Job Description P77182 Confidence 99.61% Date Thu Jan 5 12:26:05 GMT 2012 Rank 36 Aligned Residues 343 % Identity 16% Template c2ivdA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:protoporphyrinogen oxidase; PDBTitle: structure of protoporphyrinogen oxidase from myxococcus2 xanthus with acifluorfen Resolution 2.3 Å

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		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.		.	.	.	.	.	.	310	.	.	.					.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																								.											.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																								.											.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	A	A	I	I	G	G	G	I	A	S	A	L	L	S	L	A	L	L	R	R	G	W	Q	V	T	L	Y	C	A	D	E	A	P	A	L	G	A	.	S	G	N	R	Q	G	A	L	Y	P	.	.	.	.	L	L	S	K	H	D	E	A	L	N	R	F	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																								.											.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																								.											.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	V	A	V	V	G	G	G	I	S	G	L	A	V	A	H	H	L	R	S	R	G	T	D	A	V	L	L	E	S	S	A	R	L	G	G	A	V	G	T	H	A	L	A	G	Y	L	V	E	Q	G	P	N	S	F	L	D	R	E	P	A	T	R	A	L	A	A	A	L	N	L	E	G	R	I	R	A	A	D	P
Template Known Secondary structure									B												T	T	T								S	S	S	S	S	B	T	T							T	T					S	S						T	T											T	T		G	G	G				S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90
																																			328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	F	T	F	A	R	R	F	Y	D	Q	L	P	V	K	F	D	H	D	W	C	G	V	T	Q	L	G	W	D	E	K	S	Q	H	K	I	A	Q	M	L	S	M	D	L	P	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	K	R	R	Y	V	Y	T	R	G	R	L	R	S	V	P	A	S	P	P	A	F	L	A	S	D	I	L	P	L	G	A	R	L	R	V	A	G	E	L	F	S	R	R	A	P	E	G	V	D	E	S	L	A	A	F	G	R	R	H	L	G	H	R	A	T	Q	V	L	L	D	A	V	Q	T	G	I	Y	A
Template Known Secondary structure		S									T	T								S						T		S	S	S										G	G	G	G						T	T				B									T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		91	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	L	A	V	A	V	E	A	N	A	V	E	Q	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	V	A	T	N	C	S	G	I	T	Y	P	Q	G	G	W	L	C	P	A	E	L	T	R	N	V	L	E	L	A	Q	Q	Q	G	L	Q	I	Y	Y	Q
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.												.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.												.	.	.
Template Sequence		G	D	V	E	Q	L	S	V	A	A	T	F	P	M	L	V	K	M	E	R	E	H	R	S	L	I	L	G	A	I	R	A	Q	K	A	Q	R	Q	A	G	T	A	P	K	L	S	G	A	L	S	T	F	D	G	G	L	.	.	.	Q	V	L	I	D	A	L	A	A	S	L	.	.	.	G	D	A	A	H	V	G
Template Known Secondary structure				T	T	T	B	B																S	S													T					S											T	T		T	.	.	.												.	.	.	G	G	G			S	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.												.	.	.
Template SS confidence
		171	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.				.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.				.	.	240	.	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.											.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	Q	L	Q	N	L	S	R	K	D	D	C	W	L	L	N	F	A	.	G	D	Q	Q	A	T	H	S	V	V	V	L	A	N	G	H	Q	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	R	F	S	Q	T	S	T	L	P	V	Y	S	V	A	G	Q	V	S	H	I	P	T	T	P	E	L	A	E	L	K	Q	V
Query Conservation																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	R	V	E	G	L	A	R	E	G	W	R	L	I	I	E	E	H	G	R	R	A	E	L	S	V	A	Q	V	V	L	A	A	P	A	H	A	T	A	K	L	L	R	P	L	D	D	A	L	A	A	L	V	A	G	I	A	Y	A	P	I	A	V	V	H	L	G	F	D	A	G	T	L	P	A	P	D	G	F	G
Template Known Secondary structure																			T	T								S						S										T	T	T										T			B												T	T	S	S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.
		499	500	.	.	.														.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.				.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Query Sequence		L	C	Y	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	T	P	Q	N	P	A	N	Q	H	H	C	I	G	A	S	Y	.	.	.	H	R	G	S	E	D	T	A	Y	S	E	D	D	Q	Q	Q	N	R	Q	R	L	I	D	C	F	P	Q	A	Q	W	A	K	E	V	D	V	S	D	K	E	A
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.																													.	.
Template Conservation																																																																					.	.
Template Sequence		F	L	V	P	A	E	E	Q	R	R	M	L	G	A	I	H	A	S	T	T	F	P	F	R	A	E	G	G	R	V	L	Y	S	C	M	V	G	G	A	R	Q	P	G	L	V	E	Q	D	E	D	A	L	A	A	L	A	R	E	E	L	K	A	L	A	G	V	T	.	.	A	R	P	S	F	T	R	V	F	R	W
Template Known Secondary structure						G	G	G			S												G	G	G	B	S	T	T											T	T		G	G	G	G	G	S																					.	.	S			S
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.
Template SS confidence
		331	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.			.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.
		563	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.		.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.
Query SS confidence																																																				.
Query Sequence		R	C	G	V	R	C	A	T	R	D	H	L	P	M	V	G	N	V	P	D	Y	E	A	T	L	V	E	Y	A	S	L	A	E	Q	K	D	E	A	V	S	A	P	V	F	D	D	L	F	M	F	.	A	A	L	G	S	R	G	L	C	S	A	P	L	C	A	E	I	L	A	A	Q	M	S
Query Conservation																																																				.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	L	G	I	P	Q	Y	N	L	G	H	L	E	R	V	A	A	I	D	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	Q	R	L	P	G	L	H	L	I	G	N	A	Y	K	G	V	G	L	N	D	C	I	R	N	A	A	Q	L	A	D	A	L	V
Template Known Secondary structure		S	S			B			B	T	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			T	S	T	T					S	T	T	T	S			S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		409	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.