Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 24 Aligned Residues 385 % Identity 22% Template c1wkbA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:leucyl-trna synthetase; PDBTitle: crystal structure of leucyl-trna synthetase from the2 archaeon pyrococcus horikoshii reveals a novel editing3 domain orientation Resolution 2.05 Å

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		13	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.			.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	E	F	K	P	I	H	A	G	E	V	G	M	Y	V	.	.	C	G	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	P	N	I	R	D	K	P	K	E	K	K	F	Y	I	T	V	A	F	P	Y	L	S	G	H	L	H	V	G	H	A	R	T	Y	T	I	P	D	V	I	A	R	F	K	R	M	Q	G	Y	N	V	L	F	P	M	A	W	H	I	T	G	S	P	I	V	G	I	A	E	R	I	K	N	R	D	P	K	T	I	W
Template Known Secondary structure					G	G	G	S		G	G	G										B	T	T	S			B																					T									B	B			B	S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		24	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.
														79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.						.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	E	N	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K	D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	D	M	E	P	R	A	T	.	.	.	.	.	H	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																						.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	Y	R	D	V	Y	K	V	P	E	E	I	L	W	T	F	E	D	P	I	N	I	V	K	Y	F	M	K	A	A	K	E	T	F	I	R	A	G	F	S	V	D	W	S	R	E	F	Y	T	T	S	L	F	P	P	F	S	K	F	I	E	W	Q	F	W	K	L	K	E	K	G	Y	I	V	K	G	A	H	R	V
Template Known Secondary structure						T	S									G	G	G	S																			T	T					G	G	G			B		S	T	T	S																	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.
		142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	M	F	D	V	P	T	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation											.	.	.	.
Template Sequence		R	W	D	P	V	V	G	T	P	.	.	.	.	L	G	D	H	D	L	M	E	G	E	D	V	P	I	L	D	Y	I	I	I	K	F	E	L	R	E	N	G	E	V	I	Y	L	P	A	A	T	L	R	P	E	T	V	Y	G	V	T	N	M	W	V	N	P	N	A	T	Y	V	K	A	K	V	R	R	K	D	K
Template Known Secondary structure					T	T	T	T			.	.	.	.			T	T			S	B		S	S															S	S		S									S		G	G	G	G	G	G								T	T	S										T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.	.
Template SS confidence
		184	.	.	.	.	.	190	.	.					.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																								162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	L	Q	A	G	A	R	V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	M	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	T	W	I	V	S	K	E	A	A	Y	K	L	S	F	Q	D	R	E	I	E	V	I	E	E	F	K	G	E	K	L	I	G	K	Y	V	R	N	P	V	S	G	D	E	V	I	I	L	P	A	E	F	V	D	P	D	N	A	T	G	V	V	M	S	V	P	A	H	A	P	F	D	H	V	A	L	E	D	L
Template Known Secondary structure																T	T	S	S										T	T	T	T	T	T	T						S	S	S										T	T	S		T	T	S	T	T	S						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	R	E	T	E	I	L	E	K	Y	D	I	D	P	R	I	V	F	P	A	V	E	E	V	N	K	L	G	I	K	S	Q	K	D	K	E	K	L	E	Q	A	T	K	T	I	Y	K	A	E	Y	H	K	G	I	F	K	V	P	P	Y	E	G	K	P	V	Q	E	V	K	E	A	I	A	K	E	M	L	E	K	G
Template Known Secondary structure		S			S				T	T		S									T	T			S	G	G	G	T	S				T	T		S		T														S					S	G	G	G	T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.
																																																																					187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P	W	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	E	I	M	Y	E	F	A	E	K	N	V	I	S	R	F	G	N	R	A	V	I	K	I	I	H	D	Q	W	F	I	D	Y	G	N	P	E	W	K	E	K	A	R	K	A	L	E	R	M	K	I	L	P	E	T	R	R	A	Q	F	E	A	I	I	D	W	L	D	K	K	A	C	A	R	K	I	G	L	G
Template Known Secondary structure		S								S	S	S			B		T	T	S		B														T	T														T	S				S	G	G	G																			S	S	S	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		436	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.
		200	.	.	.																																																																				.	.	.	.	.	.	210	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	G	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	H	I	E	C	S	A	M
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	P	L	P	W	D	P	E	W	V	I	E	S	L	S	D	S	T	I	Y	M	A	Y	Y	T	I	S	R	H	I	N	K	L	R	Q	E	G	K	L	D	P	E	K	L	T	P	E	F	F	D	Y	I	F	L	E	E	F	S	E	D	K	E	K	E	L	E	K	K	T	G	I	P	A	E	I	I	H	E	M	K
Template Known Secondary structure					T	T								T	T	T	S	S	S	S																	T	T				G	G	G												S															S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		516	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.
		213	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.		.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.
Predicted Secondary structure																																					.
Query SS confidence																																					.
Query Sequence		N	C	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	.	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y
Query Conservation																																					.
Alig confidence																																					.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	F	E	Y	W	Y	P	L	D	W	R	C	S	G	K	D	L	I	P	N	H	L	T	F	F	I	F	N	H	V	A	I	F	R	E	E	H	W	P	K	G	I	A	V	N	G	F	G	T	L	E	G	Q	K	M	S	K	S	K	G	N	V	L	N	F	I	D	A	I	E	E	N	G	A	D	V	V	R	L
Template Known Secondary structure									S		S						G	G	G	T	T	T													S		G	G	G	S													T	T	B				T	T	T	T				B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		596	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.
		292	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.														.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	L	M	S	.	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S
Query Conservation						.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		Y	I	M	S	L	A	E	H	D	S	D	F	D	W	R	R	K	E	V	G	K	L	R	K	Q	I	E	R	F	Y	E	L	I	S	Q	F	A	E	Y	E	V	K	G	N	V	E	L	K	D	I	D	R	W	M	L	H	R	L	N	K	A	I	K	E	T	T	N	A	L	.	E	E	F	R	T	R	T	A	V	Q
Template Known Secondary structure									T	T																													T					S																											.		T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		676	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.		.	.	.	.	.	750	.	.	.	.
		358	.	360	.		.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.						.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.
Predicted Secondary structure						.												.	.	.	.	.
Query SS confidence						.												.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	F	D	.	M	A	R	E	V	N	R	L	K	A	E	.	.	.	.	.	D	M	A	A	A	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L
Query Conservation						.												.	.	.	.	.
Alig confidence						.												.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		W	A	F	Y	S	I	M	N	D	L	R	W	Y	L	R	R	T	E	G	R	D	D	E	A	K	R	Y	V	L	R	T	L	A	D	V	W	V	R	L	M	A	P	F	T	P	H	I	C	E	E	L
Template Known Secondary structure				T														T	T	T																						T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		755	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.