Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 70 Aligned Residues 341 % Identity 18% Template d2aaaa2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.10

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		2	.	.	.	.	.	.	.					10	.	.	.	.	.	.	.	.													.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.						.	.	.	.	.	.	.	.	60
Predicted Secondary structure										.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	.	.	.	.	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	.	.	.	.	.	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D
Query Conservation										.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	T	Q	S	I	Y	F	L	L	T	D	R	F	G	R	T	D	N	S	T	T	A	T	C	N	T	G	N	E	I	Y	C	G	G	S	W	Q	G	I	I	D	H	L	D	Y	I	E	G	M	G	F	T	A	I	W	I	S	P	I	T	E	Q	L	P	Q	D	T	A	D	G	E	A	Y	H	G	Y	W	Q	Q	K
Template Known Secondary structure		T	T														T	T			S						G	G	G		S												T						T	T	T																	B	T	T	B		S	T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.
		61	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R
Query Conservation
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		I	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	V	N	S	N	F	G	T	A	D	N	L	K	S	L	S	D	A	L	H	A	R	G	M	Y	L	M	V	D	V	V	P	D	H	M	G	Y	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	T															T	T	T										S	B			B	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		87	.										.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.
		141	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	N	G	N	D	V	D	Y	S	V	F	D	P	F	D	S	S	S	Y	F	H	P	Y	C	L	I	T	D	W	D	N	L	T	M	V	E	D	C	W	E	G	D	T	I	V	S	L	P	D	L	D	T	T	E	T	A	V	R	T	I	W	Y	D	W	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S		G	G	G			G	G	G	S	B	S			S	G	G	G	B					B				T	T								S	B				S	S	S				B	B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																	127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.
		221	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Sequence		A	D	L	V	S	N	Y	S	V	D	G	L	R	I	D	S	V	L	E	V	Q	P	D	F	F	P	G	Y	N	K	A	.	.	.	.	.	.	S	G	V	Y	C	V	G	E	I	D	N	G	N	P	A	S	D	C	P	Y	Q	.	.	.	K	V	L	D	G	V	L	N	Y	P	I	Y	W	Q	L	L	Y	A	F
Template Known Secondary structure									T							S		S	T	T	S		G	G	G								.	.	.	.	.	.		T	S									S						G	G	G	G	.	.	.	G	T	S	S			B
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.																						.	.	.
Template SS confidence
		192	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.							.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.				.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		301	.	.	.	.	.	.				.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.
Query SS confidence									.	.	.
Query Sequence		R	M	G	R	D	Y	D	.	.	.	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D
Query Conservation									.	.	.
Alig confidence									.	.	.																																													.	.	.
Template Conservation																																																								.	.	.
Template Sequence		E	S	S	S	G	S	I	S	N	L	Y	N	M	I	K	S	V	A	S	D	C	S	D	P	T	L	L	G	N	F	I	E	N	H	D	N	P	R	F	A	K	Y	T	S	D	Y	S	Q	A	K	N	V	L	S	.	.	.	Y	I	F	L	S	D	G	I	P	I	V	Y	A	G	E	E	Q	H	Y	A	G	G	K
Template Known Secondary structure		S	S	T	T	S																	S		G	G	G	S				S			T	T	S			G	G	G	T													.	.	.					S	S	S						T	T	T	T	T	T					T
Template Predicted Secondary structure																																																								.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.				.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.						.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.
Query Sequence		V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	.	.	.	.	.	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V
Query Conservation													.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	P	Y	N	R	E	A	T	W	L	S	G	Y	D	T	S	A	E	L	Y	T	W	I	A	T	T	N	A	I	R	K	L	A	I	A	A	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T				G	G	G	G	T	T		T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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