Job Description P00452 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:56:38 GMT 2012 Rank 2 Aligned Residues 669 % Identity 30% Template c3hnfA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit; PDBTitle: crystal structure of human ribonucleotide reductase 1 bound to the2 effectors ttp and datp Resolution 3.16 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.			.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.
Query SS confidence																			.	.
Query Sequence		L	D	K	I	H	R	V	L	D	W	A	A	E	G	L	H	N	.	.	V	S	I	S	Q	V	E	L	R	S	H	I	Q	F	Y	D	G	I	K	T	S	D	I	H	E	T	I	I	K	A	A	A	D	L	I	S	R	D	A	P	D	Y	Q	Y	L	A	A	R	L	A	I	F	H	L	R	K	K	A	Y	G	Q
Query Conservation																			.	.
Alig confidence																			.	.																																					.
Template Conservation																																																									.
Template Sequence		F	D	K	I	T	S	R	I	Q	K	L	C	Y	G	L	N	M	D	F	V	D	P	A	Q	I	T	M	K	V	I	Q	G	L	Y	S	G	V	T	T	V	E	L	D	T	L	A	A	E	T	A	A	T	L	T	T	.	K	H	P	D	Y	A	I	L	A	A	R	I	A	V	S	N	L	H	K	E	T	K	K	V
Template Known Secondary structure										G	G	G	G	T	T	S		T	T	T											T	T	S			S	S																	G	G	G	.	T		T																T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure																																																									.
Template SS confidence
		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.				120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.
Query Sequence		F	E	P	P	A	L	Y	D	H	V	V	K	M	V	E	M	G	K	Y	D	N	H	L	.	.	.	L	E	D	Y	T	E	E	E	F	K	Q	M	D	T	F	I	D	H	D	R	D	M	T	F	S	Y	A	A	V	K	Q	L	E	G	K	Y	L	V	Q	N	R	V	T	G	E	I	Y	E	S	A	Q	F	L	Y
Query Conservation																									.	.	.
Alig confidence																									.	.	.																																									.	.
Template Conservation																																																																				.	.
Template Sequence		F	S	D	V	M	E	D	L	Y	N	Y	I	N	P	H	N	G	K	H	S	P	M	V	A	K	S	T	L	D	I	V	L	A	N	K	D	R	L	N	S	A	I	I	Y	D	R	D	F	S	Y	N	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	K	I	.	.	N	G	K	V	A	E	R	P	Q	H	M	L
Template Known Secondary structure													B		T	T	T			B			S	S										T	T						T	T			G	G	G	G	G	S	S												T	S		B	S	.	.	S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure																																																																				.	.
Template SS confidence
		94	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.			160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230		.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.
Query SS confidence																																																											.
Query Sequence		I	L	V	A	A	C	L	F	S	N	Y	P	R	E	T	R	L	Q	Y	V	K	R	F	Y	D	A	V	S	T	F	K	I	S	L	P	T	P	I	M	S	G	V	R	T	P	T	R	Q	F	S	S	C	V	L	I	E	C	.	G	D	S	L	D	S	I	N	A	T	S	S	A	I	V	K	Y	V	S	Q	R	A
Query Conservation																																																											.
Alig confidence											.	.	.	.	.																																												.
Template Conservation											.	.	.	.	.
Template Sequence		M	R	V	S	V	G	I	H	K	.	.	.	.	.	E	D	I	D	A	A	I	E	T	Y	N	L	L	S	E	R	W	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	N	R	P	Q	L	S	S	C	F	L	L	S	M	K	D	D	S	I	E	G	I	Y	D	T	L	K	Q	C	A	L	I	S	K	S	A	G
Template Known Secondary structure										T	.	.	.	.	.	T														T	T	S											T	T	S	S	S														S	S																	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.
Template SS confidence
		172	.	.	.	.	.	.	.	180						.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	I	G	I	N	A	G	R	I	R	A	L	G	S	P	I	R	G	G	E	A	F	H	T	G	C	I	P	F	Y	K	H	F	Q	T	A	V	K	S	C	S	Q	G	G	V	R	G	G	A	A	T	L	F	Y	P	M	W	H	L	E	V	E	S	L	L	V	L	K	N	N	R	G	V	E	G	N	R	V	R	H
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	G	V	A	V	S	C	I	R	A	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	N	S	N	G	L	V	P	M	L	R	V	Y	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	P	.	.	.	.	G	A	F	A	I	Y	L	E	P	W	H	L	D	I	F	E	F	L	D	L	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D
Template Known Secondary structure								T	T	S			T	T				T	T	T	T																								.	.	.	.									T	T	B	T	T					T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.					290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.										.	.
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	D	Y	G	V	Q	I	N	K	L	M	Y	T	R	L	L	K	G	E	D	I	T	L	F	S	P	S	D	V	P	G	L	Y	D	A	F	F	A	D	Q	E	E	F	E	R	L	Y	T	K	Y	E	K	D	D	S	I	R	K	Q	R	V	K	A	V	E	L	F	S	L	M	M	Q	E	R	A	S	T	G	R	I
Query Conservation
Alig confidence																																						.	.	.																					.
Template Conservation																																						.	.	.																					.
Template Sequence		L	F	F	A	L	W	I	P	D	L	F	M	K	R	V	E	T	N	Q	D	W	S	L	M	C	P	N	E	C	P	G	L	D	E	V	W	.	.	.	G	E	E	F	E	K	L	Y	A	S	Y	E	K	Q	G	R	V	R	K	V	.	V	K	A	Q	Q	L	W	Y	A	I	I	E	S	Q	T	E	T	G	T	P
Template Known Secondary structure																		T	T						B		T	T	T	S	T	T	T	T	S			.	.	.													T	T				S			.																		S		S
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.																					.
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.				.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.		.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.							.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	I	Q	N	V	D	H	C	N	T	H	S	P	F	D	P	A	I	A	P	V	R	Q	S	N	L	C	L	E	I	A	L	P	T	K	P	L	N	D	V	N	D	E	N	G	E	I	A	L	C	T	L	S	A	F	N	L	G	A	I	.	.	.	.	.	.	N	N	L	D	E	L	E	E	L	A	I	L	A	V
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.																							.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	M	L	Y	K	D	S	C	N	R	K	S	N	.	Q	Q	N	L	G	T	I	K	C	S	N	L	C	T	E	I	V	E	Y	T	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	V	A	V	C	N	L	A	S	L	A	L	N	M	Y	V	T	S	E	H	T	Y	D	F	K	K	L	A	E	V	T	K	V	V	V
Template Known Secondary structure												T		T	.	T	G	G	G								T	T	S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	S				B								G	G	G	S	B		T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure															.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		404	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.		.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.									.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
		487	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	A	L	D	A	L	L	D	Y	Q	D	Y	P	I	P	A	A	K	R	G	A	M	G	R	R	T	L	G	I	G	V	I	N	F	A	Y	Y	L	A	K	H	G	K	R	Y	S	D	G	S	A	N	N	L	T	H	K	T	F	E	A	I	Q	Y	Y	L	L	K	A	S	N	E	L	A	K	E	Q	G	A	C	P
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		R	N	L	N	K	I	I	D	I	N	Y	Y	P	V	P	E	A	C	L	S	N	K	R	H	R	P	I	G	I	G	V	Q	G	L	A	D	A	F	I	L	M	R	Y	P	F	E	S	A	E	A	Q	L	L	N	K	Q	I	F	E	T	I	Y	Y	G	A	L	E	A	S	C	D	L	A	K	E	Q	G	P	Y	E
Template Known Secondary structure														S	S																												T			T	T	S																																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		W	F	N	E	T	T	Y	A	K	G	I	L	P	I	D	T	Y	K	K	D	L	D	T	I	A	N	E	P	L	H	Y	D	W	E	A	L	R	E	S	I	K	T	H	G	L	R	N	S	T	L	S	A	L	M	P	S	E	T	S	S	Q	I	S	N	A	T	N	G	I	E	P	P	R	G	Y	V	S	I	K	A
Query Conservation
Alig confidence																										.	.	.	.	.	.
Template Conservation																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	Y	E	G	S	P	V	S	K	G	I	L	Q	Y	D	M	W	N	V	T	P	T	D	L	.	.	.	.	.	.	W	D	W	K	V	L	K	E	K	I	A	K	Y	G	I	R	N	S	L	L	I	A	P	M	P	T	A	S	T	A	Q	I	L	G	N	N	E	S	I	E	P	Y	T	S	N	I	Y	T	R	R
Template Known Secondary structure		T		T	T	S	T	T	T	T	T							T	T					T	T	.	.	.	.	.	.	S															S		S			B												T	T				T	T				S		S					B
Template Predicted Secondary structure																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		555	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.							.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	K	D	G	I	L	R	Q	V	V	P	D	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	H	L	H	D	A	Y	E	L	L	W	E	M	P	G	N	D	G	Y	L	Q	L	V	G	I	M	Q	K	F	I	D	Q	S	I	S
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																												.
Template Sequence		V	L	S	G	E	F	Q	I	V	N	P	H	L	L	K	D	L	T	E	R	G	L	W	H	E	E	M	K	N	Q	I	I	A	C	N	G	S	I	Q	S	I	P	E	I	P	D	D	L	K	Q	L	Y	K	T	V	W	E	I	.	S	Q	K	T	V	L	K	M	A	A	E	R	G	A	F	I	D	Q	S	Q	S
Template Known Secondary structure			S	S	S	B															T	T													T	T	T			T	T		T	T	S								T			G	G	G	S	.													T	T	S		S	S
Template Predicted Secondary structure																																																												.
Template SS confidence
		629	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.		.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.
		695	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.		.	730	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.
Query SS confidence																																				.
Query Sequence		A	N	T	N	Y	D	P	S	R	F	P	S	G	K	V	P	M	Q	Q	L	L	K	D	L	L	T	A	Y	K	F	G	V	K	T	.	L	Y	Y	Q	N	T	R
Query Conservation																																				.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.				.																				.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.				.
Template Sequence		L	N	I	H	I	.	.	.	.	.	.	A	E	P	.	N	Y	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	Q	G	L	K	T	G	M	Y	Y	L	R	T	R
Template Known Secondary structure							.	.	.	.	.	.	S	S		.																T		S				S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.				.
Template SS confidence
		708	.	710	.	.							.	.	.		.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.