Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 100 Aligned Residues 376 % Identity 18% Template d1gjwa2 SCOP info TIM beta/alpha-barrel (Trans)glycosidases Amylase, catalytic domain Resolution 2.1

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.					.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.
Query Sequence		M	R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	.	.	.	.	S	V	G	Y	D	S
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	K	R	S	V	V	Y	G	S	L	P	R	T	T	A	A	Y	N	H	K	G	S	G	Y	Y	E	E	N	D	V	L	G	F	R	E	A	G	T	F	F	K	M	M	L	L	L	P	F	V	K	S	L	G	A	D	A	I	Y	L	L	P	V	S	R	M	S	D	L	F	K	K	G	D	A	P	S	P	Y	S	V
Template Known Secondary structure		G	G	G												T				T	T	S	S	S				S	B		T	T	S		B		S									T								T															S	S		S	S	S	S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.									.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.										.	.	.
Template Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.										.	.	.
Template Sequence		K	N	P	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	L	D	E	R	Y	H	D	P	L	L	E	P	F	K	V	D	E	E	F	K	A	F	V	E	A	C	H	I	L	G	I	R	V	I	L	D	F	I	P	R	T	A	A	.	.	R	D	S	D	L	I	R	E	H	.	.	.	P	D	W	F	Y	W	I	K	V
Template Known Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	S		G	G	G	T	T	S																T	T									T	T				.	.	T	T		G	G	G	T	T		.	.	.	G	G	G	S					G
Template Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.										.	.	.
Template SS confidence
		161	.	.	.										.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.			.	210	.	.	.	.	.	.	.				.	.	220	.	.	.	.	.	.
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																							150	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	S	Q	F	I	W	D
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	E	L	A	D	Y	T	P	P	R	A	E	E	L	P	F	K	V	P	D	E	D	E	L	E	I	I	Y	N	K	E	N	V	K	R	H	L	K	K	F	T	L	P	P	N	L	I	D	P	Q	K	W	E	K	I	K	R	E	E	G	N	I	L	E	L	I	V	K	E	F	G	I	I	T	P	P	G	F	S	D
Template Known Secondary structure		G	G	S	T	T							T	T	S		S	B												T	S								T	T	B																	T		S	S											S						B			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		227	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	I	N	D	P	Q	P	T	W	D	D	V	T	F	L	R	L	Y	L	D	H	P	E	A	S	K	R	F	L	D	P	N	Q	P	P	Y	V	L	Y	D	V	I	K	A	S	K	F	P	G	K	E	P	N	R	E	L	W	E	Y	L	A	G	V	I	P	H	Y	Q	K	K	Y	G	I	D	G	A	R	L	D	M
Template Known Secondary structure		S	B	T			S			B	T	T							B	S	S			G	G	G	G	G	G	S		T	T												T	T	T	S			S	S	B									T	T																	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		307	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.
		237	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L
Query Conservation
Alig confidence																							.																			.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Conservation																							.																			.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template Sequence		G	H	A	L	P	K	E	L	L	D	L	I	I	K	N	V	K	E	Y	D	P	.	A	F	V	M	I	A	E	E	L	D	M	E	K	D	K	A	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	G	Y	D	V	I	L	G	S	S	W	Y	F	A	G	R	V	E	E	I	G	K	L	P	D	I	A	E	E	L	.
Template Known Secondary structure		G	G	G	S																	T	.	T										G	G	G						.	.	.	.	.	.	.	.			T		S											T		T	T	T	G	G	G							T		.
Template Predicted Secondary structure																							.																			.	.	.	.	.	.	.	.																																.
Template SS confidence
		387	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.		.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.									.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																						.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.																						.	.
Template Sequence		.	.	.	.	V	L	P	F	L	A	S	V	E	T	P	D	T	P	R	I	A	T	R	K	Y	.	.	A	S	K	M	K	K	L	A	P	F	V	T	Y	F	L	P	N	S	I	P	Y	V	N	T	G	Q	E	I	G	E	K	Q	P	M	N	L	G	L	D	T	D	P	N	L	R	K	V	L	S	P	T	D	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	S	S						S			T	T	S			G	G	G	S	T	T	.	.														T	S	T	T							T	T	G	G	G	T			S		S				S	S			G	G	G	G	G		S		T	T	S	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																						.	.
Template SS confidence
						457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.			.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
										378	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	F	G	K	L	A	F	F	D	H	Y	V	L	H	W	D	S	P	D	R	G	V	L	N	F	I	K	K	L	I	K	V	R	H	E	F	L
Template Known Secondary structure		T	T	T			T	T	T	S						T	T	S																			T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.