Job Description P77182 Confidence 99.50% Date Thu Jan 5 12:26:05 GMT 2012 Rank 45 Aligned Residues 325 % Identity 15% Template c2gmhA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:electron transfer flavoprotein-ubiquinone PDBTitle: structure of porcine electron transfer flavoprotein-2 ubiquinone oxidoreductase in complexed with ubiquinone Resolution 2.50 Å

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		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.							.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	R	E	M	L	C	G	V	M	E	Q	T	L	P	L	P	C	S	A	P	W	F	N	R	T	G	S	S	K	R	E	A	A	I	I	G	G	G	I	A	S	A	L	L	S	L	A	L	L	R	.	.	.	.	.	.	R	G	W	Q	V	T	L	Y	C	A	D	E	A	P	A	L	G	A	S	G	N	R	Q	G
Query Conservation																																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																				.	.	.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																																																																										.	.
Template Sequence		P	R	I	T	T	H	Y	T	I	Y	P	R	D	Q	D	K	R	W	E	G	V	N	M	E	R	F	A	E	E	A	D	V	V	I	V	G	A	G	P	A	G	L	S	A	A	T	R	L	K	Q	L	A	A	Q	H	E	K	D	L	R	V	C	L	V	E	K	A	A	H	I	G	A	.	.	H	T	L	S	G	A
Template Known Secondary structure								T	T	T	S		T	T	S		G	G	G	S	S											S							S																	T	T										S	S	S	S	T	T	T	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																										.	.
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.			.	80	.	.	.	.
		310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	Y	P	L	L	S	K	H	D	E	A	L	N	R	F	F	S	N	A	F	T	F	A	R	R	F	Y	D	Q	L	P	V	K	F	D	H	D	W	C	G	V	T	Q	L	G	W	D	E	K	S	Q	H	K	I	A	Q	M	L	S	M	D	L	P	A	E	L	A	V	A	V	E	A	N	A	V	E	Q	I	T
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	L	D	P	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	E	L	F	P	D	W	K	E	K	G	A	P	L	N	T	P	V	T	E	D	R	F	G	I	L	T	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	R	I	P
Template Known Secondary structure					T		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							T	T					T																	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		85	.	.	.	.															90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											120	.	.	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	V	A	T	N	C	S	G	I	T	Y	P	Q	G	G	W	L	C	P	A	E	L	T	R	N	V	L	E	L	A	Q	Q	Q	G	L	Q	I	Y	Y	Q	Y	Q	L	Q	N	L	S	R	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	C	W	L	L	N	F	A	G	D	Q	Q	A
Query Conservation																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	I	L	P	G	L	P	M	N	N	H	G	N	Y	V	V	R	L	G	H	L	V	S	W	M	G	E	Q	A	E	A	L	G	V	E	V	Y	P	G	Y	A	A	A	E	I	L	F	H	E	D	G	S	V	K	G	I	A	T	N	D	V	G	I	Q	K	D	G	A	P	K	T	T	F	E	R	G	L	E	L
Template Known Secondary structure						T	T	S	T	T			T	T																				T	T					T	T										T	T	S	S													T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		453	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.									.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.												.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	H	S	V	V	V	L	A	N	G	H	Q	I	S	R	F	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	T	S	T	L	P	V	Y	S	V	A	G	Q	V	S	H	I	P	T	T	P	E	L	A	E	L	K	Q	V	L	C	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Y	L	T	P	Q	N	P	A	N	Q
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		H	A	K	V	T	I	F	A	E	G	C	H	G	H	L	A	K	Q	L	Y	K	K	F	D	L	R	A	N	C	E	P	Q	T	Y	G	I	G	L	K	E	L	W	V	I	D	E	K	K	W	K	P	G	R	V	D	H	T	V	G	W	P	L	D	R	H	T	Y	G	G	S	F	L	Y	H	L	N	E	G	E	P
Template Known Secondary structure				S								T	T											T	T	T	T	T	T	S																	G	G	G			T	T								T	T	S		T	T	S											S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.		570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.
Predicted Secondary structure																																																										.
Query SS confidence																																																										.
Query Sequence		H	H	C	I	G	A	S	Y	H	R	G	S	E	D	T	A	Y	S	E	D	D	Q	Q	Q	N	R	Q	R	L	I	D	C	F	P	Q	A	Q	W	A	K	E	V	D	V	S	D	K	E	A	R	C	G	V	R	C	A	.	T	R	D	H	L	P	M	V	G	N	V	P	D	Y	E	A	T	L	V	E	Y	A	S
Query Conservation																																																										.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.															.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	L	A	L	G	F	V	V	G	L	D	Y	Q	N	P	Y	L	S	P	F	R	E	F	Q	R	W	K	H	H	P	S	I	K	P	T	L	E	.	.	.	.	.	G	G	K	R	I	A	Y	G	A	R	A	L	N	E	G	G	F	Q	S	I	P	K	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											T	T				T	T											T	T	S	T	T	T					T	.	.	.	.	.	T															G	G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.						.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
		593	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.								.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	E	Q	K	D	E	A	V	S	A	P	V	F	D	D	L	F	M	F	A	A	.	.	.	.	.	.	.	L	G	S	R	G	L	C	S	A	P	L	C	A	E	I	L	A	A	Q	M
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	P	G	G	L	L	I	G	C	S	P	G	F	M	N	V	P	K	I	K	G	T	H	T	A	M	K	S	G	T	L	A	A	E	S	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T					T	T	T	T				B	T	T	T	T	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
															346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.