Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 66 Aligned Residues 389 % Identity 19% Template c3m07A_ PDB info PDB header:unknown function Chain: A: PDB Molecule:putative alpha amylase; PDBTitle: 1.4 angstrom resolution crystal structure of putative alpha2 amylase from salmonella typhimurium. Resolution 1.40 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		M	R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K
Query Conservation
Alig confidence																			.																																		.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.																																		.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		W	E	Q	A	V	V	Y	E	M	H	T	G	T	F	T	P	E	.	G	T	F	R	A	A	I	A	K	L	P	Y	L	A	E	L	G	V	T	V	I	E	V	M	P	V	A	Q	F	G	G	E	R	.	G	W	G	Y	D	G	V	L	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	H	S	A	Y	G	T	P
Template Known Secondary structure		G	G	G												S	S	S	.		S						T	T								T													S	S	S		.			S	T	T						.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	T
Template Predicted Secondary structure																			.																																		.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.		.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.										170	.	.	.	.	.	.	.	.
		81	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F
Query Conservation
Alig confidence																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	D	F	K	A	F	I	D	A	A	H	G	Y	G	L	S	V	V	L	D	I	V	L	N	H	F	G	P	E	G	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure														T	T										S				S	S	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		161	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	L	P	L	L	A	P	A	F	F	H	K	E	R	M	T	P	W	G	N	G	I	A	Y	D	V	D	A	V	R	R	Y	I	I	E	A	P	L	Y	W	L	T	E	Y	H	L	D	G	L	R	F	D	A	I	D	Q	I
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							G	G	G								T	T						T	T	S																		T	T		S					T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.
						241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.		.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280		.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.																		.																								.
Query SS confidence		.	.	.	.																		.																								.
Query Sequence		.	.	.	.	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	.	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	.	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G
Query Conservation		.	.	.	.																		.																								.
Alig confidence		.	.	.	.																		.																								.
Template Conservation
Template Sequence		E	D	S	S	A	R	H	V	L	V	E	I	A	Q	R	I	R	E	D	I	T	D	R	P	I	H	L	T	T	E	D	S	R	N	I	I	S	L	H	P	R	D	Q	D	G	N	A	P	L	F	T	A	E	W	N	D	D	F	H	N	A	V	H	V	F	A	T	G	E	T	Q	A	Y	Y	N	D	F	A	D	A
Template Known Secondary structure					S	S	S																S	S									S	S				T	T	S				T	T	S			S	S		S																				S	G	G	G	G	G	G		S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		267	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.
		315	.	.	.																														.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.				.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Query SS confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Query Sequence		T	L	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	.	.	.	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V
Query Conservation						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Alig confidence						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	E	K	H	L	A	R	A	L	A	E	G	F	A	Y	Q	G	E	I	S	P	Q	T	G	E	P	R	G	V	K	S	T	G	Q	P	P	V	A	F	V	D	F	I	Q	N	H	D	Q	V	G	N	R	A	Q	G	D	R	L	I	T	L	A	G	A	E	R	T	K	V	L	L	A	T	L	L	L	S	P	H	I
Template Known Secondary structure													S		S		S	S		B		T	T	T	S	S	B						T	T	S		G	G	G					S								T	S	T	T																							S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		347	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380																																					.	.	.	.	.	.	.								.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	T	Y	P	I	.	.	.	.	.	.	.	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I
Query Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.								.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	L	L	F	M	G	E	E	Y	G	E	S	R	P	F	L	F	F	T	D	F	H	G	D	L	A	R	A	V	R	E	G	R	A	K	E	F	A	D	H	A	G	E	N	V	P	D	P	N	A	P	E	T	F	Q	R	S	K	L	N	W	K	Q	Q	H	S	E	E	G	K	A	W	L	A	F	T	R	E	L	L
Template Known Secondary structure						T	T	G	G	G	T			S																							T	T	G	G	G	T	T						T	T	S						T	T	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.									.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	.	.	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T
Query Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.																.	.	.																				.	.
Template Conservation																																								.	.	.																.	.	.																				.	.
Template Sequence		L	L	R	Q	K	H	I	V	P	L	L	S	A	A	R	E	S	S	G	T	V	L	Q	T	A	P	G	F	I	A	V	S	W	R	F	P	G	G	.	.	.	T	L	S	L	A	L	N	I	S	A	T	T	V	L	L	.	.	.	P	D	L	P	G	K	T	L	F	A	W	P	N	E	S	T	G	S	L	.	.
Template Known Secondary structure								T					T	T			S										T	T									T	T		.	.	.									S	S	S					.	.	.					S							S				S	S			.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.																.	.	.																				.	.
Template SS confidence
		507	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.				.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.				560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	G	E	A	T	F	F	C
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	S	Q	H	S	L	I	V	R	L
Template Known Secondary structure		.		T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			579	580	.	.	.	.	.	.	.