Job Description P07648 Confidence 99.96% Date Thu Jan 5 11:00:26 GMT 2012 Rank 9 Aligned Residues 650 % Identity 13% Template c1w36E_ PDB info PDB header:recombination Chain: E: PDB Molecule:exodeoxyribonuclease v beta chain; PDBTitle: recbcd:dna complex Resolution 3.1 Å

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		209	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.		.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																												.
Query SS confidence																												.
Query Sequence		S	R	V	F	I	C	G	I	S	A	L	P	P	V	Y	L	Q	A	L	Q	A	L	G	K	H	I	.	E	I	H	L	L	F	T	N	P	C	R	Y	Y	W	G	D	I	K	D	P	A	Y	L	A	K	L	L	T	R	Q	R	R	H	S	F	E	D	R	E	L	P	L	F	R	D	S	E	N	A	G	Q	L	F
Query Conservation																												.
Alig confidence																												.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	V	A	M	I	D	E	F	Q	D	T	D	P	Q	Q	Y	R	I	F	R	R	I	W	H	H	Q	P	E	T	A	L	L	L	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	P	K	Q	A	I	Y	A	F	R	G	A	D	I	F	T	Y
Template Known Secondary structure		S						S	G	G	G														T	T		T	T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			G	G	G				T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		379	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		N	S	D	G	E	Q	D	V	G	N	P	L	L	A	S	W	G	K	L	G	R	D	Y	I	Y	L	L	S	D	L	E	S	S	Q	E	L	D	A	F	V	D	V	T	P	D	N	L	L	H	N	I	Q	S	D	I	L	E	L	E	N	R	A	V	A	G	V	N	I	E	E	F	S	R	S	D	N	K	R	P	L
Query Conservation
Alig confidence																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		M	K	A	R	S	E	V	H	A	H	Y	T	L	D	T	N	W	R	S	A	P	G	M	V	N	S	V	N	K	L	F	S	Q	T	D	D	A	F	M	F	R	E	I	P	F	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	V	K	S	A	G	K	N	Q	A	L	R	F	V	F	K	G	E	T	Q	P	A	M	K
Template Known Secondary structure																		T	T	S												T	T	S	S	S	S	T	T	S	S	T	T	S				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G	T	T						T	T					S
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		431	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.											.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500
		368	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400														.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	P	L	D	S	S	I	T	F	H	V	C	H	S	P	Q	R	E	V	E	V	L	H	D	R	L	L	A	M	L	E	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	L	T	P	R	D	I	I	V	M	V	A	D	I	D	S	Y	S	P	F	I	Q	A	V	F	G	S	A	P	A	D	R	Y
Query Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.																.	.	.	.
Template Conservation																																																														.																.	.	.	.
Template Sequence		M	W	L	M	E	G	E	S	C	G	V	G	D	Y	Q	S	T	M	A	Q	V	C	A	A	Q	I	R	D	W	L	Q	A	G	Q	R	G	E	A	L	L	M	N	G	D	D	A	R	P	V	R	A	S	D	I	S	V	L	V	R	S	.	R	Q	E	A	A	Q	V	R	D	A	L	T	L	L	E	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							S	S				T	T																							T	T							T	T							G	G	G						S	S	.													T	T	T	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.																.	.	.	.
Template SS confidence
		501	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560		.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.
		435	.	.		.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
Predicted Secondary structure					.
Query SS confidence					.
Query Sequence		L	P	Y	.	A	I	S	D	R	R	A	R	Q	S	H	P	V	L	E	A	F	I	S	L	L	S	L	P	D	S	R	F	V	S	E	D	V	L	A	L	L	D	V	P	V	L	A	A	R	F	D	I	T	E	E	G	L	R	Y	L	R	Q	W	V	N	E	S	G	I	R	W	G	I	D	D	D	N	V	R	E
Query Conservation					.
Alig confidence					.																																											.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	P	S	V	Y	L	S	N	R	D	S	V	F	E	T	L	E	A	Q	E	M	L	W	L	L	Q	A	V	M	T	P	E	R	E	N	T	L	R	S	A	L	A	T	S	M	M	.	.	.	.	G	L	N	A	L	D	I	E	T	L	N	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure							T	T				B	G	G	G	S	S													T		T	T	S										S	G	G	G	.	.	.	.	T												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																.	.	.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		576	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.					.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	L	P	A	T	G	Q	H	T	W	R	F	G	L	T	R	M	L	L	G	Y	A	M	E	S	A	Q	G	E	W	Q	S	V	L	P	Y	D	E	S	S	G	L	I	A	E	L	V	G	H	L	A	S	L	L	M	Q	L	N	I	W	R	R	G	L	A	Q	E	R	P	L	E	E	W	L	P	V	C	R	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	E	H	A	W	D	V	V	V	E	E	F	D	G	Y	R	Q	I	W	R	K	R	G	V	M	P	M	L	R	A	L	M	S	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																634	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.
		594		.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.								.	.	.	660	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.																																																															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.																																																															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	.	L	N	A	F	F	L	P	D	A	E	T	E	A	A	M	T	L	I	E	Q	Q	W	Q	A	I	I	A	E	G	L	G	A	Q	Y	G	D	A	V	P	L	S	L	L	R	D	E	L	A	Q	R	L	D	Q	E	R	I	S	Q	R	F	L	A	.	.	.	.	.	.	.	G	P	V	N	I	C	T	L	M
Query Conservation			.																																																															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.																																		.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.
Template Sequence		R	N	I	A	E	N	L	L	A	T	A	G	G	E	R	R	L	T	D	I	L	H	I	S	E	L	L	Q	E	A	G	T	Q	L	E	.	.	.	.	.	S	E	H	A	L	V	R	W	L	S	Q	H	I	L	E	P	D	S	N	A	S	S	Q	Q	M	R	L	E	S	D	K	H	L	V	Q	I	V	T	I	H
Template Known Secondary structure		T	T							T	S	S	S																			G	G	G		S	.	.	.	.	.															S					S	T	T	B					T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		668	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.						.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.										.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	M	R	S	I	P	F	K	V	V	C	L	L	G	M	N	D	G	V	Y	P	R	Q	L	A	P	L	G	F	D	L	M	S	Q	K	P	K	R	G	D	R	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	R	D	D	D	R	Y	L	F	L	E	A	L	I	S	A	Q	Q	K	L	Y	I	S	Y	I	G	R	S	I
Query Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	K	G	L	E	Y	P	L	V	W	L	P	F	I	T	N	F	R	V	Q	E	Q	A	F	Y	H	D	R	H	S	F	E	A	V	L	D	L	N	A	A	P	E	S	V	D	L	A	E	A	E	R	L	A	E	D	L	R	L	L	Y	V	A	L	T	R	S	V	W	H	C	S	L	G	V	A	P	L	V	R
Template Known Secondary structure				T	T									T	T	T	T							S						T	T	T							S	S																											S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		743	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.
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Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	D	N	S	E	R	F	P	S	V	L	V	Q	E	L	I	D	Y	I	G	Q	S	H	Y	L	P	G	D	E	A	L	N	C	D	E	S	E	A	R	V	K	A	H	L	T	C	L	H	T	R	M	P	F	D	P	Q	N	Y	Q	P	G	E	R	Q	S	Y	A	R	E	W	L	P	A	A	S	Q	A	G	K	A
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	R	G	D	K	K	G	D	T	D	V	H	Q	S	A	L	G	R	L	L	Q	K	G	E	P	Q	D	A	A	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	R	T	C	I	E	A	L	C	D	D	D	I	A	W	Q	T	A	Q	T	G	D	N	Q	P	W	Q	V	N	D	V	S	T	A	E	L
Template Known Secondary structure		S		S			S	S			G	G	G	G	S							T	T	T	S							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								S		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		823	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.															.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.
		817	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.			.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.			.	.	890	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.																	.	.
Query SS confidence																																																									.	.																	.	.
Query Sequence		H	S	E	F	V	Q	P	L	P	F	T	L	P	E	T	V	P	L	E	T	L	Q	R	F	W	A	H	P	V	R	A	F	F	Q	M	R	L	Q	V	N	F	R	T	E	D	S	E	I	P	D	T	E	P	F	I	.	.	L	E	G	L	S	R	Y	Q	I	N	Q	Q	L	L	N	A	.	.	L	V	E	Q	D
Query Conservation																																																									.	.																	.	.
Alig confidence																																																									.	.																	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	K	T	L	Q	R	L	P	G	D	N	W	R	V	T	S	Y	S	G	L	Q	Q	R	G	H	G	I	A	Q	D	L	M	P	R	L	D	V	D	A	A	G	V	A	S	V	V	E	E	P	T	L	T	P	H	Q	F	P	R	G	A	S	P	G	T	F	L	H	S	L	F	E	D	L	D	F	T	Q	P	V
Template Known Secondary structure																			S		S	S	S		S	S		T	T						T	T	S		T	T							S				S	S			T	T	S	S			S											T	T	S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		889	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.
		893	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	E	R	L	F	R	R	F	R	A	A	G	D	L	P	Y	G	A	F	G	E	I	F	W	E	T	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	Q	E	M	Q	Q	L	A	D	R	V	I	A	C	R	Q
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	P	N	W	V	R	E	K	L	E	L	G	G	F	E	S	Q	W	E	P	V	L	T	E	W	I	T	A	V	L	Q	A	P	L	N	E	T	G	V	S	L	S	Q	L	S	A	R	N	K	Q	V	E	M	E	F	Y	L	P	I	S	E	P	L	I	A	S	Q	L	D	T	L	I	R	Q	F	D	P	L	S	A
Template Known Secondary structure													T	T			G	G	G													S	S		S	S	S	S	S			G	G	G			G	G	G													S																S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		969	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.
		937	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.					.	.	.	.	.	.	970	.	.								.	.	.	.	.	.	.	980							.	.	.	.	.	.	.	.	.	990
Predicted Secondary structure																													.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	G	Q	S	M	E	I	D	L	A	C	N	G	V	Q	I	T	G	W	L	P	Q	V	Q	P	D	G	.	.	.	.	L	L	R	W	R	P	S	L	L	.	.	.	.	.	.	.	S	V	A	Q	G	M	Q	L	.	.	.	.	.	.	W	L	E	H	L	V	Y	C	A	S
Query Conservation																													.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.																	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.
Template Sequence		G	C	P	P	L	E	F	M	Q	.	.	V	R	G	M	L	K	G	F	I	D	L	V	F	R	H	E	G	R	Y	Y	L	L	D	Y	K	S	N	W	L	G	E	D	S	S	A	Y	T	Q	Q	A	M	A	A	A	M	Q	A	H	R	Y	D	L	Q	Y	Q	L	Y	T	L	A
Template Known Secondary structure		S						S			.	.															S	S	S														S	S	G	G	G	S	B											T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.
Template SS confidence
		1049	1050	.	.	.	.	.	.	.			.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.