Job Description P26612 Confidence 93.89% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 217 Aligned Residues 193 % Identity 17% Template d1qbaa3 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases beta-N-acetylhexosaminidase catalytic domain Resolution 1.85

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		7	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.					.	.	.	.						.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.					.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.					.	.	.	.	.
Query Sequence		L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	.	.	.	.	P	P	A	Y	.	.	.	.	.	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y
Query Conservation																																					.	.	.	.					.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.					.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																					.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	R	G	I	F	L	D	V	A	R	N	F	H	K	K	D	A	V	L	R	L	L	D	Q	M	A	A	Y	K	L	N	K	F	H	F	H	L	S	D	D	E	G	W	R	I	E	I	P	G	L	P	E	L	T	E	V	G	G	Q	R	C	H	D	L	S	E	T	.	.	.	.	.	.	T	C	L	L	P	Q	Y
Template Known Secondary structure										S	S	S																	T	T									B		S	S		B		B			T	T		T					T	T	T				S		T	T		S	.	.	.	.	.	.	S	S	B				T
Template Predicted Secondary structure																																																																					.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.							.	.	.	410	.	.	.
		78											.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.		.	.	.	.																.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	.	V	N	H	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E
Query Conservation			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	Q	G	P	D	V	Y	G	G	F	F	S	R	Q	D	Y	I	D	I	I	K	Y	A	Q	A	R	Q	I	E	V	I	P	E	I	D	M	P	A	H	A	R	A	A	V	V	S	M	E	A	R	Y	K	K	L	H	A	A	G	K	E	Q	E	A	N	E	F	R	L	V	D	P	T	D	T	S	N	T	T	S	V
Template Known Secondary structure		T	S		S	S						B															T	T										S	S	S																		T	T							T	T					T	T								T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		414	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
		132	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A
Query Conservation
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	F	F	N	R	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	Y	L	N	P	C	L	D	S
Template Known Secondary structure		T	S			G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	S			T	T
Template Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		494	.	.	.	.	.																																																																		500	.	.	.	.	.	.	.	.
		212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.													.	.	230	.	.																																													.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	C	D	G	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	R	L	D
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	Q	R	F	V	D	K	V	I	G	E	I	A	Q	M	H	K	E	A	G	Q	P	I	K	T	W	H	F	G	G	D	E	A	K	N	I	R	L	G	A	G	Y	T	D	K	A	K	P	E	P	G	K	G	I	I	D	Q	G	N	E	D	K	P	W	A	K	S	Q	V	C	Q	T	M	I	K	E	G	K	V	A
Template Known Secondary structure																					T				S							T	T		S		G	G	G	S	T	T				T	T	S			T	T	S					G	G	G				T	T	T	T										T	T	S		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		509	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.
		236	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	M	E	H	L	P	S	Y	F	G	Q	E	V	S	K	L	V	K	A	H	G	I	D	R	M	Q	A	W	Q	D	G	L	K	D	A
Template Known Secondary structure		S	G	G	G																T	T								G	G	G	G	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		589	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.

No model constructed - rank, confidence too low

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Kelley LA and Sternberg MJE. Nature Protocols 4, 363 - 371 (2009) [pdf] [Import into BibTeX]
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