Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 7 Aligned Residues 386 % Identity 20% Template c1rqgA_ PDB info PDB header:ligase Chain: A: PDB Molecule:methionyl-trna synthetase; PDBTitle: methionyl-trna synthetase from pyrococcus abyssi Resolution 2.90 Å

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		24	.	.	.	.	.			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.		.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100
Predicted Secondary structure								.	.														.
Query SS confidence								.	.														.
Query Sequence		G	M	Y	V	C	G	.	.	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	.	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K	D	F
Query Conservation								.	.														.
Alig confidence								.	.														.
Template Conservation
Template Sequence		R	Y	M	V	T	S	A	L	P	Y	A	N	G	P	I	H	A	G	H	L	A	G	A	Y	L	P	A	D	I	F	V	R	Y	L	R	L	K	G	E	D	V	V	F	I	C	G	T	D	E	H	G	T	P	I	S	F	R	A	L	K	E	G	R	S	P	R	E	I	V	D	E	F	H	E	Q	I	K	I	T	F
Template Known Secondary structure											B	T	T	S			B								T													T	T										B			S											T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		3	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
		101	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	150	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	L	N	I	L	R	P	D	M	E	P	R	A	T	H	.	.	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	T	D	P	T	Y	G	V
Query Conservation																		.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence									.									.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.
Template Sequence		Q	R	A	K	I	S	F	.	D	F	F	G	R	T	E	L	P	I	H	Y	K	L	S	Q	E	F	F	L	K	A	Y	E	N	G	H	L	V	K	K	V	T	K	Q	A	Y	C	E	H	D	K	M	F	L	P	D	R	F	V	I	G	T	C	P	Y	C	G	A	E	D	Q	K	G	D	Q	C	E	V	C	G	R
Template Known Secondary structure					T				.	S					T	T	S																	T	T												B	T	T	T	T	B				G	G	G			S	B		S	S	S			S				T	T	T		S	S	S
Template Predicted Secondary structure									.
Template SS confidence
		83	.	.	.	.	.	.		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
			155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query SS confidence		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Query Sequence		.	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L	Q	A	G	A	R	V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	W	K	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P	W	G	A	G	R	P	.
Query Conservation		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Alig confidence		.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																						.
Template Conservation
Template Sequence		P	L	T	P	E	I	L	I	N	P	R	C	A	I	C	G	R	P	I	S	F	R	D	S	A	H	Y	Y	I	K	M	Q	D	F	A	E	R	L	K	R	W	I	E	K	Q	P	W	K	P	N	V	K	N	M	V	L	S	W	I	E	E	G	L	E	E	R	A	I	T	R	D	L	N	W	G	I	P	V	P	L
Template Known Secondary structure					T	T	S	S	B	S		B		T	T	T			B													G	G	G	T										S	S															T	T												S	S	S		B		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.
																																	204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	H	I	E	C	S	A	M	N	C	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	E	E	D	M	K	G	K	V	L	Y	V	W	F	E	A	P	I	G	Y	I	S	I	T	I	E	H	F	K	R	I	G	K	P	N	E	W	K	K	Y	W	L	N	I	D	G	Q	T	R	V	I	H	F	I	G	K	D	N	I	P	F	H	A	I	F	W	P	A	F	L	M	A	Y	G	K	Y	K	D	E	E
Template Known Secondary structure				S	S	S	T	T									G	G	G													T	T		T	T	T	T					B		S	S											G	G	G						T								T	T			B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		242	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.
					247	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.		.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.										.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.																																																				.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.																																																				.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	M	S	G	H	.	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	R
Query Conservation		.	.	.																																																				.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.																																																				.															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	E	A	E	W	N	L	P	Y	D	I	P	A	N	E	Y	L	T	L	E	G	K	K	F	S	T	S	R	N	W	A	I	W	V	H	E	F	L	D	V	F	P	A	D	Y	L	R	Y	Y	L	T	T	I	M	P	E	T	R	D	S	D	F	S	F	S	D	F	K	V	R	I	N	E	E	L	V	N	N	L	G
Template Known Secondary structure				B		B				S	B										T	T				B	T	T	T	T	B	S		B					T	T	T	S												T			S	S	S																T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		322	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
		314	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.														.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.
Query Sequence		A	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	A	G	G	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	A	.	.	.	.
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.																														.	.	.	.
Template Conservation																																																.
Template Sequence		N	F	V	H	R	A	L	T	F	V	N	R	Y	F	D	G	V	V	P	E	R	G	E	L	D	E	L	D	R	E	A	L	E	E	I	E	K	A	F	K	E	V	G	E	L	I	.	M	N	Y	R	F	K	D	A	L	K	R	V	M	S	L	A	S	F	G	N	R	Y	F	D	H	K	Q	P	W	K	T	A	K
Template Known Secondary structure															S	T	T	B																														.		T	T																						T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure																																																.
Template SS confidence
		402	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.		.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480
											377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L	Q	S	G	A	Q	A	D	D	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	K	V	R	T	G	T	T	V	N	I	S	L	Q	I	V	K	A	L	G	I	L	L	E	P	F	L	P	D	A	S	E	K	I	W	H	L	L	N	L	D	E	V
Template Known Secondary structure		T																								T	T	T												T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		481	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.