Job Description P39452 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 12:00:51 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 606 % Identity 27% Template c2cvuA_ PDB info PDB header:oxidoreductase Chain: A: PDB Molecule:ribonucleoside-diphosphate reductase large chain PDBTitle: structures of yeast ribonucleotide reductase i Resolution 2.90 Å

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		51	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.							.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	N	S	V	T	F	S	S	Q	Q	Q	R	L	.	.	.	.	.	.	N	W	L	V	N	E	G	Y	Y	D	E	S	V	L	N	R	Y	S	R	D	F	V	I	T	L	F	T	H	A	H	T	S	G	F	R	F	Q	T	F	L	G	A	W	K	F	Y	T	S	Y	T	L	K	T	F	D	G	K	R	Y	L	E
Query Conservation															.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																		.																																				.						.
Template Conservation																																						.																																				.						.
Template Sequence		Q	T	T	K	Q	F	S	K	V	V	E	D	L	Y	R	Y	V	N	A	A	T	G	K	P	A	P	M	I	S	D	D	V	Y	N	I	V	.	M	E	N	K	D	K	L	N	S	A	I	V	Y	D	R	D	F	Q	Y	S	Y	F	G	F	K	T	L	E	R	S	Y	L	L	R	I	.	N	G	Q	V	A	.	E
Template Known Secondary structure																				T	T	T	T						S									.			T										G	G	G	G	G	G	S												T	S				.	T	T				.
Template Predicted Secondary structure																																						.																																				.						.
Template SS confidence
		89	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.		.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		160	.	.	.	.		.
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.		.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																													.
Query SS confidence																																																													.
Query Sequence		D	F	A	D	R	V	T	M	V	A	L	T	L	A	Q	G	D	E	T	L	A	L	Q	L	T	D	E	M	L	S	G	R	F	Q	P	A	T	P	T	F	L	N	C	G	K	Q	Q	R	G	E	L	V	S	C	F	L	L	R	I	.	E	D	N	M	E	S	I	G	R	A	V	N	S	A	L	Q	L	S	K	R
Query Conservation																																																													.
Alig confidence																																															.														.
Template Conservation																																															.
Template Sequence		R	P	Q	H	L	I	M	R	V	A	L	G	I	H	G	R	D	I	E	A	A	L	E	T	Y	N	L	M	S	L	K	Y	F	T	H	A	S	P	T	L	F	N	A	G	T	.	P	K	P	Q	M	S	S	C	F	L	V	A	M	K	E	D	S	I	E	G	I	Y	D	T	L	K	E	C	A	L	I	S	K	T
Template Known Secondary structure																T	T														T	T	S											T	T	S	.	S	S														S	S																T	S
Template Predicted Secondary structure																																															.
Template SS confidence
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210		.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.		250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
Predicted Secondary structure																																																.
Query SS confidence																																																.
Query Sequence		G	G	G	V	A	F	L	L	S	N	L	R	E	A	G	A	P	I	K	R	I	E	N	Q	S	S	G	V	I	P	V	M	K	M	L	E	D	A	F	S	Y	A	N	Q	L	G	.	A	R	Q	G	A	G	A	V	Y	L	H	A	H	H	P	D	I	L	R	F	L	D	T	K	R	E	N	A	D	E	K	I	R
Query Conservation																																																.
Alig confidence																																																.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	G	I	G	L	H	I	H	N	I	R	S	T	G	S	Y	I	A	G	T	N	G	T	S	N	G	L	I	P	M	I	R	V	F	N	N	T	A	R	Y	V	D	Q	G	G	N	K	R	P	G	A	F	A	L	Y	L	E	P	W	H	A	D	I	F	D	F	I	D	I	R	K	N	H	G	K	E	E	I	R
Template Known Secondary structure		S								T	T	S			T	T		B		T	T	S	S		B																		S		S	S	S		S	S										T	T	B	T	T					T	T	T	T		S	S	S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	K	T	L	S	L	G	V	V	I	P	D	I	T	F	H	L	A	K	E	N	A	Q	M	A	L	F	S	P	Y	D	V	E	R	V	Y	G	K	P	F	A	D	V	A	I	S	Q	H	Y	D	E	L	V	A	D	E	R	I	R	K	K	Y	L	N	A	R	D	F	F	Q	R	L	A	E	I	Q	F	E	S	G
Query Conservation
Alig confidence																																					.	.																						.	.
Template Conservation																																					.	.																						.	.
Template Sequence		A	R	D	L	F	P	A	L	W	I	P	D	L	F	M	K	R	V	E	E	N	G	T	W	T	L	F	S	P	T	S	A	P	G	L	.	.	S	D	C	Y	G	D	E	F	E	A	L	Y	T	R	Y	E	K	E	G	R	G	.	.	K	T	I	K	A	Q	K	L	W	Y	S	I	L	E	A	Q	T	E	T	G
Template Known Secondary structure			T	T																		T						B		T	T	T	S	T	T	G	.	.	G	G																T	T		S	.	.																				S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.																						.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.			360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380			.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.			380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.												.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	P	Y	I	M	Y	E	D	T	V	N	R	A	N	P	I	A	.	.	G	R	I	N	M	S	N	L	C	S	E	I	L	Q	V	N	S	A	S	E	Y	D	E	N	L	D	Y	T	R	T	G	H	D	I	S	C	N	L	G	S	L	N	I	A	H	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	D	S	P
Query Conservation																			.	.																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	P	F	V	V	Y	K	D	A	C	N	R	K	S	N	Q	K	N	L	G	V	I	K	S	S	N	L	C	C	E	I	V	E	Y	S	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	T	A	V	C	N	L	A	S	V	A	L	P	A	F	I	E	T	S	E	D	G	K	T	S	T	Y	N	F	K
Template Known Secondary structure			S											T		T	T	G	G	G								T	T	S							B	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	B											G	G	G	G				T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		401	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.													.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.
		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	A	R	T	V	E	T	A	V	R	G	L	T	A	V	S	D	M	S	H	I	R	S	V	P	S	I	E	A	G	N	A	A	S	H	A	I	G	L	G	Q	M	N	L	H	G	Y	L	A	R	E	G	I	A	Y	G	S	P	E	A	L	D	F	T	N	L	Y	F	Y	A	I	T	W	H	A	L	R	T	S
Query Conservation
Alig confidence																								.
Template Conservation																								.
Template Sequence		K	L	H	E	I	A	K	V	V	T	R	N	L	N	R	V	I	D	R	N	Y	Y	.	P	V	E	E	A	R	K	S	N	M	R	H	R	P	I	A	L	G	V	Q	G	L	A	D	T	F	M	L	L	R	L	P	F	D	S	E	E	A	R	L	L	N	I	Q	I	F	E	T	I	Y	H	A	S	M	E	A	S
Template Known Secondary structure																								.	S	S																											T	T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		469	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490		.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.
		510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	L	L	A	R	E	R	G	E	T	F	A	G	F	K	Q	S	R	Y	A	S	G	E	Y	F	S	Q	Y	L	Q	G	N	W	Q	P	K	T	A	K	V	G	E	L	F	T	R	S	G	I	T	L	P	T	R	E	M	W	A	Q	L	R	D	D	V	M	R	Y	G	I	Y	N	Q	N	L	Q	A	V	P	P	T
Query Conservation
Alig confidence										.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		C	E	L	A	Q	K	D	G	.	P	Y	E	T	F	Q	G	S	P	A	S	Q	G	I	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	F	D	M	W	D	Q	K	P	Y	G	M	W	D	W	D	T	L	R	K	D	I	M	K	H	G	V	R	N	S	L	T	M	A	P	M	P	T
Template Known Secondary structure										.			T	T		T	T	S	T	G	G	G	T			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	G	G	T						S	S															S		S			B
Template Predicted Secondary structure										.																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		548	.	550	.	.	.	.	.		.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.
		590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.																								.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	S	I	S	Y	I	N	H	A	T	S	S	I	H	P	I	V	A	K	V	E	I	R	K	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	T	G	R	V	Y	Y	P	A	P	F	M	T	N	E	N	L	A	L	Y	Q	D	A	Y	E	I	G	A	E	K	I
Query Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	S	T	S	Q	I	L	G	Y	N	E	C	F	E	P	V	T	S	N	M	Y	S	F	Q	V	V	N	P	Y	L	L	R	D	L	V	D	L	G	I	W	D	E	G	M	K	Q	Y	L	I	T	Q	N	G	S	I	Q	G	L	P	N	V	P	Q	E	L	K	D	L	Y	K	T	V	W	E	I	S	Q	K	T	I
Template Known Secondary structure		T	T						T			S	T	T				S		S	S																	T	T			S										T	T	T			S	S		T	T									S			G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.
		647	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690		.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.
Query SS confidence																																														.
Query Sequence		I	D	T	Y	A	E	A	T	R	H	V	D	Q	G	L	S	L	T	L	F	F	P	D	T	A	T	T	R	D	I	N	K	A	Q	I	Y	A	W	R	K	G	I	K	T	.	L	Y	Y	I	R	L	R
Query Conservation																																														.
Alig confidence																										.																				.
Template Conservation																										.
Template Sequence		I	N	M	A	A	D	R	S	V	Y	I	D	Q	S	H	S	L	N	L	F	L	R	A	P	.	T	M	G	K	L	T	S	M	H	F	Y	G	W	K	K	G	L	K	T	G	M	Y	Y	L	R	T	Q
Template Known Secondary structure									G	G	G		S	S									S	S		.															T	T		S				S
Template Predicted Secondary structure																										.
Template SS confidence
		696	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.		720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.