Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 77 Aligned Residues 338 % Identity 19% Template d2fhfa5 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 1.65

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		2	.	.	.	.	.	.	.					10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.												.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	.	.	.	.	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation										.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	K	M	T	I	H	E	S	H	I	R	D	L	S	A	W	D	Q	T	V	P	A	E	L	R	G	K	Y	L	A	L	T	A	Q	E	S	N	M	V	Q	H	L	K	Q	L	S	A	S	G	V	T	H	I	E	L	L	P	V	F	D	L	A	T	V	N	E	F	S	D	K	V	A	D	I	Q	Q	P	F	S	R
Template Known Secondary structure			T													T	T		T	T	S		G	G	G	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T	S													T							S						S	S	S				G	G	G				T	T	S	B
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.
																																																								53	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		L	C	E	V	N	S	A	V	K	S	S	E	F	A	G	Y	C	D	S	G	S	T	V	E	E	V	L	T	Q	L	K	Q	N	D	S	K	D	N	P	Q	V	Q	A	L	N	T	L	V	A	Q	T	D	S	Y	N	W	G	Y	D	P	F	H	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	E	G	S	Y	A
Template Known Secondary structure											T	S	T	T	G	G	G	T	T	S	S		B									S	T	T		B	T	T	B											T	T	S	S	S												.	.	.	.	.	.	.	.	.				S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.										.	.	.	.	570	.	.
		79								80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.		.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.														.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.														.
Query Sequence		D	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	.	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.														.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.														.																.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	D	P	E	G	T	A	R	I	K	E	F	R	T	M	I	Q	A	I	K	Q	D	L	G	M	N	V	I	M	D	V	V	Y	N	H	T	N	.	.	A	A	G	P	T	D	R	T	S	V	L	D	K	I	V	P	W	Y	Y	Q	R	L	N	E	T	T	G	S	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		S			S	T	T																T	S										T	T			S	.	.			S	S	S		T	T							S	T	T	T	S	B		B		T	T	T			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.			610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		151	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	A	T	C	C	S	D	S	A	P	E	H	R	M	F	A	K	L	I	A	D	S	L	A	V	W	T	T	D	Y	K	I	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	S			B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																																	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.
		231	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.				.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																					.	.	.
Query SS confidence																																																					.	.	.
Query Sequence		G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	.	.	.	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D
Query Conservation																																																					.	.	.
Alig confidence																									.																												.	.	.
Template Conservation																									.
Template Sequence		G	F	R	F	D	L	M	L	Y	H	P	K	A	Q	I	L	S	A	W	E	R	I	K	.	A	L	N	P	D	I	Y	F	F	G	E	G	W	D	S	N	Q	S	D	R	F	E	I	A	S	Q	I	N	L	K	G	T	G	I	G	T	F	S	D	R	L	R	D	A	V	R	G	G	G	P	F	D	S	G	D	A
Template Known Secondary structure						T	T	G	G	G	S	B													.	T	T		T	T											S		T	T	T	S		B			T	T	T	T	T	T	S	S															S		T	T			T	T
Template Predicted Secondary structure																									.
Template SS confidence
		673	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.		.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.
		308	.	310	.	.	.	.	.	.	.																																																											.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	R	Q	N	Q	G	V	G	S	G	A	G	V	L	P	N	E	L	T	T	L	S	D	D	Q	A	R	H	L	A	D	L	T	R	L	G	M	A	G	N	L	A	D	F	V	L	I	D	K	D	G	A	V	K	R	G	S	E	I	D	Y	N	G	A	P	G	G	Y	A	A	D	P	T	E	V	V	N	Y	V	S
Template Known Secondary structure								G	G	G	T	T	T	T	S			S	S																				T	T		B	T	T						T	T	S					G	G	G	S			T	T			S			B	S	S	G	G	G					S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		752	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.
		330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.									.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380														.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	T	Y	P	I	D
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		K	H	D	N	Q	T	L	W	D	M	I	S	Y	K	A	A	Q	E	A	D	L	D	T	R	V	R	M	Q	A	V	S	L	A	T	V	M	L	G	Q	G	I	A	F	D	Q	Q	G	S	E	L	L	R	S	K	S	F	T	R	D	S	Y	D	S	G	D	W	F	N	R	V	D	Y	S	L	Q	D	N	N	Y	N
Template Known Secondary structure			S	S	S	S										S		T	T																			T	S	S	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S			T	T	S									T	T		S			S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		832	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.
																																	389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	G	M	P	R	S	S	D	D	G	S	N	Y	D	I	I	A	R	V	K	D	A	V	A	T	P	G	E	T	E	L	K	Q	M	T	A	F	Y	Q	E	L	T	A	L	R	K	S	S	P	L	F	T
Template Known Secondary structure		S	S								G	G	G								T	T	S	S																							T	S		G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		912	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.