Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 71 Aligned Residues 406 % Identity 20% Template c2x4bA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:limit dextrinase; PDBTitle: barley limit dextrinase in complex with beta-cyclodextrin Resolution 2.10 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.								.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					50	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	.	.	.	.	.	.	.	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G
Query Conservation															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	D	S	R	G	G	F	R	A	F	A	Y	Q	A	S	A	G	M	E	H	L	R	K	L	S	D	A	G	L	T	H	V	H	L	L	P	S	F	H	F	A	G	V	D	D	I	K	S	N	W	K	F	V	D	E	C	E	L	A	T	F	P	P	G	S	D	M	Q	Q	A	A	V	V	A	I	Q	E	E	D	P
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	S	G	G	G	G	G		T	T	S													T													S	S	S		S		G	G	G										T	T	S		T	T		S										T	T	S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		273	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
		52	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.								80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	.	.	.	.	.	.	.	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Template Sequence		Y	N	W	G	Y	N	P	V	L	W	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	P	K	G	S	Y	A	S	D	P	D	G	P	S	R	I	I	E	Y	R	Q	M	V	Q	A	L	N	R	I	G	L	R	V	V	M	D	V	V	Y	N	H	L	D	.	.	S	S	G	P	C	G	I	S	S	V	L	D	K	I	V
Template Known Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	S	S		S	S	S	T																T	T										S	B		S	.	.			S	S		S	T	T							S
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.																																												.	.
Template SS confidence
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.										.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.			.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		125	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N
Query Conservation
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		P	G	Y	Y	V	R	R	D	T	N	G	Q	I	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	S	A	A	M	N	N
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	B		B		T	T	S		B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S	S	S	B
Template Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		422	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.																																																												.	.	.	.	440	.	.
		205	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.								.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	.	.	.	.	.	.	.	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y
Query Conservation																																																							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																							.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		T	A	S	E	H	F	M	V	D	R	L	I	V	D	D	L	L	N	W	A	V	N	Y	K	V	D	G	F	R	F	D	L	M	G	H	I	M	K	R	T	M	M	R	A	K	S	A	L	Q	S	L	T	T	D	A	H	G	V	D	G	S	K	I	Y	L	Y	G	E	G	W	D	F	A	E	V	A	R	N	Q	R
Template Known Secondary structure		B		T	T	S																		S								T	T	G	G	G	S	B													T							S	S		G	G	G											G	G	G	G	G	G	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.
		278	.	280							.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.																						.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	D	Q	.	.	.	.	.	.	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence					.	.	.	.	.	.																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	I	N	G	S	Q	L	N	M	S	G	T	G	I	G	S	F	N	D	R	I	R	D	A	I	N	G	G	N	P	F	G	N	P	L	Q	Q	G	F	N	T	G	L	F	L	E	P	N	G	F	Y	Q	G	N	E	A	D	T	R	R	S	L	A	T	Y	A	D	Q	I	Q	I	G	L	A	G	N	L	R	D	Y
Template Known Secondary structure		S	S	B			T	T	T	T	T	T	T	T															S		T	T	S		T	T				T	T	T	T	T	T	T	S			S	S																								B	T		B	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		523	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.
																											318	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.									.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	I	S	H	T	G	E	A	K	K	G	S	E	I	H	T	F	D	G	L	P	V	G	Y	T	A	S	P	I	E	T	I	N	Y	V	S	A	H	D	N	E	T	L	F	D	V	I	S	V	K	T	P	M	I	L	S	V	D	E	R	C	R	I	N	H	L	A	S	S	M	M	A	L	S	Q	G	I	P	F
Template Known Secondary structure						T	T	S					T	T	T	S	B		T	T	S		B	S			B	S	S	G	G	G					S			S	S	S											S		T	T	S																		T	S	B	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		603	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.
		365	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380														.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	T	Y	P	I	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		F	H	A	G	D	E	I	L	R	S	K	S	I	D	R	D	S	Y	N	S	G	D	W	F	N	K	L	D	F	T	Y	E	T	N	N	W	G	V	G	L	P	P	S	E	K	N	E	D	N	W	P	L	M	K	P	R	L	E	N	P	S	F	K	P	A	K	G	H	I	L	A	A	L	D	S	F	V	D	I	L
Template Known Secondary structure				T	T	G	G	G	T				T	T		S		G	G	G	S									T	T	S	S					S	S									G	G	G											G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		683	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.
		400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.															.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.											.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query SS confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Query Sequence		L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	.
Query Conservation																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Alig confidence																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.
Template Conservation
Template Sequence		K	I	R	Y	S	S	P	L	F	R	L	S	T	A	N	D	I	K	Q	R	V	R	F	H	N	T	G	P	S	L	V	P	G	V	I	V	M	G	I	E	D	A	R	G	E	S	P	E	M	A	Q	L	D	T	N	F	S	Y	V	V	T	V	F	N	V	C	P	H	E	V	S	M	D	I	P	A	L	A	S	M
Template Known Secondary structure					T	T		G	G	G	G			S												S		S	T	T			T	T											S	S	S		S	S					S	S											S	S	S							G	G	G		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		763	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470				.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																		.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.
Query Sequence		N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	.	.	.	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V
Query Conservation																		.	.	.
Alig confidence																		.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	F	E	L	H	P	V	Q	V	N	S	S	D	T	L	V	R	K	S	A	Y	E	A	A	T	G	R	F	T	V	P	G	R	T	V	S	V	F	V
Template Known Secondary structure											T		S		T	T	G	G	G					T	T	T	T						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		843	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.