	K	L	Q	M	E	L	V	P	E	R	L	R	G	E	T	A	S	F	D	I	E	A	N	G	K	V	Y	V	E	K	G	R	R	I	T	A	R	H	I	R	Q	L	E	K	D	D	V	K	L	I	E	V	P	V	E	Y	I	A	G	K
Query Conservation				.
Alig confidence				.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	R	D	I	V	Y	A	V	S	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S										S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		234	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.
		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	A	K	D	Y	I	D	E	S	T	G	E	L	I	C	A	A	N	M	E	L	S	L	D	L	L	A	K	L	S	Q	S	G	H	K	R	I	E	T	L	F	T	N	D	L	D	H	G	P	Y	I	S	E	T	L	R	V	D	P	T	N	D	R	L	S	A	L	V	E	I	Y	R	M	M	R	P	G	E	P
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	V	Q	N	E	L	F	P	S	L	E	Q	A	S	S	I	A	N	V	D	D	A	L	D	F	I	G	S	R	V	A	I	G	Q	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	T	T	G	G	G	S	T	G	G	G	G						S	S	S	T	T	T					T	T	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																														246	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
				376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.
Query SS confidence		.	.
Query Sequence		.	.	P	T	R	E	A	A	E	S	L	F	E	N	L	F	F	S	E	D	R	Y	D	L	S	A	V	G	R	M	K	F	N	R	S	L	L	R	E	E	I	E	G	S	G	I	L	S	K	D	D	I	I	D	V	M	K	K	L	I	D	I	R	N	G	K	G	E	V	D	D	I	D	H	L	G	N	R	R	I
Query Conservation		.	.
Alig confidence		.	.											.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	E	N	R	I	E	K	A	Q	Q	I	I	.	.	.	.	.	.	.	D	K	Y	F	L	P	H	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	A	E	D	R	K	K	K	A	Y	Y	L	A	Y	A	I	S	K	V	I	E	L	Y	L	G	R	R	E	P	D	D	K	D	H	Y	A	N	K	R	L
Template Known Secondary structure		G	G	G	T	T								.	.	.	.	.	.	.		S	S	S			S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	T	T	S	S	G	G	G												T	T	T	T	T		S	S					T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.								.	.	.	.	.	.	300	.	.												.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.			480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.								.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																												.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	S	V	G	E	M	A	E	N	Q	F	R	V	G	L	V	R	V	E	R	A	V	K	E	R	L	.	.	S	L	G	D	L	D	T	L	M	P	Q	D	M	I	N	A	K	P	I	S	A	A	V	K	E	F	F	G	S	S	Q	L	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	F	M	D	Q	N	N	P	L	S	E	I
Query Conservation																												.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																												.	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	L	A	G	D	L	F	A	S	L	F	R	V	A	F	K	A	F	V	K	D	L	T	Y	Q	L	E	K	S	K	V	R	G	R	K	L	A	L	K	A	L	V	R	P	D	I	V	T	E	R	I	R	H	A	L	A	T	G	N	W	V	G	G	R	T	G	V	S	Q	L	L	D	R	T	N	W	L	S	M	L
Template Known Secondary structure																																S	S	S	S				G	G	G	T	S		T	T	T	T	T					T	T	T	S	S				S	S	S			S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	H	K	R	R	I	S	A	L	G	P	G	G	L	T	R	E	R	A	G	F	E	V	R	D	V	H	P	T	H	Y	G	R	V	C	P	I	E	T	P	E	G	P	N	I	G	L	I	N	S	L	S	V	Y	A	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.
Template Sequence		S	H	L	R	R	V	I	S	.	.	.	.	S	L	A	R	G	Q	P	N	F	E	A	R	D	L	H	G	T	Q	W	G	R	M	C	P	F	E	T	P	E	G	P	N	S	G	L	V	K	N	L	A	L	M	A	Q	I	A	V	G	I	N	E	R	I	V	E	K	T	L	Y	E	M	G	V	V	P	V	E	E
Template Known Secondary structure							B			.	.	.	.	S	S				S				T	T	S	S			S	S		T	T	T	B		S	S				S	S	T	T	T	T	T	S	B		B		S	S									S	T	T	T						T	T	T				S	T	T
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.					.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																											582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	Y	G	F	L	E	T	P	Y	R	K	V	T	D	G	V	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	L	K	W	S	K	V	I	L	N	G	R	L	I	G	Y	Y	Q	D	G	G	E	L	A	N	K	I	R	E	R	R	R	K	G	E	I	S	D	E	V	N	V	G	H	I	V	T	D	F	I	N	E	V	H	V	N	C	D	S	G	R	V	R	R	P	L	I	I	V	S	N	G	N	P	L	V	T	I	E
Template Known Secondary structure												S	S		B					S			T	T									T	T	T	T	S	S		T	T									S	S																			B		S	S	S					T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																		599	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	T	D	E	I	H	Y	L	S	A	I	E	E	G	N	Y	V	I	A	Q	A	N	S	N	L	D	E	E	G	H	F	V	E	D	L	V	T	C	R	S	K	G	E	S	S	L	F	S	R	D	Q	V	D	Y	M	D	V	S	T	Q	Q	V	V	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	I	E	K	L	E	S	G	A	I	T	F	D	D	L	V	R	Q	G	K	I	E	Y	L	D	A	E	E	E	E	N	A	Y	V	A	L	E	P	N	D	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	P	D	H	T	H	L	E	I	W	S	P	A	I	L	G
Template Known Secondary structure					T	T	S		S	S		S							T	T	S						S	T	T	G	G	G			B		S	S	G	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S			S	B			S		T	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		663	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	G	A	S	L	I	P	F	L	E	H	D	D	A	N	R	A	L	M	G	A	N	M	Q	R	Q	A	V	P	T	L	R	A	D	K	P	L	V	G	T	G	M	E	R	A	V	A	V	D	S	G	V	T	A	V	A	K	R	G	G	V	V	Q	Y	V	D	A	S	R	I	V	I	K	V	N	E	D	E	M	Y
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	T	A	S	I	I	P	Y	P	E	H	N	Q	S	P	R	N	T	Y	Q	S	A	M	A	K	Q	A	L	G	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	A	A	N	Y
Template Known Secondary structure		S	G	G	G	S		S	S		T	T	B												G	G	G	B		S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														680	.	.	.	.
		743	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	G	E	A	G	I	D	I	Y	N	L	T	K	Y	T	R	S	N	Q	N	T	C	I	N	Q	M	P	C	V	S	L	G	E	P	V	E	R	G	D	V	L	A	D	G	P	S	T	D	L	G	E	L	A	L	G	Q	N	M	R	V	A	F	M	P	W	N	G	Y	N	F	E	D	S	I	L	V	S	E	R	V
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	L	R	T	D	T	R	A	H	L	L	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	Q	R	P	L	V	Q	T	R	A	L	D	I	I	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	T	N	R	P	A	G	N	N	A	I	L	A	V	M	S	F	T	G	Y	N	M	E	D	S	I	I	M	N	R	S	S
Template Known Secondary structure		T	T				S	S					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S					S	S	B		S	T	T	T	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	S		S						B	B		S			T	T		S	T	T	T		B		B	B	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		685	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.											.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.											.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
		823	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.						.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.
Query Sequence		V	Q	E	D	R	F	T	T	I	H	I	Q	E	L	A	C	V	S	R	D	T	K	L	G	P	E	E	I	T	A	D	I	P	N	V	.	.	.	.	.	G	E	A	A	L	S	K	L	D	E	S	G	I	V	Y	I	G	A	E	V	T	G	G	D	I	L	V	G	K	V	T	P	K	G	E	T	Q	L	T	P
Query Conservation																																					.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	E	R	G	M	Y	R	S	T	F	F	R	L	Y	S	T	E	E	V	K	Y	P	G	G	Q	E	D	K	I	V	M	P	E	A	G	V	R	G	Y	K	G	K	E	Y	Y	R	L	L	E	D	N	G	V	V	S	P	E	V	E	V	K	G	G	D	V	L	I	G	K	V	S	P	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T	T	T												S			S	S	S	S						S				S	S	S	S	B		S		S	S		G	G	G	S		T	T	S	B			S	S					T	T								B		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		745	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.
		898	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	K	L	L	R	A	I	F	G	E	K	A	S	D	V	K	D	S	S	L	R	V	P	N	G	V	S	G	T	V	I	D	V	Q	V	F	T	R	D	G	V	E	K	D	K	R	A	L	E	I	E	E	M	Q	L	K	Q	A	K	K	D	L	S	E	E	L	Q	I	L	E	A	G	L	F	S	R	I	R	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	R	A	K	R	D	T	S	I	V	T	R	H	G	E	M	G	I	V	D	L	V	L	I	T	E	T	A	E	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					B								T	T														T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
														817	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.
		978	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	V	A	G	G	V	E	A	E	K	L	D	K	L	P	R	D	R	W	L	E	L	G	L	T	D	E	E	K	Q	N	Q	L	E	Q	L	A	E	Q	Y	D	E	L	K	H	E	F	E	K	K	L	E	A	K	R	R	K	I	T	Q	G	D	D	L	A	P	G	V	L	K	I	V	K	V	Y	L	A	V	K
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	V	K	V	R	V	R	D	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																																								860	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		1058	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	R	I	Q	P	G	D	K	M	A	G	R	H	G	N	K	G	V	I	S	K	I	N	P	I	E	D	M	P	Y	D	E	N	G	T	P	V	D	I	V	L	N	P	L	G	V	P	S	R	M	N	I	G	Q	I	L	E	T	H	L	G	M	A	A	K	G	I	G	D	K	I	N	A	M	L	K	Q	Q	Q	E
Query Conservation
Alig confidence																																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		R	I	P	T	I	G	D	K	F	A	S	R	H	G	Q	K	G	V	I	G	M	L	I	P	Q	V	D	M	P	Y	T	V	K	G	V	V	P	D	I	I	L	N	P	H	A	L	P	S	R	M	T	L	G	Q	I	M	E	G	I	A	G	K	Y	A	A	L	S	G	N	I	V	D	A	T	P	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure						T	T		B				T	T	S				B	B				B		T	T	T	S				T	T	S				S	B				G	G	G	S	G	G	G		B	T	T													S	S	S	S			B			T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.
		1138	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	A	K	L	R	E	F	I	Q	R	A	Y	D	L	G	A	D	V	R	Q	K	V	D	L	S	T	F	S	D	E	E	V	M	R	L	A	E	N	L	R	K	G	M	P	I	A	T	P	V	F	D	G	A	K	E	A	E	I	K	E	L	L	K	L	G	D	L	P	T	S	G	Q	I	R	L	Y	D	G	R	T
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	Y	K	T	P	I	E	Q	L	Q	N	E	I	L	R	Y	G	Y	L	P	D	A	T	E	V	V	Y	D	G	R	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T		S	S												T	T	S		T	T		B						T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																			945	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.
		1218	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	E	Q	F	E	R	P	V	T	V	G	Y	M	Y	M	L	K	L	N	H	L	V	D	D	K	M	H	A	R	S	T	G	S	Y	S	L	V	T	Q	Q	P	L	G	G	K	A	Q	F	G	G	Q	R	F	G	E	M	E	V	W	A	L	E	A	Y	G	A	A	Y	T	L	Q	E	M	L	T	V	K	S	D	D
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	K	I	K	S	R	I	Y	F	G	V	V	Y	Y	Q	K	L	H	H	M	V	A	D	K	L	H	A	R	A	R	G	P	V	Q	I	L	T	R	Q	P	T	E	G	R	A	R	E	G	G	L	R	F	G	E	M	E	R	D	C	L	I	G	F	G	T	A	M	L	L	K	D	R	L	L	D	N	S	D	R
Template Known Secondary structure		T				S	S			B	B								B	S			G	G	G						S	S			B		T	T	T			B			B	G	G	G	T	B						G	G	G	T					T	T	T		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		976	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.
						1298	.	1300	.	.	.	.													.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	V	N	G	R	T	K	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	K	N	I	V	D	G	N	H	Q	M	E	P	G	M	P	E	S	F	N	V	L	L	K	E	I	R	S	L	G	I	N	I	E	L	E	D	E
Query Conservation		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	M	I	Y	V	C	D	Q	C	G	Y	I	G	W	Y	D	K	N	K	N	K	Y	V	C	P	I	H	G	D	K	S	N	L	F	P	V	T	V	S	Y	A	F	K	L	L	I	Q	E	L	M	S	M	I	I	S	P	R	L	V	L	E
Template Known Secondary structure								T	T	T			S						G	G	G					S	S		T	T	T	T																					T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1056	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.