Job Description P10902 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 11:32:21 GMT 2012 Rank 31 Aligned Residues 406 % Identity 19% Template c3cp8C_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: C: PDB Molecule:trna uridine 5-carboxymethylaminomethyl PDBTitle: crystal structure of gida from chlorobium tepidum Resolution 3.20 Å

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.		.	.	.	.	.	.	.	.	40			.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.										.	.
Query SS confidence																											.										.	.
Query Sequence		H	S	C	D	V	L	I	I	G	S	G	A	A	G	L	S	L	A	L	R	L	A	D	Q	H	.	Q	V	I	V	L	S	K	G	P	.	.	V	T	E	G	S	T	F	Y	A	Q	G	G	I	A	A	V	F	D	E	T	D	S	I	D	S	H	V	E	D	T	L	I	A	G	A	G	I	C	D	R	H	A	V
Query Conservation																											.										.	.
Alig confidence																											.										.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		H	M	Y	D	V	I	V	V	G	A	G	H	A	G	C	E	A	A	L	A	V	A	R	G	G	L	H	C	L	L	I	T	S	D	L	S	A	V	A	R	M	S	C	N	P	A	I	G	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	K	G	Q	I	T
Template Known Secondary structure												S													T	T								S		G	G	G	T	T			S	S		S					T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		0	.	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									50	.	.	.	.	.
		84	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	F	V	A	S	N	A	R	S	C	V	Q	W	L	I	D	Q	G	V	L	F	D	T	H	I	Q	P	N	G	E	E	S	Y	H	L	T	R	E	G	G	H	S	H	R	R	I	L	H	A	A	D	A	T	G	R	E	V	E	T	T	L	V	S	K	A	L	N	H	P	N	I	R	V	L	E	R	S	N	A	V
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Sequence		R	E	I	D	A	L	G	G	E	M	G	K	A	I	D	A	T	G	I	Q	F	R	M	L	N	R	S	K	G	P	A	M	H	S	P	R	A	Q	A	D	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	Y	S	L	Y	M	R	R	I	V	E	H	E	P	N	I	D	L	L	Q	.	D	T	V	I
Template Known Secondary structure								T		S																	S	S	S		T	T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T		T	T						.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template SS confidence
		56	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.														.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.		.	.	120	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210									.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	L	I	V	S	D	K	I	G	L	P	G	T	R	R	V	V	G	A	W	V	W	N	R	N	K	E	T	V	E	T	C	H	A	K	A	V	V	L	A	T	G	G	A	S	K	V	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Q	Y	T	T	N	P	D	I	S	S	G	D	G	I	A	M	A	W	R	A	G	C	R	V
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.																																														.
Template Sequence		G	V	S	A	N	S	G	.	.	.	.	.	.	.	K	F	S	S	V	T	V	R	S	G	R	.	.	.	.	.	A	I	Q	A	K	A	A	I	L	A	C	G	T	F	L	N	G	L	I	H	I	G	M	D	H	F	P	G	G	R	S	T	A	E	P	P	V	E	G	L	T	E	S	L	A	.	S	L	G	F
Template Known Secondary structure							T	T	.	.	.	.	.	.	.								T	T	S		.	.	.	.	.												T	T		B	T						T	T						S	S	S	T	T	S			B		S							.		T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.																																														.
Template SS confidence
		122	.	.	.	.	.	.								.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.						140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.		.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	N	L	E	F	N	Q	F	H	P	T	A	L	Y	H	P	Q	A	R	N	F	L	L	T	E	A	L	R	G	E	G	A	Y	L	K	R	P	D	G	T	R	F	M	P	D	F	D	E	R	G	E	L	A	P	R	D	I	V	A	R	A	I	D	H	E	M	K	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	G	R	L	K	T	G	T	P	P	R	I	D	S	R	S	V	D	Y	T	I	V	T	E	Q	P	G	D	V	D	P	V	P	F	S	F	S	S	T	S	V	A	N	R	N	L	V	S	C	Y	L	T	K	T	T	E	K	T	H	D	I	L	R	T	G	F	D	R	S	P	L	F	T	G	C	P	S	I	E
Template Known Secondary structure																G	G	G	S		T	T	T	S							S	S				S	S	S	S					G	G	G																				T	T	T	T	T		T	T							S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		189	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
										304	.	.	.	.	.	310	.	.															.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	L	G	A	D	C	M	F	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	H	K	P	A	D	F	I	R	Q	H	F	P	M	I	Y	E	K	L	L	G	L	G	I	D	L	T	Q	E	P	V	P	I	V	P	A	A	H	Y	T	C	G	G	V	M	V	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	K	I	S	R	F	P	D	K	S	S	H	H	I	F	L	E	P	E	G	T	D	T	V	E	M	Y	V	N	G	F	S	T	S	L	P	E	D	I	Q	I	A	G	L	R	S	I	P	.	.	.	.	.	.	G	L	E	E	A	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	I	R	P	G	Y	A	I	E	Y
Template Known Secondary structure									S		S									S	S	T	T								T					S										T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	T		T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.							.	.	.	.	330	.											.	.	.	.	.	.	.	.	340	.
										360	.	.	.	.	.		.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.							.																																																															.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.							.																																																															.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	H	G	R	T	.	D	V	E	G	L	Y	A	I	G	E	V	S	Y	T	G	L	H	G	A	N	R	M	A	S	N	S	L	L	E	C	L	V	Y	G	W	S	A	A	E	D	I	T	R	R	M	P	Y	A	H	D	I	S	T	L	P	P	W	D	E	S	R	V	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.							.																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.							.															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.
Template Conservation																															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	F	H	P	W	Q	I	R	S	T	M	E	T	R	P	V	E	N	L	F	F	A	G	Q	I	N	G	T	.	.	S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	E	E	A	A	A	Q	G	L	M	A	G	I	N	A	V	R	K	I	L	G	K	E	L	I	V	L	G	R	D	Q	A	Y	I	G	V	L	I	D
Template Known Secondary structure						G	G	G	B		T	T	S	B	B	S	S	S	B	T					S	G	G	G	T	B	.	.			.	.	.	.	.	.	.	.																					T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.	.			.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		342	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370			.	.									.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
																	428	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450		.	.	.	.	.	.	.			.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.								.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.								.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	N	P	D	E	R	V	V	I	Q	H	N	W	H	E	L	R	L	F	M	W	D	Y	.	V	G	I	V	R	T	T	.	.	K	R	L	E	R	A	L	R	R	I	T	M	L	Q	Q	E	I	D	E	Y	Y	A	H	F	R	V	S	N	N	L	L	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.								.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.								.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	L	I	T	K	E	T	K	E	P	Y	R	M	F	T	S	S	A	E	H	R	L	I	L	R	H	D	N	A	D	L	R	L	R	K	I	G	Y	D	C	N	L	V	S	S	D	D	L	H	R	T	E	S	I	I	K	R	V	Q	H	C	L	E	V	M	K	T	A	K	V	T	P	A	E	I	N	T	L	L	M
Template Known Secondary structure									S	S		B		T	T	T				S			G	G	G		G	G	G												T	T		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		412	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.