Job Description P0A6U8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:03:56 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 435 % Identity 15% Template c3s29C_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:sucrose synthase 1; PDBTitle: the crystal structure of sucrose synthase-1 from arabidopsis thaliana2 and its functional implications. Resolution 2.85 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10								.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.													.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	V	L	H	V	C	S	E	M	.	.	.	.	.	.	.	F	P	L	L	K	T	G	G	L	A	D	V	I	G	A	L	P	A	A	Q	I	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	V	D	A	R	V	L	L	P	A	F	P	D	I	R	R	G	V	T	D	A	Q	V	V	S	R	R	D	T
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																												.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	V	V	I	L	S	P	H	G	Y	F	A	Q	D	N	V	L	G	Y	P	D	T	G	G	Q	V	V	Y	I	L	D	Q	V	R	A	L	E	I	E	M	L	Q	R	I	K	Q	Q	G	L	N	I	K	P	R	I	L	I	L	T	R	L	L	P	D	A	V	G	T	T	C	G	E	R	L	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									S	S				S	S	S		T	T	S	T	T		S																								T	T															T	T			S	S	S	T	T	S	S		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		63	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.			.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Query SS confidence																																																																			.	.
Query Sequence		F	A	G	H	I	T	L	L	F	G	H	Y	N	G	V	G	I	Y	L	I	D	A	P	H	L	Y	D	R	P	G	S	P	Y	H	D	T	N	L	F	A	Y	T	D	N	V	L	R	F	A	L	L	G	W	V	G	A	E	M	A	S	G	L	D	P	F	.	.	W	R	P	D	V	V	H	A	H	D	W	H	A
Query Conservation																																																																			.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	E	R	V	Y	D	S	E	Y	C	D	I	L	R	V	P	F	R	T	E	K	G	I	V	R	K	W	I	S	R	F	E	V	W	P	Y	L	E	T	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	A	A	V	E	L	S	K	E	L	N	G	K	P	D	L	I	I	G	N	Y	S	D	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.				T	T		S	S											T	T					S				G	G	G		G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.												S	S			S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
								354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.										.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	L	A	P	A	Y	L	A	A	R	G	R	P	A	K	S	V	F	T	V	H	N	L	A	Y	Q	G	M	F	Y	A	H	H	M	N	D	I	Q	L	P	W	S	F	F	N	I	H	G	L	E	F	N	G	Q	I	S	F	L	K	A	G	L	Y	Y	A	D	H	I	T	A	V	S	P	T	Y	A	R	E	I	T
Query Conservation
Alig confidence															.										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.										.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	L	V	A	S	L	L	A	H	K	L	G	V	.	T	Q	C	T	I	A	H	A	L	.	.	.	.	.	.	.	E	K	T	K	Y	P	D	S	D	I	Y	W	K	K	L	D	D	K	Y	H	F	S	C	Q	F	T	A	D	I	F	A	M	N	H	T	D	F	I	I	T	S	T	F	Q	E	I	A	G	S	K
Template Known Secondary structure													T		.							S			.	.	.	.	.	.	.					S	T	T	T	T	T	T																								S	S					S		S							S
Template Predicted Secondary structure															.										.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.		.	.	.	.	.	.	.	.	440								.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
		221	.	.	.											.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	P	Q	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	Y	G	M	E	G	L	L	Q	Q	R	H	R	E	G	R	L	S	G	V	L	N	G	V	D	E	K	I	W	S	P	E	T	D	L	L	L	A	S	R	Y	T	R	D	T	L	E	D	K	A	E	N	K	R	Q	L	Q	I	A	M	G	L	K	V	D	D
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	T	V	G	Q	Y	E	S	H	T	A	F	T	L	P	G	L	Y	R	V	V	H	G	I	D	V	F	D	P	K	F	N	I	V	S	P	G	A	D	M	S	I	Y	F	P	Y	T	E	E	K	R	R	L	T	K	F	H	S	E	I	E	E	L	L	Y	S	D	V	E	N	K	E	H	L	C	V	L	K	D	K
Template Known Secondary structure		S	S			T	T	G	G	G	S	S				T	T	T									T	T		T	T										T	T	T				T	T		T	T	T	S		G	G	G											S			S	S	S			S		B	S		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		491	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570
		291	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.														.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.		.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Query Sequence		K	V	P	L	F	A	V	V	S	R	L	T	S	Q	K	G	L	D	L	V	L	E	A	L	P	G	L	L	E	Q	G	G	Q	L	A	L	L	G	A	G	D	P	V	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	F	L	A	A	A	A	E	Y	P	G	Q	V	G	V	Q	I	G	Y	.	H
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																					.
Template Conservation
Template Sequence		K	K	P	I	L	F	T	M	A	R	L	D	R	V	K	N	L	S	G	L	V	E	W	Y	G	K	N	T	R	L	R	E	L	A	N	L	V	V	V	G	G	D	R	R	K	E	S	K	D	N	E	E	K	A	E	M	K	K	M	Y	D	L	I	E	E	Y	K	L	N	G	Q	F	R	W	I	S	S	Q	M	D
Template Known Secondary structure		T	S										S	T	T	T	T																											T	T	S																					T	T		T	B	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		571	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.					.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.
Query Sequence		E	A	F	S	H	R	I	M	G	G	A	.	.	.	.	D	V	I	L	V	P	S	R	F	E	P	C	G	L	T	Q	L	Y	G	L	K	Y	G	T	L	P	L	V	R	R	T	G	G	L	A	D	T	V	S	D	C	S	L	E	N	L	A	D	G	V	A	S	G	F	V	F	E	D	S	N	A	W	S	L	L
Query Conservation													.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	R	N	G	E	L	Y	R	Y	I	C	D	T	K	G	A	F	V	Q	P	A	L	Y	E	A	F	G	L	T	V	V	E	A	M	T	C	G	L	P	T	F	A	T	C	K	G	G	P	A	E	I	I	V	H	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	S	G	F	H	I	D	P	Y	H	G	D	Q	A	A
Template Known Secondary structure															T	T								S		B	S	S											T							S	S	B	T							B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	B					T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		651	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.										.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.
		433	.	.	.	.	.	.					440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.
Query Sequence		R	A	I	R	R	A	F	.	.	.	.	V	L	W	S	R	P	S	L	W	R	F	V	Q	R	Q	A	M	A	M	D	F	S	W	Q	V	A	A	K	S	Y	R	E	L	Y	Y
Query Conservation									.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	T	L	A	D	F	F	T	K	C	K	E	D	P	S	H	W	D	E	I	S	K	G	G	L	Q	R	I	E	E	K	Y	T	W	Q	I	Y	S	Q	R	L	L	T	L	T	G
Template Known Secondary structure															T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.