Job Description P0A6U8 Confidence 99.26% Date Thu Jan 5 11:03:56 GMT 2012 Rank 45 Aligned Residues 447 % Identity 16% Template c2c4mA_ PDB info PDB header:transferase Chain: A: PDB Molecule:glycogen phosphorylase; PDBTitle: starch phosphorylase: structural studies explain oxyanion-2 dependent kinetic stability and regulatory control. Resolution 1.9 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		12	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	L	K	T	G	G	L	A	D	V	I	G	A	L	P	A	A	Q	I	A	D	G	V	D	A	R	V	L	L	P	A	F	P	D	I	R	R	G	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	D	A	Q	V	V	S	R	R	D	T	F	A	G	H	I	T	L	L	F	G	H	Y	N
Query Conservation																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	L	G	N	G	G	L	G	R	L	A	A	C	F	L	D	S	A	V	T	Q	D	Y	P	V	T	G	Y	G	L	L	Y	R	F	G	L	F	R	Q	S	F	N	E	G	F	Q	V	E	K	P	D	P	W	R	E	E	E	Y	P	F	T	I	R	R	A	S	D	Q	L	V	V	C	F	D	D	M	K	T	R
Template Known Secondary structure		B					S																T	T											S	S		S							T	T									S	S	S	S			T	T	S				G	G	G							T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		108	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.
		76	.	.	.	80	.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.								.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	G	I	Y	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	P	H	L	Y	D	R	P	G	S	P	Y	H	D	T	N	L	F	A	Y	T	D	.	.	.	.	.	.	.	N	V	L	R	F	A	L	L	G	W	V
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	I	P	Y	D	M	P	I	T	G	Y	G	T	H	N	V	G	T	L	R	L	W	K	A	E	P	W	E	E	F	D	Y	D	A	F	N	A	Q	R	F	T	D	A	I	I	E	R	E	R	V	S	D	I	C	R	V	L	Y	P	N	D	T	T	Y	E	G	K	K	L	R	V	R	Q	Q	Y	F	F	T	S	A
Template Known Secondary structure												T	T															S	S	S	S							T	T																		S	S	S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		188	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.									130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.															.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	A	E	M	A	S	G	L	D	P	F	W	R	.	.	.	.	.	.	.	.	P	D	V	V	H	A	H	D	W	H	A	G	L	A	P	A	Y	L	A	A	R	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	K	S	V	F	T	V	H	N	L	A	Y	Q	G	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	Q	A	M	I	Q	D	H	L	A	H	H	K	D	L	S	N	F	A	E	F	H	S	V	Q	L	N	D	T	H	P	V	L	A	I	P	E	L	M	R	L	L	M	D	E	H	D	M	G	W	E	E	S	W	A	I	V	S	K	T	F	A	Y	T	N	H	T	V	L	T	E	A	L	E	Q	W	D	E	Q
Template Known Secondary structure														S	S		S	T	T											S	S	T	T	T	T													S																						S	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		268	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
																			168	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	F	Y	A	H	H	M	N	D	I	Q	L	P	W	S	F	F	N	I	H	G	L	E	F	N	G	Q	I	S	F	L	K	A	G	L	Y	Y	A	D	H	I	T	A	V	S	P	T	Y	A	R	E	I	T	E	P	Q	F	A	Y	G	M	E	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																								.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																										.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	Q	Q	L	F	W	R	V	W	E	I	I	A	E	I	D	R	R	F	R	L	E	R	A	A	D	G	L	D	E	E	T	I	N	R	M	A	P	I	Q	H	G	T	V	H	M	A	W	I	A	C	Y	A	A	Y	S	I	N	G	V	A	A	L	H	T	E	I	I	K	A	E	.	.	.	.	.	.	T	L
Template Known Secondary structure																												T	T											S			T	T													S					S	S										T	.	.	.	.	.	.	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.							420	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.																																	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	L	Q	Q	R	H	R	E	G	R	L	S	G	V	L	N	G	V	D	E	K	I	W	S	P	E	T	D	L	L	L	A	S	R	Y	T	R	D	T	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	A	E	N	K	R
Query Conservation																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	D	W	Y	A	L	W	P	E	K	F	N	N	K	T	N	G	V	T	P	R	R	W	L	R	M	I	N	P	G	L	S	D	L	L	T	R	L	S	G	S	D	D	W	V	T	D	L	D	E	L	K	K	L	R	S	Y	A	D	D	K	S	V	L	E	E	L	R	A	I	K	A	A	N	K	Q	D	F	A	E
Template Known Secondary structure									G	G	G								B		T						T	T													S	S	S	G	G	G	G		G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
		279	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.								310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320				.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																												.
Query SS confidence																																	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																												.
Query Sequence		Q	L	Q	I	A	M	G	L	K	V	D	D	K	V	P	L	F	A	V	V	S	R	L	T	S	Q	K	G	L	D	L	.	.	.	.	.	.	.	V	L	E	A	L	P	G	L	L	E	Q	.	.	.	G	G	Q	L	A	L	L	G	A	G	D	P	V	L	Q	E	G	F	L	A	A	A	A	E	Y	P	G	.
Query Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																												.
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																												.
Template Conservation
Template Sequence		W	I	L	E	R	Q	G	I	E	I	D	P	E	S	I	F	D	V	Q	I	K	R	L	H	E	Y	K	R	Q	L	M	N	A	L	Y	V	L	D	L	Y	F	R	I	K	E	D	G	L	T	D	I	P	A	R	T	V	I	F	G	A	K	A	A	P	G	Y	V	R	A	K	A	I	I	K	L	I	N	S	I	A
Template Known Secondary structure													T	T	S											G	G	G	T																	T	S				S	S													T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
															348	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.			.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	G	V	Q	I	G	Y	H	E	A	F	S	H	R	I	M	G	G	A	D	V	I	L	V	P	S	R	.	.	F	E	P	C	G	L	T	Q	L	Y	G	L	K	Y	G	T	L	P	L	V	R	R	T	G	G	L	A	D	T	V	S	D	C	S	L	E	N
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.																																			.	.	.
Template Conservation																																																																															.	.	.
Template Sequence		D	L	V	N	N	D	P	E	V	S	P	L	L	K	V	V	F	V	E	N	Y	N	V	S	P	A	E	H	I	L	P	A	S	D	V	S	E	Q	I	S	T	A	G	K	E	A	S	G	T	S	N	M	K	F	M	M	N	G	A	L	T	L	G	T	M	D	G	A	N	V	E	I	V	D	S	V	G	.	.	.
Template Known Secondary structure						T		T	T	T	T	T	T							T	T										G	G	G		S								T	T	S		S											T	T							S	S	T											.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																															.	.	.
Template SS confidence
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	D	G	V	A	S	G	F	V	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	D	S	N	A	W	S	L	L	R	A	I	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	E	E	N	A	Y	I	F	G	A	R	V	E	E	L	P	A	L	R	E	S	Y	K	P	Y	E	L	Y	E	T	V	P	G	L	K	R	A	L	D	A	L	D	N	G	T	L	N	D	N	N	S	G	L	F	Y	D	L	K	H	S	L	I	H	G	Y	G	K	D	A	S	D	T	Y	Y	V	L	G
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	G	G	G	S				S			T	T	T							T										S	T	T							T	T	T	S	S	S	S			T	T													S			G	G	G		S		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.
Template SS confidence
						659	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.
												437	.	.	440	.	.		.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.			.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	A	F	V	L	W	.	S	R	P	S	L	W	R	F	V	Q	R	Q	A	M	A	M	.	.	D	F	S	W	Q	V	A	A	K	S	Y	R	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	F	A	D	Y	R	E	T	R	D	R	M	A	A	D	Y	A	S	D	P	L	G	W	A	R	M	A	W	I	N	I	C	E	S	G	R	F	S	S	D	R	T	I	R	D	Y	A	T
Template Known Secondary structure																																			G	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		735	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.