Job Description P07648 Confidence 99.91% Date Thu Jan 5 11:00:26 GMT 2012 Rank 12 Aligned Residues 577 % Identity 13% Template c1pjrA_ PDB info PDB header:helicase Chain: A: PDB Molecule:pcra; PDBTitle: structure of dna helicase Resolution 2.50 Å

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Show / Hide Conservation and Alignment quality

		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.		.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																			.
Query SS confidence																																																			.
Query Sequence		S	N	R	L	D	V	L	E	A	L	M	E	F	I	V	E	R	E	R	L	D	D	P	F	E	P	E	M	I	L	V	Q	S	T	G	M	A	Q	W	L	Q	M	T	L	S	Q	K	F	G	.	I	A	A	N	I	D	F	P	L	P	A	S	F	I	W	D	M	F	V	R	V	L	P	E	I	P	K	E	S	A
Query Conservation																																																			.
Alig confidence																					.	.																													.
Template Conservation																					.	.
Template Sequence		S	G	K	T	R	V	L	T	H	R	I	A	Y	L	M	A	E	K	H	.	.	V	A	P	W	N	I	L	A	I	T	F	T	N	K	A	A	R	E	M	R	E	R	V	Q	S	L	L	G	G	A	A	E	D	V	W	I	S	T	F	H	S	M	C	V	R	I	L	R	R	D	I	D	R	I	G	I	N	R	N
Template Known Secondary structure		S																T	T		.	.			G	G	G						S	S																G	G	G	G	T	T	S																	G	G	G	G	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																					.	.
Template SS confidence
		35	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.			.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	N	K	Q	S	M	S	W	K	L	M	T	L	L	P	Q	L	L	E	R	E	D	F	T	L	L	R	H	Y	L	T	D	D	S	D	K	R	K	L	F	Q	L	S	S	K	A	A	D	L	F	D	Q	Y	L	V	Y	R	P	D	W	L	A	Q	W	E	T	G	H	L	V	E	G	L	G	E	A	Q	A	W	Q
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	S	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	P	T	D	Q	L	S	V	M	K	T	I	L	K	E	K	N	I	D	P	K	K	F	E	P	R	T	I	L	G	T	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	A	K	N	E	L	L	P	P	E	Q	F	A	K	R	Y	Y	E	K	V	V
Template Known Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																T	T	S		T	T	T	T											.	.	.	.	.	.	.	.	.						T	T							T	T
Template Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		113	.	.														.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.										.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170
		166	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.		.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.
Query SS confidence																		.
Query Sequence		A	P	L	W	K	A	L	V	E	Y	T	H	Q	L	G	Q	.	P	R	W	H	R	A	N	L	Y	Q	R	F	I	E	T	L	E	S	A	T	T	C	P	P	G	L	P	S	R	V	F	I	C	G	I	S	A	L	P	P	V	Y	L	Q	A	L	Q	A	L	G	K	H	I	E	I	H	L	L	F	T	N	P	C
Query Conservation																		.
Alig confidence																		.																																																															.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		S	D	V	Y	Q	E	Y	Q	Q	R	L	L	R	N	H	S	L	D	F	D	D	L	I	M	T	T	I	Q	L	F	D	R	V	P	D	V	L	H	Y	Y	Q	Y	K	F	Q	Y	I	H	I	D	E	Y	Q	D	T	N	R	A	Q	Y	T	L	V	K	K	L	A	E	R	F	Q	N	I	C	A	V	G	D	A	.
Template Known Secondary structure															T	T				T	T																									S					S	S	G	G	G														T	T	T									G	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		174	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		245	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Y	Y	W	G	D	I	K	D	P	A	Y	L	A	K	L	L	T	R	Q	R	R	H	S	F	E	D	R	E	L	P	L	F	R	D	S	E	N	A	G	Q	L	F	N	S	D	G	E	Q	D	V	G	N	P	L	L	A	S	W	G	K	L	G	R	D	Y	I	Y	L	L	S	D	L	E	S	S	Q	E	L	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Q	S	I	Y	R	W	R	G	A	D	I	Q	N	I	L	S	F	E	R	D	Y	P	N	A	K	V	I	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G				G	G	G	T			T					T					S	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																					253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	F	V	D	V	T	P	D	N	L	L	H	N	I	Q	S	D	I	L	E	L	E	N	R	A	V	A	G	V	N	I	E	E	F	S	R	S	D	N	K	R	P	L	D	P	L	D	S	S	I	T	F	H	V	C	H	S	P	Q	R	E	V	E	V	L	H	D	R	L	L	A	M	L	E	E	D	P	T	L	T
Query Conservation
Alig confidence																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Conservation																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template Sequence		L	E	Q	N	Y	R	S	T	K	R	I	L	Q	A	A	N	E	V	I	E	H	N	V	N	R	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	P	K	R	I	W	T	E	N	P	E	G	K	P	I	L	Y	Y	E	A	M	N	E	A	D	E	A	Q	F	V	A	G	R	I	R	E	.	A	V	E	R	G	E	R	R
Template Known Secondary structure				B		S	S	S													T	T		S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B		S	S																												.			T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.
Template SS confidence
		282	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.											.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.		.	.	.	.	.	.	.	350
		405	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	R	D	I	I	V	M	V	A	D	I	D	S	Y	S	P	F	I	Q	A	V	F	G	S	A	P	A	D	R	Y	L	P	Y	A	I	S	D	R	R	A	R	Q	S	H	P	V	L	E	A	F	I	S	L	L	S	L	P	D	S	R	F	V	S	E	D	V	L	A	L	L	D	V	P	V	L	A	A	R	F	D
Query Conservation
Alig confidence												.																.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.																.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	R	D	F	A	V	L	Y	R	T	.	N	A	Q	S	R	V	M	E	E	M	L	L	K	A	N	.	.	.	.	I	P	Y	Q	I	V	G	G	L	K	F	Y	D	R	K	E	I	K	D	I	L	A	Y	L	R	V	I	A	N	P	D	D	D	L	S	L	L	R	I	I	N	V	P	K	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		G	G	G						S	S	.	G	G	G											T	T	.	.	.	.							T	S			G	G	G	S																T	T									T	T	S	S		.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure												.																.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		351	.	.	.	.	.	.	.	.	360		.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.					.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		485	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	T	E	E	G	L	R	Y	L	R	Q	W	V	N	E	S	G	I	R	W	G	I	D	D	D	N	V	R	E	L	E	L	P	A	T	G	Q	H	T	W	R	F	G	L	T	R	M	L	L	G	Y	A	M	E	S	A	Q	G	E	W	Q	S	V	L	P	Y	D	E	S	S	G	L	I	A	E	L	V	G	H	L
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	G	I	G	A	S	T	I	D	L	F	E	A	L	G	E	L	E	M	I	G	L	G	A	K	A	A	G	A	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T	S						T	T	T	T	T	S							T	T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																				420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.			.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.
Query SS confidence																															.	.
Query Sequence		A	S	L	L	M	Q	L	N	I	W	R	R	G	L	A	Q	E	R	P	L	E	E	W	L	P	V	C	R	D	.	.	M	L	N	A	F	F	L	P	D	A	E	T	E	A	A	M	T	L	I	E	Q	Q	W	Q	A	I	I	A	E	G	L	G	A	Q	Y	G	D	A	V	P	L	S	L	L	R	D	E	L	A
Query Conservation																															.	.
Alig confidence																															.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	A	F	R	S	Q	L	E	Q	W	T	Q	L	Q	E	Y	V	S	V	T	E	L	V	E	E	V	L	D	K	S	G	Y	R	E	M	L	K	A	E	R	T	I	E	A	Q	S	R	L	E	N	L	D	E	F	L	S	V	T	K	H	F	E	N	V	S	D	D	K	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	I
Template Known Secondary structure															T	T	T	S													T	S										S																									S				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		462	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530										.	.
		643	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	R	L	D	Q	E	R	I	S	Q	R	F	L	A	G	P	V	N	I	C	T	L	M	P	M	R	S	I	P	F	K	V	V	C	L	L	G	M	N	D	G	V	Y	P	R	Q	L	A	P	L	G	F	D	L	M	S	Q	K	P	K	R	G	D	R	S	R	R	D	D	D	R	Y	L	F	L	E	A	L	I	S
Query Conservation
Alig confidence												.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	F	L	T	D	L	A	L	I	S	.	.	.	G	D	A	V	M	L	M	T	L	H	A	A	K	G	L	E	F	P	V	V	F	L	I	G	M	E	E	G	I	F	P	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	S	L	E	D	D	D	E	M	E	E	E	R	R	L	A	Y	V	G	I	T	R
Template Known Secondary structure							T	T	T			.	.	.									G	G	G	G	T	T												B	T	B	T	T	T	B	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G	T																	T	T
Template Predicted Secondary structure												.	.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		533	.	.	.	.	.	.	540	.	.				.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.													.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
		723	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.			.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.
Query SS confidence													.	.
Query Sequence		A	Q	Q	K	L	Y	I	S	Y	I	G	.	.	R	S	I	Q	D	N	S	E	R	F	P	S	V	L	V	Q	E	L	I	D	Y	I
Query Conservation													.	.
Alig confidence													.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	E	E	E	L	V	L	T	S	A	Q	M	R	T	L	F	G	N	I	Q	M	D	P	P	S	R	F	L	N	E	I	P	A	H	L
Template Known Secondary structure																	T	T							B							S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		611	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.