Job Description P0A6U8 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:03:56 GMT 2012 Rank 15 Aligned Residues 399 % Identity 15% Template c1uquB_ PDB info PDB header:synthase Chain: B: PDB Molecule:alpha, alpha-trehalose-phosphate synthase; PDBTitle: trehalose-6-phosphate from e. coli bound with udp-glucose. Resolution 2.0 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	L	H	V	C	S	E	M	F	P	L	L	K	T	G	G	L	A	D	V	I	G	A	L	P	A	A	Q	I	A	D	G	V	D	A	R	V	L	L	P	A	F	P	D	I	R	R	G	V	T	D	A	Q	V	V	S	R	R	D	T	F	A	G	H	I	T	L	L	F	G	H	Y	N	G	V	G	I	Y	L
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.								.	.	.											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.	.	.								.	.	.											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	L	V	V	V	S	N	R	I	A	P	.	.	.	A	G	G	L	A	V	G	.	.	.	I	L	G	A	L	K	A	A	G	G	.	L	W	F	G	W	S	G	E	T	G	N	E	D	Q	P	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	K	K	G	N	I	T	W	A	S
Template Known Secondary structure													.	.	.			S					.	.	.											.								S		S		S	S					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					S	S	B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.								.	.	.											.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.				.	.	.	.	.	.	.				20	.	.	.	.	.	.	.	.	.		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.													.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	A	P	H	L	Y	D	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S	P	Y	H	D	T	N	L	F	A	Y	T	D	N	V	L	R	F	A	L	L	G	W	V	G	A	E	M	A	S	G	L	D	P	F	W	R	P	D	V	V	H	A	H	D	W	H	A	G	L	A	P	A	Y	L	A	A
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.
Template Conservation																																																											.	.
Template Sequence		F	N	L	S	E	Q	D	L	D	E	Y	Y	N	Q	F	S	N	A	V	L	W	P	A	F	H	Y	R	L	D	L	V	Q	F	Q	R	P	A	W	D	G	Y	L	R	V	N	A	L	L	A	D	K	L	L	P	L	L	Q	.	.	D	D	D	I	I	W	I	H	D	Y	H	L	L	P	F	A	H	E	L	R	K
Template Known Secondary structure													T	T	T					T						T	T		G	G	G																							G	G	G			.	.	T	T							S	G	G	G	T	T							T
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.
Template SS confidence
		65	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.			.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.						.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																										.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																										.	.	.	.	.
Query Sequence		R	G	R	P	A	K	S	V	F	T	V	H	N	L	A	Y	Q	G	M	F	Y	A	H	H	M	N	D	I	Q	L	P	W	S	F	F	N	I	H	G	L	E	F	N	G	Q	I	S	F	L	K	A	G	L	Y	Y	A	D	H	I	T	A	V	S	P	T	Y	A	R	E	I	T	E	.	.	.	.	.	P	Q	F
Query Conservation																																																																										.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	V	N	N	R	I	G	F	F	L	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	F	P	T	P	E	I	F	N	A	L	P	T	Y	D	T	L	L	E	Q	L	C	D	Y	D	L	L	G	F	Q	T	E	N	D	R	L	A	F	L	D	C	L	S	N	L	T	R	V
Template Known Secondary structure		T	T			S								S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T	S	T	T									T	T	S	S					S	S															S
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		143	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		225	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Y	G	M	E	G	L	L	Q	Q	R	H	R	E	G	R	L	S	G	V	L	N	G	V	D	E	K	I	W	S	P	E	T	D	L	L	L	A	S	R	Y	T	R	D	T	L	E	D	K	A	E	N	K	R	Q	L	Q	I	A	M	G	L	K	V	D	D	K	V	P	L	F	A	V	V	S	R	L	T	S	Q
Query Conservation
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	T	R	S	A	K	S	H	T	A	W	G	K	A	F	R	T	E	V	Y	P	I	G	I	E	P	K	E	I	A	K	Q	A	A	G	P	L	P	P	K	L	A	Q	L	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	E	L	K	N	V	Q	N	I	F	S	V	E	R	L	D	Y	S
Template Known Secondary structure						T	T					T	T																							S				G	G	G	T	T	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	T	T												G	G
Template Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
		305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.							.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	G	L	D	L	V	L	E	A	L	P	G	L	L	E	Q	G	G	Q	.	.	.	.	.	.	L	A	L	L	G	A	G	D	P	V	L	Q	E	G	F	L	A	A	A	A	E	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	G	Q	V	G	V	Q	I	G	Y	H	E	A	F	S	H	R
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	G	L	P	E	R	F	L	A	Y	E	A	L	L	E	K	Y	P	Q	H	H	G	K	I	R	Y	T	Q	I	A	P	T	S	R	G	D	V	Q	A	Y	Q	D	I	R	H	Q	L	E	N	E	A	G	R	I	N	G	K	Y	G	Q	L	G	W	T	P	L	Y	Y	L	N	Q	H	F	D	R	K	L	L	M	K
Template Known Secondary structure		G																	G	G	G	T	T	T												T	T	S	S		T	T																			B	T	T	B		S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.						.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.	.
Query Sequence		I	M	G	G	A	D	V	I	L	V	P	S	R	F	E	P	C	G	L	T	Q	L	Y	G	L	K	Y	G	T	L	.	.	.	.	.	P	L	V	R	R	T	G	G	L	A	D	T	V	S	D	C	S	L	E	N	L	A	D	G	V	A	S	G	F	V	F	E	D	S	N	A	W	S	L	L	R	A	I	R	R
Query Conservation																																.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	F	R	Y	S	D	V	G	L	V	T	P	L	R	D	G	M	N	L	V	A	K	E	Y	V	A	A	Q	D	P	A	N	P	G	V	L	V	L	S	Q	F	A	G	A	A	N	E	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	S	A	L	I	V	N	P	Y	D	R	D	E	V	A	A	A	L	D	R
Template Known Secondary structure							S							S	S	B	S												S		T	T	S								T	T	B	G	G	G	G	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S					T	T
Template Predicted Secondary structure																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.													.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.			.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																						.	.
Query SS confidence																						.	.
Query Sequence		A	F	V	L	W	S	R	P	S	L	W	R	F	V	Q	R	Q	A	M	A	.	.	M	D	F	S	W	Q	V	A	A	K	S	Y	R	E	L	Y	Y	R	L
Query Conservation																						.	.
Alig confidence						.	.															.	.
Template Conservation						.	.
Template Sequence		A	L	T	M	.	.	S	L	A	E	R	I	S	R	H	A	E	M	L	D	V	I	V	K	N	D	I	N	H	W	Q	E	C	F	I	S	D	L	K	Q	I
Template Known Secondary structure				T		.	.																			T																S
Template Predicted Secondary structure						.	.
Template SS confidence
		415	.	.	.			.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.