Job Description P75742 Confidence 99.94% Date Thu Jan 5 12:13:40 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 372 % Identity 15% Template c2gfpA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:multidrug resistance protein d; PDBTitle: structure of the multidrug transporter emrd from2 escherichia coli Resolution 3.50 Å

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		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	Y	Y	V	V	A	L	Q	I	W	E	Y	F	S	F	Y	G	M	R	A	L	L	I	L	Y	L	T	N	Q	L	K	Y	N	D	T	H	A	Y	E	L	F	S	A	Y	C	S	L	V	Y	V	T	P	I	L	G	G	F	L	A	D	K	V	L	G	N	R	M	A	V	M	L	G	A	L	L	M	A	I	G	H
Query Conservation
Alig confidence																										.																																						.
Template Conservation																										.																																						.
Template Sequence		L	L	M	L	V	L	L	V	A	V	G	Q	M	A	Q	T	I	Y	I	P	A	I	A	D	.	M	A	R	D	L	N	V	R	E	G	A	V	Q	S	V	M	G	A	Y	L	L	T	Y	G	V	S	Q	L	F	Y	G	P	I	S	D	R	V	.	G	R	R	P	V	I	L	V	G	M	S	I	F	M	L	A	T
Template Known Secondary structure																										.			T	T	S	S	S	T	T																			T	T						T	T	S	.
Template Predicted Secondary structure																										.																																						.
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70		.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	L	G	A	S	E	I	H	P	S	F	L	Y	L	S	L	A	I	I	V	C	G	Y	G	L	F	K	S	N	V	S	C	L	L	G	E	L	Y	E	P	T	D	P	R	R	D	G	G	F	S	L	M	Y	A	A	G	N	V	G	S	I	I	A	P	I	A	C	G	Y	A	Q	E	E	Y	S	W	A	M	G
Query Conservation
Alig confidence										.																																	.	.
Template Conservation										.																																	.	.
Template Sequence		L	V	A	V	T	T	S	S	.	L	T	V	L	I	A	A	S	A	M	Q	G	M	G	T	G	V	G	G	V	M	A	R	T	L	P	R	D	L	Y	E	R	.	.	T	Q	L	R	H	A	N	S	L	L	N	M	G	I	L	V	S	P	L	L	A	P	L	I	G	G	L	L	D	T	M	W	N	W	R	A	C
Template Known Secondary structure										.																																T	.	.	S	S			S																							S	S
Template Predicted Secondary structure										.																																	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.		.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.			.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	G	L	A	A	V	G	M	I	A	G	L	V	I	F	L	C	G	N	R	H	F	T	H	T	R	G	V	N	K	K	V	L	R	A	T	N	F	L	L	P	N	W	G	W	L	L	V	L	L	V	A	T	P	A	L	I	T	I	L	F	W	K	E	W	S	V	Y	A	L	I	V	A	T	I	I	G	L	G	V
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	L	F	L	L	V	L	C	A	G	V	T	F	S	M	A	R	W	M	P	E	T	R	P	V	D	A	P	R	T	R	L	L	T	S	Y	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																			S	S				S	T	T	T						T	T	T		S	T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		165	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.
		251	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	A	K	I	Y	R	K	A	E	N	Q	K	Q	R	K	E	L	G	L	I	V	T	L	T	F	F	S	M	L	F	W	A	F	A	Q	Q	G	G	S	S	I	S	L	Y	I	D	R	F	V	N	R	D	M	F	G	Y	T	V	P	T	A	M	F	Q	S	I	N	A	F	A	V	M	L	C	G	V	F	L	A	W
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	F	G	N	S	G	F	N	C	Y	L	L	M	L	I	G	G	L	A	G	I	A	A	F	E	A	C	S	G	V	L	M	G	A	V	L	G	L	S	S	M	T	V	S	I	L	F	I	L	P	I	P	A	A	F	F	G	A	W	F	A	G	R
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													S		S	S																	T														T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			203	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	V	K	E	S	V	A	G	N	R	T	V	R	I	W	G	K	F	A	L	G	L	G	L	M	S	A	G	F	C	I	L	T	L	S	A	R	W	S	A	M	Y	G	H	S	S	L	P	L	M	V	L	G	L	A	V	M	G	F	A	E	L	F	I	D	P	V	A	M	S	Q	I	T	R	I	E	I	P	G	V
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template Sequence		P	N	K	R	F	S	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	W	Q	S	V	I	C	C	L	L	A	G	L	L	M	W	I	P	D	W	F	G	V	M	N	V	W	T	L	L	V	P	A	A	L	F	F	F	G	A	G	M	L	F	P	L	A	T	S	G	A	M	E	P	F	P	.	F	L
Template Known Secondary structure		T	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											T	S	S	S	S	S																											T	S	S	T	T						T				.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																									.
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.														.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.		330	.
		411	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	G	V	L	T	G	I	Y	M	L	L	S	G	A	I	A	N	Y	L	A	G	V	I	A	D	Q	T	S	Q	A	S	F	D	A	S	G	A	I	N	Y	S	I	N	A	Y	I	E	V	F	D	Q	I	T	W	G	A	L	A	C	V	G	L	V	L	M	I	W	L
Query Conservation
Alig confidence															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	G	T	A	G	A	L	V	G	G	L	Q	N	.	I	G	S	G	V	L	A	S	L	S	A	M	L	P	Q	T	G	Q	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	G	L	L	M	T	L	M	G	L	L	I	V	L	C	W	L
Template Known Secondary structure															.							S	T	T		T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															T
Template Predicted Secondary structure															.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		332	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.		.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.