Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 29 Aligned Residues 463 % Identity 19% Template c3k8kB_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: B: PDB Molecule:alpha-amylase, susg; PDBTitle: crystal structure of susg Resolution 2.20 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.					.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	.	.	.	.	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y
Query Conservation																			.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.																																.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																						.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	A	D	I	S	Y	Q	L	L	L	Y	S	F	A	D	S	D	G	D	G	Y	G	D	L	N	G	V	T	Q	K	L	D	Y	L	N	Q	L	G	V	K	A	L	W	L	S	P	I	H	P	C	X	S	.	.	.	Y	H	G	Y	D	V	T	D	Y	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	N	P	Q	L
Template Known Secondary structure			S								T	T	T	S			S	S	S	S	S	S								T	T							T	T		S								S		B	S	S	.	.	.	T	T			S	B	S		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S			T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																						.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110				.	.	.	.	.	.	.	.	.	120										.	.	.	.	.	.
		78	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.
Template Sequence		G	T	E	S	D	F	D	R	L	V	T	E	A	H	N	R	G	I	K	I	Y	L	D	Y	V	X	N	H	T	G	.	.	T	A	H	P	W	F	T	E	A	S	S	S	S	E	S	P	Y	R	N	Y	Y	S	F	S	E	D	P	K	T	D	I	A	A	G	K	I	A	X	I	T	Q	E	G	A	A	G	Y	N
Template Known Secondary structure																	T	T										S				.	.	T	T	S							T	T		T	T	S	G	G	G	G	G	B				S								T	T		S	T	T			S	S	G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																																.	.
Template SS confidence
		127	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.			.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
																																																																													132	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	I	E	C	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	A	E	W	F	Q	V	S	D	E	T	A	A	V	K	G	L	L	K	F	T	L	D	W	S	N	A	P	S	P	I	L	V	V	S	T	G	T	K	A	D	E	D	N	P	D	T	G	T	D	N	A	K	Y	L	Y	Y	G	E	D	I	C	K	K	F	Y	D	K	G	N	N	I	Y	E	L	T	V	D	F	E
Template Known Secondary structure		G	G	G				S		S																S	S	T	T	S									S	S				S		S					T	T							T	T	T									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.
		137	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.
Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																													.	.	.	.	.
Query Sequence		G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																													.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																													.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	T	W	G	L	L	I	R	T	S	N	A	S	F	W	P	S	G	T	K	Y	G	A	S	S	S	S	E	K	L	A	L	N	K	D	F	K	L	T	N	A	G	N	P	A	N	I	X	F	D	S	Q	Q	I	T	Y	F	H	S	H	F	C	T	D	W	F	A	D	L	N	Y	G	P	V	D	Q	A	G	E	S
Template Known Secondary structure			S	S						S			S	S	S			T	T				B	B	S	S	T	T			B		T	T	S					B		S	S	S		B		B		B	T	T									T	T	S		T	T				B				S	T	T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		285	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
			212	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.									.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.						.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																															.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																															.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Query Sequence		.	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	.	.	.	.	.	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y
Query Conservation		.																															.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Alig confidence		.														.																	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.
Template Conservation																.
Template Sequence		P	A	Y	Q	A	I	A	D	A	A	K	G	W	I	.	A	R	G	V	D	G	L	R	L	D	A	V	K	H	I	Y	H	S	E	T	S	E	E	N	P	R	F	L	K	X	F	Y	E	D	X	N	A	Y	Y	K	Q	K	G	H	T	D	D	F	Y	X	I	G	E	V	L	S	E	Y	D	K	V	A	P	Y	Y
Template Known Secondary structure																.		T	T							T	T	G	G	G	S	S	S		S	S	S	S																			T	T	T			S										S						G	G	G	G
Template Predicted Secondary structure																.
Template SS confidence
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.		.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.
		278	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.					.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.	.	.
Query SS confidence																																.	.	.	.
Query Sequence		I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	.	.	.	.	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A
Query Conservation																																.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.																											.	.	.	.																																				.	.
Template Conservation		.	.	.	.																																																																		.	.
Template Sequence		.	.	.	.	K	G	L	P	A	L	F	E	F	S	F	W	Y	R	L	E	W	G	I	N	N	S	T	G	C	Y	F	A	K	D	I	L	S	Y	Q	Q	K	Y	A	N	Y	R	S	D	Y	I	E	A	T	K	L	S	N	H	D	E	D	R	T	S	S	K	L	G	K	.	.	S	A	D	K	C	K	L	A	A
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	G	T		S																	T	T			T	T														T	T		T	T							S			T	T	S							T	T	T	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.																																																																		.	.
Template SS confidence
						444	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.			.	510	.	.	.	.	.	.	.
		354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.				.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	.	.	.	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	M	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A
Query Conservation																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																										.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	V	L	L	T	S	A	G	H	P	Y	I	Y	Y	G	E	E	L	G	L	Y	G	T	K	D	N	G	D	E	Y	V	R	S	P	X	L	W	G	D	S	Y	T	T	N	Y	T	D	K	T	D	A	T	V	S	K	N	V	K	T	V	A	D	Q	Q	A	D	T	H	S	L	L	N	I	Y	F	S	L	T	R	L
Template Known Secondary structure							S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T		G	G	G	G	S						S	S	T	T						S								T	T	S							T	T		T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		518	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.
		402	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.									.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470
Predicted Secondary structure								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	.	.	.	.	.	.	.	.	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V
Query Conservation								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.												.	.	.	.	.	.	.	.												.	.	.																					.	.	.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.																					.	.	.	.	.
Template Sequence		R	N	T	Y	P	A	L	A	E	G	N	X	T	K	H	S	V	Y	N	E	S	Q	E	K	D	Y	K	P	I	A	A	W	Y	X	T	K	D	N	E	.	.	.	K	L	L	V	I	H	N	F	G	G	T	A	X	Q	L	P	L	T	D	K	.	.	.	.	.	I	E	K	V	L	F	V	N	G	E	T	Q	Q
Template Known Secondary structure			T	T						T							S	S	S	S	G	G	G	T	T	T			S									T	T		.	.	.									S	S	S								S		.	.	.	.	.									S	S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.																					.	.	.	.	.
Template SS confidence
		598	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.				.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.						.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		471	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E	E
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		N	T	D	S	D	S	Y	T	L	K	L	G	G	Y	A	S	V	V	F	K	L	G	N
Template Known Secondary structure				T	T	T								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.