Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 11 Aligned Residues 379 % Identity 20% Template c3kflA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: leishmania major methionyl-trna synthetase in complex with2 methionyladenylate and pyrophosphate Resolution 2.00 Å

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.			.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		G	E	V	G	M	Y	V	C	G	I	T	V	Y	.	.	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	Q	K	V	F	F	A	T	T	P	I	Y	Y	V	N	A	S	P	H	I	G	H	V	Y	S	T	L	I	V	D	V	L	G	R	Y	H	R	V	K	G	E	E	V	F	V	M	T	G	T	D	E	H	G	Q	K	V	A	E	A	A	A	K	Q	G	V	S	P	M	D	F	T	T	S	V	S	S	E	F	K	Q
Template Known Secondary structure																S	S																								T													S										T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		207	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.									150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	D	M	E	P	R	A	T	H	.	.	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L	Q	A	G	A	R
Query Conservation																				.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.									.	.																																		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.
Template Sequence		C	F	Q	E	M	N	Y	D	M	.	N	Y	F	I	R	T	T	N	P	T	H	E	K	L	V	Q	D	I	W	K	K	L	A	A	K	G	D	I	Y	L	G	K	Y	E	G	W	Y	S	V	S	D	E	S	F	L	T	A	Q	N	V	A	D	G	V	D	R	D	G	K	P	C	K	V	S	L	E	S	G	H	V
Template Known Secondary structure						T	T				.	S					T	T	S																		T													T	T	T	T					G	G	G							T	T	S							T	T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		287	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.					.	.	200	.	.	.									.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P	.	.	.	.	W	G	A	G	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	H	I
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	T	W	V	E	E	E	N	Y	M	F	R	L	S	A	F	R	E	R	L	L	K	Y	F	H	D	H	P	N	C	I	V	P	E	F	R	R	R	E	V	I	K	T	V	E	K	G	L	F	D	L	S	I	S	R	K	R	E	S	V	M	N	W	S	I	P	V	P	G	D	E	R	H	C	I	Y	V	W	L	D
Template Known Secondary structure														G	G	G	G												T	T	S			S																								G	G	G	G	T	T		S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		366	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
		208	.	210	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	C	S	A	M	N	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S
Query Conservation									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation																																																										.
Template Sequence		A	L	F	N	Y	Y	T	G	A	L	T	R	V	A	T	D	G	T	E	T	L	D	E	D	H	H	A	L	N	R	W	P	A	D	V	H	V	V	G	K	D	I	L	K	F	H	A	I	Y	W	P	A	F	L	M	S	.	A	E	L	P	L	P	E	R	L	V	S	H	G	W	W	T	K	D	H	K	K	I	S
Template Known Secondary structure				T												T	T	S						S	S	S	T	T	T	T			S		S						G	G	G						T									.	T	T					S											T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.
Template SS confidence
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.		.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.			.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.																					.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.																					.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	M	S	.	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A	A	.	.	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.																					.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.																					.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	L	G	N	A	F	D	P	V	E	K	A	K	E	F	G	I	D	A	L	K	Y	F	L	M	R	E	S	N	F	Q	D	D	G	D	Y	S	D	K	N	M	V	A	R	L	N	G	E	L	A	D	T	L	G	N	L	V	S	R	C	V	A	P	K	I	N	V	N	G	M	W	P	E	P	A	E	Y	S	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	T																											S	S																	T	T	T	T	T											T	T	T	S	T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		525	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.
												337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.														.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V	L	G	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																						.
Template Sequence		S	D	K	T	L	I	A	S	L	N	N	L	A	G	T	V	D	H	Y	Y	.	C	L	P	D	I	Q	H	A	L	I	A	I	F	D	V	L	R	S	L	N	A	Y	V	T	E	N	A	P	W	K	L	V	K	M	D	T	A	R	L	G	T	V	L	Y	V	T	M	E	G	L	R	I	C	T	M	F	L	Q	P
Template Known Secondary structure																						.		T	T																													T	T	T																								T	T
Template Predicted Secondary structure																						.
Template SS confidence
		605	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.		.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
		394	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	E	Q	E	P	E	A	F	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	M	P	Q	K	A	K	E	I
Template Known Secondary structure		T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		684	.	.	.	.	.	690	.	.