Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 43 Aligned Residues 400 % Identity 21% Template c2ya1A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:putative alkaline amylopullulanase; PDBTitle: product complex of a multi-modular glycogen-degrading2 pneumococcal virulence factor spua Resolution 2.25 Å

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		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	K	P	F	G	T	F	E	A	F	I	E	K	L	D	Y	L	K	D	L	G	V	T	H	I	Q	L	L	P	V	L	S	Y	Y	F	V	N	E	L	K	N	H	E	R	L	S	D	Y	A	S	S	N	S	N	Y	N	W	G	Y	D	P	Q	N	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	G	M	Y
Template Known Secondary structure		S	S		T	T	S						T	T								T		S					S			B		B	S	S		B	G	G	G	T	T	S				S			S	S	S		S				S		S	B	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	B		S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		609	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.										.	.	.	.	.	.
		78	.									80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	D	.	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	S	D	P	K	N	P	E	K	R	I	A	E	F	K	N	L	I	N	E	I	H	K	R	G	M	G	A	I	L	D	V	V	Y	N	H	T	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	V	D	L
Template Known Secondary structure			S		T	T		T	T															T	T	T									T	T			S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.																																							.	.	720	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C
Query Conservation
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		F	E	D	L	E	P	N	Y	Y	H	F	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	A	D	G	T	P	R	T	S	F	G	G	G	R	L	G	T	T	H	H	M	T	K	R	L	L	I	D	S	I	K	Y	L	V	D	T	Y	K	V
Template Known Secondary structure				T	T	S	T	T	T	S	B		B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T			B				T	T				B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		722	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.																														.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.								.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300
Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query SS confidence																																																										.	.	.	.	.	.	.																.	.
Query Sequence		D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	.	.	.	.	.	.	.	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	.	.
Query Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.																.	.
Alig confidence																														.																												.	.	.	.	.	.	.																.	.
Template Conservation																														.
Template Sequence		D	G	F	R	F	D	M	M	G	D	H	D	A	A	S	I	E	E	A	Y	K	A	A	R	A	L	N	P	.	N	L	I	M	L	G	E	G	W	R	T	Y	A	G	D	E	N	M	P	T	K	A	A	D	Q	D	W	M	K	H	T	D	T	V	A	V	F	S	D	D	I	R	N	N	L	K	S	G	Y	P	N
Template Known Secondary structure							T	T	G	G	G	S	B																T	.	T									S					S	T	T					B	S	S	G	G	G	G	G	G		S	S	S												S			T	T	S
Template Predicted Secondary structure																														.
Template SS confidence
		773	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800		.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.
								301	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320							.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340													.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	.	.	.	.	.	.	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L
Query Conservation		.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	G	Q	P	A	F	I	T	G	G	K	R	D	V	N	T	I	F	K	N	L	I	A	Q	P	T	N	F	E	A	D	S	P	G	D	V	I	Q	Y	I	A	A	H	D	N	L	T	L	F	D	I	I	A	Q	S	I	K	K	D	P	S	K	A	E	N	Y	A	E	I	H	R	R	L	R	L	G	N	L	M	V
Template Known Secondary structure		T	T				T	T	T	T													T	T			S	S	S			S	S	G	G	G					S			S	S	S	S											T			T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		852	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.
		357	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.																																																				.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	T	A	Q	G	T	P	F	I	H	S	G	Q	E	Y	G	R	T	K	Q	F	R	N	P	A	Y	R	T	P	V	A	E	D	K	V	P	N	K	S	H	L	L	R	D	K	D	G	N	P	F	D	Y	P	Y	F	I	H	D	S	Y	D	S	S	D	A	V	N	K	F	D	W	T	K	A	T	D	G	K	A	Y
Template Known Secondary structure			T	S	S	S						T	T	T	T	T	T				B				G	G	G	S	S				T	T	T			T	T							T	T	S										S			T	T																T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		932	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1010	.
		386	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.
Template Conservation																																																																	.	.
Template Sequence		P	E	N	V	K	S	R	D	Y	M	K	G	L	I	A	L	R	Q	S	T	D	A	F	R	L	K	S	L	Q	D	I	K	D	R	V	H	L	I	T	V	P	G	Q	N	G	V	E	K	E	D	V	V	I	G	Y	Q	I	T	A	P	N	G	D	.	.	I	Y	A	V	F	V	N	A	D	E	K	A	R	E	F
Template Known Secondary structure																						G	G	G	S		S												S	S		T	T	S	T	T			S			S									T	T	S		.	.									S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Template SS confidence
		1012	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1070	.	.	.	.			.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		448	.	450	.	.	.	.					.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.				.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.
Predicted Secondary structure									.	.	.	.																								.	.	.
Query SS confidence									.	.	.	.																								.	.	.
Query Sequence		H	L	G	E	N	Y	G	.	.	.	.	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	.	.	.	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E	E
Query Conservation									.	.	.	.																								.	.	.
Alig confidence									.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	L	G	T	A	F	A	H	L	R	N	A	E	V	L	A	D	E	N	Q	A	G	P	V	G	I	A	N	P	K	G	L	E	W	T	E	K	G	L	K	L	N	A	L	T	A	T	V	L	R	V	S	Q
Template Known Secondary structure				T	T	T	T	G	G	G	G	G							S	S		B		S	S			S	S		S	S					S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.