Job Description P00452 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 10:56:38 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 609 % Identity 29% Template c2cvuA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large chain PDBTitle: structures of yeast ribonucleotide reductase i Resolution 2.90 Å

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		92	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.				.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.
Query Sequence		K	A	Y	G	Q	F	E	P	P	A	L	Y	D	H	V	V	K	M	V	E	M	G	K	Y	.	.	.	D	N	H	L	L	E	D	Y	T	E	E	E	F	K	Q	M	D	T	F	I	D	H	D	R	D	M	T	F	S	Y	A	A	V	K	Q	L	E	G	K	Y	L	V	Q	N	R	V	T	G	E	I	Y	E	S
Query Conservation																										.	.	.
Alig confidence																										.	.	.																																													.	.
Template Conservation																																																																									.	.
Template Sequence		Q	T	T	K	Q	F	S	K	V	V	E	D	L	Y	R	Y	V	N	A	A	T	G	K	P	A	P	M	I	S	D	D	V	Y	N	I	V	M	E	N	K	D	K	L	N	S	A	I	V	Y	D	R	D	F	Q	Y	S	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	R	I	.	.	N	G	Q	V	A	E	R
Template Known Secondary structure																				T	T	T	T						S											T										G	G	G	G	G	G	S												T	S				.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																									.	.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.			160	.	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230		.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																.
Query SS confidence																																																																.
Query Sequence		A	Q	F	L	Y	I	L	V	A	A	C	L	F	S	N	Y	P	R	E	T	R	L	Q	Y	V	K	R	F	Y	D	A	V	S	T	F	K	I	S	L	P	T	P	I	M	S	G	V	R	T	P	T	R	Q	F	S	S	C	V	L	I	E	C	.	G	D	S	L	D	S	I	N	A	T	S	S	A	I	V	K	Y
Query Conservation																																																																.
Alig confidence																.	.	.	.	.																																												.
Template Conservation																.	.	.	.	.
Template Sequence		P	Q	H	L	I	M	R	V	A	L	G	I	H	G	.	.	.	.	.	R	D	I	E	A	A	L	E	T	Y	N	L	M	S	L	K	Y	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	P	K	P	Q	M	S	S	C	F	L	V	A	M	K	E	D	S	I	E	G	I	Y	D	T	L	K	E	C	A	L	I
Template Known Secondary structure															T	.	.	.	.	.	T														T	T	S											T	T	S	S	S														S	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.
Template SS confidence
		167	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180						.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
		248	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		V	S	Q	R	A	G	I	G	I	N	A	G	R	I	R	A	L	G	S	P	I	R	G	G	E	A	F	H	T	G	C	I	P	F	Y	K	H	F	Q	T	A	V	K	S	C	S	Q	G	G	.	V	R	G	G	A	A	T	L	F	Y	P	M	W	H	L	E	V	E	S	L	L	V	L	K	N	N	R	G	V	E
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																																																			.
Template Conservation
Template Sequence		S	K	T	A	G	G	I	G	L	H	I	H	N	I	R	S	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	T	S	N	G	L	I	P	M	I	R	V	F	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	G	G	N	K	R	P	G	A	F	A	L	Y	L	E	P	W	H	A	D	I	F	D	F	I	D	I	R	K	N	H	G	K	E
Template Known Secondary structure			T	S	S								T	T	S			T	T		B		T	T	S	S		B																		S		S	S	S		S	S										T	T	B	T	T					T	T	T	T		S	S	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
		327	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	N	R	V	R	H	M	D	Y	G	V	Q	I	N	K	L	M	Y	T	R	L	L	K	G	E	D	I	T	L	F	S	P	S	D	V	P	G	L	Y	D	A	F	F	A	D	Q	E	E	F	E	R	L	Y	T	K	Y	E	K	D	D	S	I	R	K	Q	R	V	K	A	V	E	L	F	S	L	M	M	Q	E	R
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.																		.	.
Template Conservation																																												.	.	.																		.	.
Template Sequence		E	I	R	A	R	D	L	F	P	A	L	W	I	P	D	L	F	M	K	R	V	E	E	N	G	T	W	T	L	F	S	P	T	S	A	P	G	L	S	D	C	Y	.	.	.	G	D	E	F	E	A	L	Y	T	R	Y	E	K	E	G	R	G	.	.	K	T	I	K	A	Q	K	L	W	Y	S	I	L	E	A	Q
Template Known Secondary structure		T	T			T	T																		T						B		T	T	T	S	T	T	G	G	G			.	.	.														T	T		S	.	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.																		.	.
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.				.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
		407	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.												.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	S	T	G	R	I	Y	I	Q	N	V	D	H	C	N	T	H	S	P	F	D	P	A	I	A	P	V	R	Q	S	N	L	C	L	E	I	A	L	P	T	K	P	L	N	D	V	N	D	E	N	G	E	I	A	L	C	T	L	S	A	F	N	L	G	A	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	N	L
Query Conservation																																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	E	T	G	T	P	F	V	V	Y	K	D	A	C	N	R	K	S	N	.	Q	K	N	L	G	V	I	K	S	S	N	L	C	C	E	I	V	E	Y	S	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	T	A	V	C	N	L	A	S	V	A	L	P	A	F	I	E	T	S	E	D	G	K	T	S	T	Y	N	F
Template Known Secondary structure					S		S											T		T	.	T	G	G	G								T	T	S							B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B											G	G	G	G				T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																					.																							.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.		.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.									.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.
		476	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	L	E	E	L	A	I	L	A	V	R	A	L	D	A	L	L	D	Y	Q	D	Y	P	I	P	A	A	K	R	G	A	M	G	R	R	T	L	G	I	G	V	I	N	F	A	Y	Y	L	A	K	H	G	K	R	Y	S	D	G	S	A	N	N	L	T	H	K	T	F	E	A	I	Q	Y	Y	L	L	K	A	S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		K	K	L	H	E	I	A	K	V	V	T	R	N	L	N	R	V	I	D	R	N	Y	Y	P	V	E	E	A	R	K	S	N	M	R	H	R	P	I	A	L	G	V	Q	G	L	A	D	T	F	M	L	L	R	L	P	F	D	S	E	E	A	R	L	L	N	I	Q	I	F	E	T	I	Y	H	A	S	M	E	A	S
Template Known Secondary structure																									S	S																											T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		468	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		556	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	E	L	A	K	E	Q	G	A	C	P	W	F	N	E	T	T	Y	A	K	G	I	L	P	I	D	T	Y	K	K	D	L	D	T	I	A	N	E	P	L	H	Y	D	W	E	A	L	R	E	S	I	K	T	H	G	L	R	N	S	T	L	S	A	L	M	P	S	E	T	S	S	Q	I	S	N	A	T	N	G	I
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	E	L	A	Q	K	D	G	P	Y	E	T	F	Q	G	S	P	A	S	Q	G	I	L	Q	F	D	M	W	D	Q	K	P	Y	G	M	.	.	.	.	.	.	W	D	W	D	T	L	R	K	D	I	M	K	H	G	V	R	N	S	L	T	M	A	P	M	P	T	A	S	T	S	Q	I	L	G	Y	N	E	C	F
Template Known Secondary structure												T	T		T	T	S	T	G	G	G	T			G	G	G	G	G	T						S	.	.	.	.	.	.	S															S		S			B						T	T						T			S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		548	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.							.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.
		636	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	P	P	R	G	Y	V	S	I	K	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	G	I	L	R	Q	V	V	P	D	Y	E	H	L	H	D	A	Y	E	L	L	W	E	M	P	G	N	D	G	Y	L	Q	L	V	G	I	M	Q	K	F	I	D
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation																																																																.
Template Sequence		E	P	V	T	S	N	M	Y	S	F	Q	V	V	N	P	Y	L	L	R	D	L	V	D	L	G	I	W	D	E	G	M	K	Q	Y	L	I	T	Q	N	G	S	I	Q	G	L	P	N	V	P	Q	E	L	K	D	L	Y	K	T	V	W	E	I	.	S	Q	K	T	I	I	N	M	A	A	D	R	S	V	Y	I	D
Template Known Secondary structure					S		S	S																	T	T			S										T	T	T			S	S		T	T									S			G	G	G	S	.													G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure																																																																.
Template SS confidence
		622	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.		.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700
		691	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.		.	730	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.
Query SS confidence																																								.
Query Sequence		Q	S	I	S	A	N	T	N	Y	D	P	S	R	F	P	S	G	K	V	P	M	Q	Q	L	L	K	D	L	L	T	A	Y	K	F	G	V	K	T	.	L	Y	Y	Q	N	T	R
Query Conservation																																								.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.				.																				.
Template Conservation											.	.	.	.	.	.				.
Template Sequence		Q	S	H	S	L	N	L	F	L	.	.	.	.	.	.	R	A	P	.	T	M	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	K	G	L	K	T	G	M	Y	Y	L	R	T	Q
Template Known Secondary structure		S									.	.	.	.	.	.	S	S		.															T	T		S				S
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.				.
Template SS confidence
		708	.	710	.	.	.	.	.	.							.	.	.		720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.