Job Description P0A908 Confidence 21.27% Date Thu Jan 5 11:09:06 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 150 % Identity 19% Template d3prna_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Porin Resolution 1.90

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		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	K	F	S	L	G	A	G	V	G	V	V	E	H	P	Y	K	D	Y	D	T	D	V	Y	P	V	P	V	I	N	Y	E	G	D	N	F	W	F	R	G	L	G	G	G	Y	Y	L	W	N	D	A	T	D	K	L	S	I	T	A	Y	W	S	P	L	Y	F	K	A	K	D	S	G	D	H	Q	M	R	H	L	D
Query Conservation
Alig confidence																																								.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	V	N	L	Y	L	S	Y	V	D	P	D	Q	T	V	D	S	S	L	V	T	E	E	F	G	I	A	A	D	W	S	N	D	M	I	S	L	.	.	.	A	A	A	Y	T	T	D	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Known Secondary structure		S	S										T	T	T	T	S		G	G	G	S													S	S				.	.	.							S	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.				.	.	180	.	.	.	.	.																															.
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	K	S	T	M	M	A	G	L	S	Y	A	H	F	T	Q	Y	G	Y	L	R	T	T	L	A	G	D	T	L	D	N	S	N	G	I	V	W	D	M	A	W	L	Y	R	Y	T	N	G	G	L	T	V	T	P	G	I	G	V	Q	W	N	S	E	N	Q	N	E	Y	Y	Y	G	V	S	R	K	E	S	A	R
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	I	V	D	N	D	I	A	F	V	G	A	A	Y	K	F	N	D	A	G	T	V	G	L	N	W	Y	D	N	G	L	S	T	A	G	D	Q	V	T	L	Y	G	N	Y	A	F	.	.	G	A	T	T	V	R	A	Y	V	S	D	I	D	R	A	G	A	D	T	A	Y	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G		T	T													S	S	S											T	T	S	T	T		S											.	.	T	T												S	T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.			.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.
		184	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	L	R	G	Y	N	P	N	D	S	W	S	P	Y	L	E	L	S	A	S	Y	N	F	L	G	D	W	S	V	Y	G	T	A	R	Y	T	R	L	S	D	E	V	T	D	S	P	M	V	D	K	S	W	T	G	L	I	S	T	G	I	T	Y	K	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	G	A	D	Y	Q	F	A	E	G	V	K	V	S	G	S	V	Q	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	F	A	N	E	T	V	A	D	V	G	V	R	F	D	F
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									T	T										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			255	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.														.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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