Job Description P0A6U8 Confidence 56.59% Date Thu Jan 5 11:03:56 GMT 2012 Rank 471 Aligned Residues 346 % Identity 13% Template c1y6gB_ PDB info PDB header:transferase/dna Chain: B: PDB Molecule:dna alpha-glucosyltransferase; PDBTitle: alpha-glucosyltransferase in complex with udp and a 13_mer2 dna containing a hmu base at 2.8 a resolution Resolution 2.80 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	Q	V	L	H	V	C	S	E	M	F	P	L	L	K	T	G	G	L	A	D	V	I	G	A	L	P	A	A	Q	I	A	D	G	V	D	A	R	V	L	L	P	A	F	P	D	I	R	R	G	V	T	D	A	Q	V	V	S	R	R	D	T	F	A	G	H	I	T	L	L	F	G	H	Y	N	G	V	G	I	Y
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	R	I	C	I	F	M	A	R	G	L	.	.	.	E	G	C	G	V	T	K	F	S	L	E	Q	R	D	W	F	I	K	N	G	H	E	V	T	L	V	Y	A	K	D	K	S	F	T	R	T	S	S	H	D	H	K	S	F	S	I	P	V	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure									T	T			.	.	.		S	S																T	T									T	T	S			T	T	S	S	S	S			T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure													.	.	.																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1001	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.				.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	I	D	A	P	H	L	Y	D	R	P	G	S	P	Y	H	D	T	N	L	F	A	Y	T	D	N	V	L	R	F	A	L	L	G	W	V	G	A	E	M	A	S	G	L	D	P	F	W	R	P	D	V	V	H	A	H	D	W	H	A	G	L	A	P	A	Y	L	A	A	R	G	R	P	A	K	S	V	F	T	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	K	E	Y	D	K	A	L	K	L	V	N	D	C	D	I	L	I	I	N	S	V	P	A	T	S	V	Q	E	A	T	I	N	N	Y	K	K	L	L	D	N	I	K	P	S	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													T	S	S	S									B	T	T	S														S	S		S	S	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																			1061	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	N	L	A	Y	Q	G	M	F	Y	A	H	H	M	N	D	I	Q	L	P	W	S	F	F	N	I	H	G	L	E	F	N	G	Q	I	S	F	L	K	A	G	L	Y	Y	A	D	H	I	T	A	V	S	P	T	Y	A	R	E	I	T	E	P	Q	F	A	Y	G	M	E	G	L	L	Q	Q	R	H	R	E	G	R
Query Conservation
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	V	V	V	Y	Q	H	D	H	S	V	L	S	L	R	R	N	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	E	T	V	R	R	A	D	V	I	F	S	H	S	D	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	F	N	K	V	L	M	K	E	W	Y	P	E	A	P	T
Template Known Secondary structure											S					T	T	B	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									S					S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	T	T	T	T	T						S
Template Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1108	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.																			.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.										.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	S	G	V	L	N	G	V	D	E	K	I	W	S	P	E	T	D	L	L	L	A	S	R	Y	T	R	D	T	L	E	D	K	A	E	N	K	R	Q	L	Q	I	A	M	G	L	K	V	D	D	K	V	P	L	F	A	V	V	S	R	L	T	S	Q	K	G	L	D	L	V	L	E	A	L	P	G	L	L	E	Q
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Y	N	F	Q	P	P	M	D	I	V	K	V	R	S	T	Y	W	K	D	V	S	E	I	N	M	N	I	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	I	G	R	T	T	T	W	K	G	F	Y	Q	M	F	D	F	H	E	K	F	L	K	P
Template Known Secondary structure									B													G	G	G								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	G	G	G												T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1171	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.
		321	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.							.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	G	Q	L	A	L	L	G	A	G	D	P	V	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	G	F	L	A	A	A	A	E	Y	P	G	Q	V	G	V	Q	I	G	Y	H	E	A	F	S	H	R	I	M	G	G	A	D	V	I	L	V	P	S	R	.	.	.	.	.	.	F	E	P
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	K	S	T	V	M	E	G	L	E	R	S	P	A	F	I	A	I	K	E	K	G	I	P	Y	E	Y	Y	G	N	R	E	I	D	K	M	N	L	A	P	N	Q	P	A	Q	I	L	D	C	Y	I	N	S	E	M	L	E	R	M	S	K	S	G	F	G	Y	Q	L	S	K	L	N	Q	K	Y	L	Q	R	S
Template Known Secondary structure		G	T												T							T	T	T								T	T	S	G	G	G				S	S	S							S													T												G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1225	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.		.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																													.
Query SS confidence																																													.
Query Sequence		C	G	L	T	Q	L	Y	G	L	K	Y	G	T	L	P	L	V	R	R	T	G	G	L	A	D	T	V	S	D	C	S	L	E	N	L	A	D	G	V	A	S	G	F	.	V	F	E	D	S	N	A	W	S	L	L	R	A	I	R	R	A	F	V	L	W	S	R	P	S	L	W	R	F	V	Q	R	Q	A	M	A
Query Conservation																																													.
Alig confidence																								.	.																				.																				.	.	.
Template Conservation																								.	.																																								.	.	.
Template Sequence		L	E	Y	T	H	L	E	L	G	A	C	G	T	I	P	V	F	W	K	S	T	G	.	.	E	N	L	K	F	R	V	D	N	T	P	L	T	S	H	D	S	G	I	I	W	F	D	E	N	D	M	E	S	T	F	E	R	I	K	E	L	S	S	.	.	.	D	R	A	L	Y	D	R	E	R	E	K	A	Y	E
Template Known Secondary structure												T	T	S					B					.	.				B		S	S	S			B	S	S	S	S							B		S	S	S													S	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.																																								.	.	.
Template SS confidence
		1305	.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.			.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.				.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.