Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 386 % Identity 21% Template c2ct8A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of aquifex aeolicus methionyl-trna2 synthetase complexed with trna(met) and methionyl-adenylate3 anologue Resolution 2.70 Å

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		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.
Query SS confidence														.
Query Sequence		I	H	A	G	E	V	G	M	Y	V	C	G	.	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M
Query Conservation														.
Alig confidence														.
Template Conservation
Template Sequence		M	T	L	M	K	K	F	Y	V	T	T	P	I	Y	Y	V	N	D	V	P	H	L	G	H	A	Y	T	T	I	A	A	D	T	I	A	R	Y	Y	R	L	R	D	Y	D	V	F	F	L	T	G	T	D	E	H	G	L	K	I	Q	K	K	A	E	E	L	G	I	S	P	K	E	L	V	D	R	N	A	E	R	F
Template Known Secondary structure				S	S												S	S	S																							T	T													S	S									T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.				.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.
Predicted Secondary structure																						.	.																						.	.	.
Query SS confidence																						.	.																						.	.	.
Query Sequence		H	K	D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	D	M	E	P	R	A	T	H	.	.	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	.	.	.	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L	Q	A	G	A	R	V	D	V
Query Conservation																						.	.																						.	.	.
Alig confidence													.									.	.																						.	.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation													.																																																	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	K	L	W	E	F	L	K	I	E	Y	.	T	K	F	I	R	T	T	D	P	Y	H	V	K	F	V	Q	K	V	F	E	E	C	Y	K	R	G	D	I	Y	L	G	E	Y	E	K	E	P	S	Y	F	F	R	L	S	K	Y	Q	D	.	.	.	.	.	.	K	L	L	E	L	Y	E	K	N	P	E	F	I	Q
Template Known Secondary structure								T	T				.	S					T	T	S																	T	T	S																G	G	G	S			.	.	.	.	.	.									S	G	G	G	B
Template Predicted Secondary structure													.																																																	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.		.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.							140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.
		172	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.				.	.	.	200	.	.	.									.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.						.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																											.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Query SS confidence																											.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Query Sequence		V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	.	.	.	P	W	G	A	G	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	H	I	E	C	S	A	M	N	C	.	.	.	.	.	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H
Query Conservation																											.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Alig confidence																											.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	D	Y	R	R	N	E	I	I	S	F	V	K	Q	G	L	K	D	L	S	V	T	R	P	R	S	R	V	K	W	G	I	P	V	P	F	D	P	E	H	T	I	Y	V	W	F	D	A	L	F	N	Y	I	S	A	L	E	D	K	V	E	I	Y	W	P	A	D	L	H	L	V	G	K	D	I	L	R	F	H	T
Template Known Secondary structure		S											T	T	T											T	T	T			S	S		B		T	T		T	T											T					T	T	T	T							S		S						G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.
Query SS confidence																																																														.
Query Sequence		E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	M	S	.	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A
Query Conservation																																																														.
Alig confidence												.																																																		.
Template Conservation												.
Template Sequence		V	Y	W	P	A	F	L	M	S	L	.	G	Y	E	L	P	K	K	V	F	A	H	G	W	W	T	V	E	G	K	K	M	S	K	T	L	G	N	V	V	D	P	Y	E	V	V	Q	E	Y	G	L	D	E	V	R	Y	F	L	L	R	E	V	P	F	G	Q	D	G	D	F	S	K	K	A	I	L	N	R	I	N
Template Known Secondary structure		T										.	T					S										S	S	S	S				T	T	T	T																								S	S		T	T	S
Template Predicted Secondary structure												.
Template SS confidence
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.		.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
		315										.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.									.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Query Sequence		A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	.	.
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.																																								.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.											.																													.	.
Template Conservation																																																			.
Template Sequence		G	E	L	A	N	E	I	G	N	L	Y	S	R	V	V	N	M	A	H	K	F	L	G	G	E	V	S	G	A	R	D	E	E	Y	A	K	I	A	Q	E	S	I	K	N	Y	E	N	Y	M	.	E	K	V	N	F	Y	K	A	I	E	E	I	L	K	F	T	S	Y	L	N	K	Y	V	D	E	K	Q	P	W	A
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	T																S	T	T																										.	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																			.
Template SS confidence
		345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.		.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.
														376	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L	Q	S	G	A	Q	A	D	D	S	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	N	K	E	R	K	K	E	E	L	Q	K	V	L	Y	A	L	V	D	G	L	F	V	L	T	H	L	L	Y	P	I	T	P	N	K	M	K	E	A	L	Q	M	L	G	E	K	E	F	L
Template Known Secondary structure			T	T	T	T																								T	T	T	S											T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		424	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.