Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 53 Aligned Residues 410 % Identity 21% Template c3faxA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:reticulocyte binding protein; PDBTitle: the crystal structure of gbs pullulanase sap in complex with2 maltotetraose Resolution 2.40 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.					.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	.	.	.	.	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D
Query Conservation																	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		E	A	H	V	R	D	F	T	S	D	Q	S	L	D	G	K	N	Q	L	G	T	F	A	A	F	S	E	K	L	D	Y	L	Q	K	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	F	Y	V	N	E	M	D	K	S	R	S	T	A	Y	T	S	S	D	N	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	S	Y	F	.
Template Known Secondary structure												G	G	G						T	T	S							T								T		S					S			B		B	S	S		B	T	T							S			S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.
		64	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.									80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	A	L	S	G	M	Y	S	E	K	P	K	D	P	S	A	R	I	A	E	L	K	Q	L	I	H	D	I	H	K	R	G	M	G	V	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	S	B		G	G	G		S		T	T	S																		T	T										S			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
										698	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.
		136	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	T	Y	L	F	E	D	I	E	P	N	Y	Y	H	F	M	N	E	D	G	S	P	R	E	S	F	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	L	G	T	T	H	A	M	S	R	R	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T					T	T	S	T	T	T	S	B		B		T	T	S		B		B	S	S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	B		B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
												742	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.																														770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.
		216	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.								.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	.	.	.	.	.	.	.	K	T	M	L	F
Query Conservation																																																																						.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																												.																										.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																												.
Template Sequence		L	V	D	S	I	K	Y	L	T	S	E	F	K	V	D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A	A	A	I	E	L	A	Y	K	E	A	K	A	I	N	P	.	N	M	I	M	I	G	E	G	W	R	T	F	Q	G	D	Q	G	K	P	V	K	P	A	D	Q	D	W	M	K	S	T	D	T	V	G	V	F
Template Known Secondary structure													S								T	T	G	G	G	S	B																T	.	T									S					B	T	T	B				B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure																																												.
Template SS confidence
		783	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.		.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.									.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.							.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	.	.	.	.	.	.	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	D	I	R	N	S	L	K	S	G	F	P	N	E	G	T	P	A	F	I	T	G	G	P	Q	S	L	Q	G	I	F	K	N	I	K	A	Q	P	G	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	V	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	H	D	V	I	A	K	S	I	N	K	D	P	K	V	A	E	E	D
Template Known Secondary structure													T	T	S	T	T				T	T	T	T													T	T			T	T	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T			T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		862	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.
			346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation		.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		I	H	R	R	L	R	L	G	N	V	M	I	L	T	S	Q	G	T	A	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	R	L	L	N	P	D	Y	M	T	K	V	S	D	K	L	P	N	K	A	T	L	I	E	A	V	K	E	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	I	N	H	F	D	W	A	A
Template Known Secondary structure															T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S								T	T					S	S			S	S					S		G	G	G
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		942	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.
								385	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	Y	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.	.	.
Template Conservation																																																																							.	.	.
Template Sequence		A	T	D	N	N	K	H	P	I	S	T	K	T	Q	A	Y	T	A	G	L	I	T	L	R	R	S	T	D	A	F	R	K	L	S	K	A	E	I	D	R	E	V	S	L	I	T	E	V	G	Q	G	D	I	K	E	K	D	L	V	I	A	Y	Q	T	I	D	S	G	D	.	.	.	I	Y	A	V	F	V	N	A
Template Known Secondary structure					T	T	T																				T		T	T	S	S														S	S		T	T	S	T	T			S			S												.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																																							.	.	.
Template SS confidence
		1023	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.				.	.	.	.	.	.	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.					.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.				.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.																										.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.																										.	.	.
Query Sequence		D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	.	.	.	.	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	.	.	.	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E	E
Query Conservation														.	.	.	.																										.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.																										.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		D	S	K	A	R	N	V	L	L	G	E	K	Y	K	H	L	L	K	G	Q	V	I	V	D	A	D	Q	A	G	I	K	P	I	S	T	P	R	G	V	H	F	E	K	D	S	L	L	I	D	P	L	T	A	I	V	I	K	V	G	K
Template Known Secondary structure		S	S	S											G	G	G	G	G	S						S	S		B	S	S	S			S	S		S	S					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1101	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160