Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 18 Aligned Residues 434 % Identity 15% Template c3blpX_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: X: PDB Molecule:alpha-amylase 1; PDBTitle: role of aromatic residues in human salivary alpha-amylase Resolution 1.60 Å

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		4	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.
Predicted Secondary structure																											.
Query SS confidence																											.
Query Sequence		P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	.	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q
Query Conservation																											.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.									.																								.																.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.																																	.																.	.	.	.
Template Sequence		T	S	I	V	H	L	F	E	W	R	.	.	.	.	.	.	.	W	V	D	I	A	L	E	C	E	R	Y	L	A	P	K	G	F	G	G	V	Q	V	S	P	P	N	E	N	V	A	I	H	.	N	P	F	R	P	W	W	E	R	Y	Q	P	V	S	Y	.	.	.	.	K	L	C	T	R	S	G	N	E	D	E
Template Known Secondary structure								T	T			.	.	.	.	.	.	.											T	T	T	T	T	T										S		B	B			T	.	T	T	T	S		G	G	G	G	G	S	B	S		S	.	.	.	.		S		B	T	T	B
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.																																	.																.	.	.	.
Template SS confidence
		11	.	.	.	.	.	.	.	.	20								.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.		.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.					.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.
		83	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G
Query Conservation
Alig confidence																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	R	N	M	V	T	R	C	N	N	V	G	V	R	I	Y	V	D	A	V	I	N	H	M	C	G	N	A	V	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	G	T	S	S	T	C	G	S	Y	F	N	P	G	S	R	D	F	P	A	V	P	Y	S	G	W	D	F	N	D	G	K	C	K	T	G	S
Template Known Secondary structure												T	T										S					T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B	S		B	T	T				B	B	G	G	G	T	B	B	T	T	T	T	B		G	G	G	B	S	T	T	T			S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		79	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.														.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.
		163	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	D	I	E	N	Y	N	D	A	T	Q	V	R	D	C	R	L	S	G	L	L	D	L	A	L	G	K	D	Y	V	R	S	K	I	A	E	Y	M	N	H	L	I	.	D	I	G	V	A	G	F	R	I	D	A	S	K	H	M	W	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B				T	T								S	B	B	T	T				B		T	T	S																.			T							T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																											.
Template SS confidence
																						146	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.		.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.							.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.			.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Query Sequence		W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	.	.	.	.	.	.	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	.	.	T	G
Query Conservation														.	.	.	.	.	.																																																											.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.																											.	.																															.	.
Template Conservation																																														.	.
Template Sequence		G	D	I	K	A	I	L	D	K	L	H	N	L	N	S	N	W	F	P	E	G	S	K	P	F	I	Y	Q	E	V	I	D	L	G	G	E	P	I	K	S	S	D	Y	F	.	.	G	N	G	R	V	T	E	F	K	Y	G	A	K	L	G	T	V	I	R	K	W	N	G	E	K	M	S	Y	L	K	N	W	G	E
Template Known Secondary structure									T	T						T	T	T	S		T	T													S	S	S	S			G	G	G	G	T	.	.	T	T	S																	T		T	T			G	G	G	G	G	G	T	T	G
Template Predicted Secondary structure																																														.	.
Template SS confidence
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.			.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.
		315	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.						.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																															.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query SS confidence																															.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Query Sequence		T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	.	.	.	.	.	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	.	.	.	.
Query Conservation																															.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Alig confidence																															.	.	.	.	.																																											.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	G	F	M	P	S	D	R	A	L	V	F	V	D	N	H	D	N	Q	R	G	H	G	A	G	G	A	S	I	L	T	F	W	D	A	R	L	Y	K	M	A	V	G	F	M	L	A	H	P	Y	G	F	T	R	V	M	S	S	Y	R	W	P	R	Y	F	E	N	G	K	D	V	N	D	W	V	G	P	P	N
Template Known Secondary structure		G	G	T				T	T	T					S			T	T	G	G	G	T		T	T			T	T				G	G	G														S		S	S								B								T	T			T	T	T	T			S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		283	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.
																					386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	.	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																		.							.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																													.	.	.	.	.																.
Template Sequence		D	N	G	V	T	K	E	V	T	I	N	P	D	T	T	C	G	N	D	W	V	C	E	H	R	A	R	Q	I	R	N	M	V	N	F	R	N	V	V	D	G	Q	P	F	T	N	W	Y	D	N	G	S	N	Q	V	A	F	G	R	.	.	.	.	.	G	N	R	G	F	I	V	F	N	N	D	D	W	T	F	.
Template Known Secondary structure			T	T							B		T	T	S		B		T	T	B			G	G	G	S													T	T	T										S	S	S							.	.	.	.	.	T	T	T								S	S	S			.
Template Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.																.
Template SS confidence
		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.						.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.
		446	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.								.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	.	.	.	.	.	.	.	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I
Query Conservation																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	L	T	L	Q	T	G	L	P	A	G	T	Y	C	D	V	I	S	G	D	K	I	N	G	N	C	T	G	I	K	I	Y	V	S	D	D	G	K	A	H	F	S	I	S	N	S	A	E	D	P	F	I	A
Template Known Secondary structure											S						T	T	T					T	T			S	S							T	T	S								T	T		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.