Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 23 Aligned Residues 381 % Identity 23% Template c1qu2A_ PDB info PDB header:ligase/rna Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: insights into editing from an ile-trna synthetase structure2 with trna(ile) and mupirocin Resolution 2.20 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.													.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	G	E	S	F	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H
Query Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	Y	A	N	G	N	L	H	M	G	H	A	L	N	K	I	L	K	D	F	I	V	R	Y	K	T	M	Q	G	F	Y	A	P	Y	V	P	G	W	D	T	H	G	L	P	I	E	Q	A	L	T	K	K	G	V	D	R	K	K	M	S	T	A	E	F	R	E	K	C	K	E	F	A	L	E	Q	I	E	L	Q	K
Template Known Secondary structure			B	S	S	S																						T	T	T		B								B			S											T			S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		57	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.
		98	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	.	D	M	E	P	R	A	T	H	.	.	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	D	F	R	R	L	G	V	R	G	D	F	N	D	P	Y	I	T	L	K	P	E	Y	E	A	A	Q	I	R	I	F	G	E	M	A	D	K	G	L	I	Y	K	G	K	K	P	V	Y	W	S	P	S	S	E	S	S	L	A	E	A	E	I	E	Y	H	D	K	R	S	A	S	I	Y	V	A	F	N	V	K	D
Template Known Secondary structure						T	T	T			S		T	T	S				T	T	S																	T	T													T	T	T	T					G	G	G															B				S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.
																																																																			149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	K	G	V	V	D	A	D	A	K	F	I	I	W	T	T	T	P	W	T	I	P	S	N	V	A	I	T	V	H	P	E	L	K	Y	G	Q	Y	N	V	N	G	E	K	Y	I	I	A	E	A	L	S	D	A	V	A	E	A	L	D	W	D	K	A	S	I	K	L	E	K	E	Y	T	G	K	E	L	E	W	V
Template Known Secondary structure		S	T	T	G	G	G	T	T			B					S		G	G	G	S	S			B						T	T								T	T	T	T														T	T	T	T			S	S										T	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		217	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Q	A	G	A	R	V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	Q	H	P	F	L	D	R	E	S	L	V	I	N	G	D	H	V	T	T	D	A	G	T	G	C	V	H	T	A	P	G	H	G	E	D	D	Y	I	V	G	Q	Q	Y	E	L	P	V	I	S	P	I	D	D	K	G	V	F	T	E	E	G	G	Q	F	E	G	M	F	Y	D	K	A	N	K	A	V	T	D
Template Known Secondary structure				B			T	T			S	B							S	S			S	S	S		S				B		T	T	S		S					T	T	T	S	S	S									S	S	S				T	T		S	S		S	S	S		S	S					T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		297	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.
																																																																							185	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	M	S	K	E	G	E	P	S	W	P
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	L	T	E	K	G	A	L	L	K	L	D	F	I	T	H	S	Y	P	H	D	W	R	T	K	K	P	V	I	F	R	A	T	P	Q	W	F	A	S	I	S	K	V	R	Q	D	I	L	D	A	I	E	N	T	N	F	K	V	N	W	G	K	T	R	I	Y	N	M	V	R	D	R	G	E	W	V	I	S	R	Q
Template Known Secondary structure		G	S	S																			T	T	T			B																										T	S			S	S																						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		377	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		196	.	.	.	200	.	.	.																																																															.	.	.	.	.	.	210	.	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	P	W	G	A	G	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	W	H	I	E	C	S	A	M	N
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	V	W	G	V	P	L	P	V	F	Y	A	E	N	G	E	I	I	M	T	K	E	T	V	N	H	V	A	D	L	F	A	E	H	G	S	N	I	W	F	E	R	E	A	K	D	L	L	P	E	G	F	T	H	P	G	S	P	N	G	T	F	T	K	E	T	D	I	M	D	V	W	F	D	S	G	S	S	H	R
Template Known Secondary structure			S	S	S		B							T	T	S																					T						S						S	S	T	T				S	S		T	T	S																	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
		214	.						.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.		.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.																																															.
Query SS confidence				.	.	.	.	.																																															.
Query Sequence		C	K	.	.	.	.	.	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	.	V	D	R	E	K	M	S	K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E
Query Conservation				.	.	.	.	.																																															.
Alig confidence				.	.	.	.	.																																															.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	L	E	T	R	P	E	L	S	F	P	A	D	M	Y	L	E	G	S	D	Q	Y	R	G	W	F	N	S	S	I	T	T	S	V	A	T	R	G	V	S	P	Y	K	F	L	L	S	H	G	F	V	M	D	G	E	G	K	K	M	S	K	S	L	G	N	V	I	V	P	D	Q	V	V	K	Q	K	G	A	D
Template Known Secondary structure			T	T	T	T	S	T	T			S	S	B	S						G	G	G	G	T	T														S	S		S	B	S											T	T	S					S	S	S	S												T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
		288	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	V	R	Y	F	L	M	S	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	G	E	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M
Query Conservation																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	A	R	L	W	V	S	S	T	D	Y	L	A	D	V	R	I	S	D	E	I	L	K	Q	T	S	D	D	Y	R	K	I	R	N	T	L	R	F	M	L	G	N	I	N	D	F	N	P	D	T	D	S	I	P	E	S	E	L	L	E	V	D	R	Y	L	L	N	R	L	R	E	F	T	A	S	T	I	N	N	Y
Template Known Secondary structure									T	S		T	T	S																													T	S	T	T										G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.			.	.	.	.	370	.	.	.	.	.															.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410
Predicted Secondary structure																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	.	.	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	A	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A	V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L	Q	S	G	A	Q	A	D	D
Query Conservation																					.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																			.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	E	N	F	D	Y	L	N	I	Y	Q	E	V	Q	N	F	I	N	V	E	L	S	N	F	Y	L	D	Y	G	K	D	I	L	Y	I	E	Q	R	D	S	H	I	R	R	S	M	Q	T	V	L	Y	Q	I	L	V	D	M	T	K	L	L	A	P	I	L	V	H	T	A	E	E	V	W	S	H	T	P	H	V	K
Template Known Secondary structure		.		T	T																														T	T	S		T	T																							T	T	T	S									T	T	S	T	T		S
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			697	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.
		411
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E
Template Known Secondary structure		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		776