Job Description P39452 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:00:51 GMT 2012 Rank 4 Aligned Residues 625 % Identity 28% Template c3hnfA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large subunit; PDBTitle: crystal structure of human ribonucleotide reductase 1 bound to the2 effectors ttp and datp Resolution 3.16 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.						70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																							.	.	.	.	.
Query Sequence		M	A	T	T	T	A	E	C	L	T	Q	E	T	M	D	Y	H	A	L	N	A	M	L	N	L	Y	D	S	A	G	R	I	Q	F	D	K	D	R	Q	A	V	D	A	F	I	A	T	H	V	R	P	N	S	V	T	F	S	S	Q	Q	Q	R	L	N	W	L	V	N	E	.	.	.	.	.	G	Y	Y	D	E	S
Query Conservation																																																																							.	.	.	.	.
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	A	A	E	T	A	A	T	L	T	T	K	H	P	D	Y	A	I	L	A	A	R	I	A	V	S	N	L	H	K	E	T	K	K	V	F	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	M	E	D	L	Y	N	Y	I	N	P	H	N	G	K	H	S	P	M	V	A	K	S
Template Known Secondary structure										G	G	G	T		T																T	T	S		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										B		T	T	T			B			S	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	L	N	R	Y	S	R	D	F	V	I	T	L	F	T	H	A	H	T	S	G	F	R	F	Q	T	F	L	G	A	W	K	F	Y	T	S	Y	T	L	K	T	F	D	G	K	R	Y	L	E	D	F	A	D	R	V	T	M	V	A	L	T	L	A	Q	G	D	E	T	L	A	L	Q	L	T	D	E	M	L	S	G
Query Conservation
Alig confidence					.																																						.						.
Template Conservation					.																																						.						.
Template Sequence		T	L	D	.	I	V	L	A	N	K	D	R	L	N	S	A	I	I	Y	D	R	D	F	S	Y	N	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	K	I	.	N	G	K	V	A	.	E	R	P	Q	H	M	L	M	R	V	S	V	G	I	H	K	E	D	I	D	A	A	I	E	T	Y	N	L	L	S	E	R
Template Known Secondary structure					.				T	T						T	T			G	G	G	G	G	S	S												T	S		B	S	.	S	S	S	B		.																T	T														T	T
Template Predicted Secondary structure					.																																						.						.
Template SS confidence
		120	.	.		.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		160	.	.	.	.		.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.
Query SS confidence																														.
Query Sequence		R	F	Q	P	A	T	P	T	F	L	N	C	G	K	Q	Q	R	G	E	L	V	S	C	F	L	L	R	I	.	E	D	N	M	E	S	I	G	R	A	V	N	S	A	L	Q	L	S	K	R	G	G	G	V	A	F	L	L	S	N	L	R	E	A	G	A	P	I	K	R	I	E	N	Q	S	S	G	V	I	P	V
Query Conservation																														.
Alig confidence																.														.
Template Conservation																.
Template Sequence		W	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	.	N	R	P	Q	L	S	S	C	F	L	L	S	M	K	D	D	S	I	E	G	I	Y	D	T	L	K	Q	C	A	L	I	S	K	S	A	G	G	I	G	V	A	V	S	C	I	R	A	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	N	S	N	G	L	V	P	M
Template Known Secondary structure		S											T	T	S	.	S	S														S	S																	T									T	T	S			T	T				T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210		.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.
		235	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	K	M	L	E	D	A	F	S	Y	A	N	Q	L	G	A	R	Q	G	A	G	A	V	Y	L	H	A	H	H	P	D	I	L	R	F	L	D	T	K	R	E	N	A	D	E	K	I	R	I	K	T	L	S	L	G	V	V	I	P	D	I	T	F	H	L	A	K	E	N	A	Q	M	A	L	F	S	P	Y	D	V
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	R	V	Y	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	P	.	.	.	.	G	A	F	A	I	Y	L	E	P	W	H	L	D	I	F	E	F	L	D	L	K	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	D	L	F	F	A	L	W	I	P	D	L	F	M	K	R	V	E	T	N	Q	D	W	S	L	M	C	P	N	E	C
Template Known Secondary structure																.	.	.	.									T	T	B	T	T					T	T	S			.	.	.	.	.	.	.	.	.																			T	T						B		T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		276	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.					290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.										.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.			380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure																																																																			.	.
Query SS confidence																																																																			.	.
Query Sequence		E	R	V	Y	G	K	P	F	A	D	V	A	I	S	Q	H	Y	D	E	L	V	A	D	E	R	I	R	K	K	Y	L	N	A	R	D	F	F	Q	R	L	A	E	I	Q	F	E	S	G	Y	P	Y	I	M	Y	E	D	T	V	N	R	A	N	P	I	A	.	.	G	R	I	N	M	S	N	L	C	S	E	I	L
Query Conservation																																																																			.	.
Alig confidence					.	.																								.																																					.	.
Template Conservation					.	.																								.
Template Sequence		P	G	L	.	.	D	E	V	W	G	E	E	F	E	K	L	Y	A	S	Y	E	K	Q	G	R	V	R	K	.	V	V	K	A	Q	Q	L	W	Y	A	I	I	E	S	Q	T	E	T	G	T	P	Y	M	L	Y	K	D	S	C	N	R	K	S	N	Q	Q	N	L	G	T	I	K	C	S	N	L	C	T	E	I	V
Template Known Secondary structure		T	T	T	.	.	T	S															T	T				S		.																			S		S											T		T	T	G	G	G								T	T	S
Template Predicted Secondary structure					.	.																								.
Template SS confidence
		357	.	.			360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.		.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.							.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																				.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	V	N	S	A	S	E	Y	D	E	N	L	D	Y	T	R	T	G	H	D	I	S	C	N	L	G	S	L	N	I	A	H	T	M	.	.	.	.	.	.	D	S	P	D	F	A	R	T	V	E	T	A	V	R	G	L	T	A	V	S	D	M	S	H	I	R	S	V	P	S	I	E	A	G	N	A	A	S	H	A
Query Conservation																																				.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.
Template Sequence		E	Y	T	S	K	D	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	A	V	C	N	L	A	S	L	A	L	N	M	Y	V	T	S	E	H	T	Y	D	F	K	K	L	A	E	V	T	K	V	V	V	R	N	L	N	K	I	I	D	I	N	Y	Y	.	P	V	P	E	A	C	L	S	N	K	R	H	R	P
Template Known Secondary structure						S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B								G	G	G	S	B		T	T	S		B																										.	S	S
Template Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440													.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.		.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		467	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	G	L	G	Q	M	N	L	H	G	Y	L	A	R	E	G	I	A	Y	G	S	P	E	A	L	D	F	T	N	L	Y	F	Y	A	I	T	W	H	A	L	R	T	S	M	L	L	A	R	E	R	G	E	T	F	A	G	F	K	Q	S	R	Y	A	S	G	E	Y	F	S	Q	Y	L	Q	G	N	W	Q	P	K	T
Query Conservation
Alig confidence																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	G	I	G	V	Q	G	L	A	D	A	F	I	L	M	R	Y	P	F	E	S	A	E	A	Q	L	L	N	K	Q	I	F	E	T	I	Y	Y	G	A	L	E	A	S	C	D	L	A	K	E	Q	G	.	P	Y	E	T	Y	E	G	S	P	V	S	K	G	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure																	T			T	T	S																															.			T	T		T	T	S	T	T	T	T	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																					.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.		.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
		547	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	K	V	G	E	L	F	T	R	S	G	I	T	L	P	T	R	E	M	W	A	Q	L	R	D	D	V	M	R	Y	G	I	Y	N	Q	N	L	Q	A	V	P	P	T	G	S	I	S	Y	I	N	H	A	T	S	S	I	H	P	I	V	A	K	V	E	I	R	K	E	G	K	T	G	R	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.																																																																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	Q	Y	D	M	W	N	V	T	P	T	D	L	W	D	W	K	V	L	K	E	K	I	A	K	Y	G	I	R	N	S	L	L	I	A	P	M	P	T	A	S	T	A	Q	I	L	G	N	N	E	S	I	E	P	Y	T	S	N	I	Y	T	R	R	V	L	S	G	E	F	Q	I	V	N	P	H	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.					T	T					T	T	S															S		S			B												T	T				T	T				S		S					B		S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.
																									620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	Y	Y	P	A	P	F	M	T	N	E	N	L	A	L	Y	Q	D	A	Y	E	I	G	A	E	K	I	I	D	T	Y	A	E	A	T	R	H	V	D	Q	G	L	S	L	T	L	F	F	P	D	T	A	T	T	R	D	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																				.
Template Conservation																																																																												.
Template Sequence		L	K	D	L	T	E	R	G	L	W	H	E	E	M	K	N	Q	I	I	A	C	N	G	S	I	Q	S	I	P	E	I	P	D	D	L	K	Q	L	Y	K	T	V	W	E	I	S	Q	K	T	V	L	K	M	A	A	E	R	G	A	F	I	D	Q	S	Q	S	L	N	I	H	I	A	E	P	.	N	Y	G	K	L
Template Known Secondary structure								T	T													T	T	T			T	T		T	T	S								T			G	G	G	S													T	T	S		S	S									S	S		.
Template Predicted Secondary structure																																																																												.
Template SS confidence
		642	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.		.	.	.	.	720
		677	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690		.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.
Query SS confidence																.
Query Sequence		N	K	A	Q	I	Y	A	W	R	K	G	I	K	T	.	L	Y	Y	I	R	L	R
Query Conservation																.
Alig confidence																.
Template Conservation
Template Sequence		T	S	M	H	F	Y	G	W	K	Q	G	L	K	T	G	M	Y	Y	L	R	T	R
Template Known Secondary structure												T		S				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		721	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.