Job Description P21888 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:38:38 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 411 % Identity 21% Template c1ileA_ PDB info PDB header:aminoacyl-trna synthetase Chain: A: PDB Molecule:isoleucyl-trna synthetase; PDBTitle: isoleucyl-trna synthetase Resolution 2.50 Å

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		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.			30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure													.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	A	G	E	V	G	M	Y	V	C	G	.	.	I	T	V	Y	D	L	C	H	I	G	H	G	R	T	F	V	A	F	D	V	V	A	R	Y	L	R	F	L	G	Y	K	L	K	Y	V	R	N	I	T	D	I	D	D	K	I	I	K	R	A	N	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation													.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.																																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	K	G	G	P	R	Y	T	V	Y	E	G	P	P	T	A	N	G	L	P	H	V	G	H	A	Q	A	R	S	Y	K	D	L	F	P	R	Y	K	T	M	R	G	Y	Y	A	P	R	R	A	G	W	D	T	H	G	L	P	V	E	L	E	V	E	K	K	L	G	L	K	S	K	R	E	I	E	A	Y	G	I	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	S		B			B							T	T	S				T	T																		T	T		B																						T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		34	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.
				82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.		.	110	.	.	.	.	.	.			.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.																												.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.																												.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	G	E	S	F	V	A	M	V	D	R	M	I	A	E	M	H	K	D	F	D	A	L	N	I	L	R	P	.	D	M	E	P	R	A	T	H	.	.	H	I	A	E	I	I	E	L	T	E	Q	L	I	A	K	G	H	A	Y	V	A	D	N	G	D	V	M	F	D	V	P	T	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.																												.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.																												.									.	.																																	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	F	N	Q	A	C	R	E	S	V	F	T	Y	E	K	E	W	E	A	F	T	E	R	I	A	Y	W	V	D	L	E	D	A	Y	A	T	L	E	P	T	Y	I	E	S	I	W	W	S	L	K	N	L	F	D	R	G	L	L	Y	R	D	H	K	V	V	P	Y	C	P	R	C	G	T	P	L	S	S	H	E	V
Template Known Secondary structure											T	T	T	T					T	T					T	T											T	T	S																	T	T													T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
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Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	L	G	Y	K	E	I	Q	D	P	S	V	Y	V	R	F	P	L	K	E	P	K	K	L	G	L	E	K	A	S	L	L	I	W	T	T	T	P	W	T	L	P	G	N	V	A	A	A	V	H	P	E	Y	T	Y	A	A	F	Q	V	G	D	E	A	L	I	L	E	E	G	L	G	R	K	L	L	G	E	G	T
Template Known Secondary structure				T															B	S	S	G	G	G	G	T		S	S								S		G	G	G	G	G	G								T	T	S								T	T							T	T						T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		194	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
																									149	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	P	T	Y	G	V	L	S	R	Q	D	L	D	Q	L	Q	A	G	A	R	V	D	V	V	D	D	K	R	N	P	M	D	F	V	L	W	K	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	V	L	K	T	F	P	G	K	A	L	E	G	L	P	Y	T	P	P	Y	P	Q	A	L	E	K	G	Y	F	V	V	L	A	D	Y	V	S	Q	E	D	G	T	G	I	V	H	Q	A	P	A	F	G	A	E	D	L	E	T	A	R	V	Y	G	L	P	L	L	K	T	V	D	E	E	G	K	L	L	V	E	P
Template Known Secondary structure													T	T		B	B			S	S					S	S		S	B					T	T			S	S	S	S		S						T	T	S											T	T							B		T	T	S	B	B		S	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	K	G	L	Y	F	R	E	A	N	R	A	I	L	R	D	L	R	G	R	G	L	L	F	K	E	E	S	Y	L	H	S	Y	P	H	C	W	R	C	S	T	P	L	M	Y	Y	A	T	E	S	W	F	I	K	N	T	L	F	K	D	E	L	I	R	N	N	Q	E	I	H	W	V	P	P	H	I	K	E	G	R
Template Known Secondary structure		G	T	T		B															T	T														B		S	S	S			B													G	G	G	G											S			S	S	G	G	G	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.
									187	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	S	K	E	G	E	P	S	W	P	S	P	W	G	A	G	R	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	G	E	W	L	K	N	L	V	D	W	A	L	S	R	N	R	Y	W	G	T	P	L	P	I	W	V	C	Q	A	C	G	K	E	E	A	I	G	S	F	Q	E	L	K	A	R	A	T	K	P	L	P	E	P	F	D	P	H	R	P	Y	V	D	Q	V	E	L	A	C	A	C	G	G	T	M	R	R	V	P	Y
Template Known Secondary structure		T						T								B			S	S	S		B							S	S	S	S							S								B	S	S				S	S				S					T	T						T	T	S	S						S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		434	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.
					204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.												.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.		.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Query SS confidence		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Query Sequence		.	.	.	G	W	H	I	E	C	S	A	M	N	C	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Q	L	G	N	H	F	D	I	H	G	G	G	S	D	L	M	F	P	H	H	E	N	E	I	A	Q	S	T	C	A	H	D	G	Q	Y	V	N	Y	W	M	H	S	G	M	V	M	.	V	D	R	E	K	M	S
Query Conservation		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Alig confidence		.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																.
Template Conservation
Template Sequence		V	I	D	V	W	Y	D	S	G	A	M	P	F	A	S	L	H	Y	P	F	E	H	E	E	V	F	R	E	S	F	P	A	D	F	I	A	E	G	I	D	Q	T	R	G	W	F	N	S	L	H	Q	L	G	V	M	L	F	G	S	I	A	F	K	N	V	I	C	H	G	L	I	L	D	E	K	G	Q	K	M	S
Template Known Secondary structure		B														T	T	T	T	T	T	S									S	S	B	S	B					G	G	G	G	G	T														S	S		S	B	S											T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		514	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.
		269	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.		.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.		.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
Predicted Secondary structure																													.																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																													.																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		K	S	L	G	N	F	F	T	V	R	D	V	L	K	Y	Y	D	A	E	T	V	R	Y	F	L	M	S	.	G	H	Y	R	S	Q	L	N	Y	S	E	E	N	L	K	Q	A	R	A	.	A	L	E	R	L	Y	T	A	L	R	G	T	D	K	T	V	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																													.																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																													.																				.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	S	K	G	N	V	V	D	P	W	D	I	I	R	K	F	G	A	D	A	L	R	W	Y	I	Y	V	S	A	P	P	E	A	D	R	R	F	G	P	N	L	V	R	E	T	V	R	D	Y	F	L	T	L	W	N	V	Y	S	F	F	V	T	Y	A	N	L	D	R	P	D	L	K	N	P	P	P	P	E	K	R
Template Known Secondary structure		T	T	T	T										T	T	T													S		S	S	S																T																						T	T	S				S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
										333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.			.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.														.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	G	E	A	F	E	A	R	F	I	E	A	M	D	D	D	F	N	T	P	E	A	Y	S	V	L	F	D	M	A	R	E	.	.	V	N	R	L	K	A	E	D	M	A	A	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	A	M	A	S	H	L	R	K	L	S	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.															.																			.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.
Template Sequence		P	E	M	D	R	W	L	L	A	R	M	Q	D	L	I	Q	R	V	T	E	A	L	.	E	A	Y	D	P	T	T	S	A	R	A	L	R	D	F	V	V	E	D	L	S	Q	W	Y	V	R	R	N	R	R	R	F	W	K	N	E	D	A	L	D	R	E	A	A	Y	A	T	L	Y	E	A	L	V	L	V	A	T
Template Known Secondary structure																								.		T	T																	S	S	T	T	T										T		T	T	T	S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.
Template SS confidence
		674	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.		.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.																								.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	L	G	L	L	E	Q	E	P	E	A	F	L	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	G	A	Q	A	D	D	S	E	V	A	E	I	E	A	L	I	Q	Q	R	L	D	A	R	K	A	K
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	A	A	P	F	T	P	F	L	A	E	V	L	W	Q	N	L	V	R	S	V	R	L	E	A	K	E	S	V	H	L	A	D	W	P	E	A	D	P	A	L	A	D	E	A	L	V	A	Q	M	R	A	V	L	K	V	V	D	L	A	R	A	A	R
Template Known Secondary structure				T	T	T	S	T	T										T	T	T	T	S	T	T	S		S	S	G	G	G	S							T	T	T																				T	T		T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		753	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.