Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 31 Aligned Residues 420 % Identity 19% Template c2wcsA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase, catalytic region; PDBTitle: crystal structure of debranching enzyme from nostoc2 punctiforme (npde) Resolution 2.80 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.																											.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																				.	.	.
Template Conservation																																																																													.	.	.
Template Sequence		V	K	H	A	V	F	Y	Q	I	F	P	D	R	F	A	R	S	K	Q	P	R	K	R	L	L	Q	E	A	R	W	E	D	W	D	S	M	P	T	L	Q	G	Y	K	G	G	D	L	W	G	I	M	E	D	L	D	Y	I	Q	N	L	G	I	N	A	I	Y	F	T	P	I	F	Q	S	A	S	.	.	.	N	H
Template Known Secondary structure		G	G	G								G	G	G	T				S	S					S		T	T			T	T	T	G	G	G						T			S									T								T							S						S	T	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure																																																																													.	.	.
Template SS confidence
		9	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.				.	.
		55	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E
Query Conservation
Alig confidence										.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation										.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	Y	H	T	H	D	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	V	D	P	M	L	G	G	N	E	A	F	K	E	L	L	D	A	A	H	Q	R	N	I	K	V	V	L	D	G	V	F	N	H	S	S	.	.	R	G	F	F	F	F	H	D	V	L	E	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	T	S						.	.	.	.	.	.	.	.	.				G	G	G	T															T	T										S	B			.	.	T	T	S										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure										.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.										.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.			130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.
		135	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	P	H	S	P	W	V	N	W	F	K	I	E	G	W	P	L	S	P	Y	N	G	E	F	P	A	N	Y	V	G	W	A	G	N	R	A	L	P	E	F	N	H	D	N	P	E	V	R	E
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	G	G		T	T	G	G	G	B		B		S	S	S			S	S			S	S			S	B		B	G	G	G		T	T	S	B	B	B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																	142	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190
		215	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.		.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
Predicted Secondary structure																													.
Query SS confidence																													.
Query Sequence		E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	.	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q
Query Conservation																													.
Alig confidence												.																	.																	.																			.	.	.	.	.
Template Conservation												.																																		.																			.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	I	M	E	I	A	E	Y	W	L	.	K	F	G	I	D	G	W	R	L	D	V	P	F	E	I	K	T	P	G	F	W	Q	E	F	R	D	R	T	K	A	I	N	P	.	E	A	Y	I	V	G	E	V	W	G	D	S	R	Q	W	L	D	G	.	.	.	.	.	T	Q	F	D	G	V	M	N	Y	L	F	A
Template Known Secondary structure												.			T								S	T	T	S				T	T														T	.	T									S			G	G	G		S	S	.	.	.	.	.	S	S		S
Template Predicted Secondary structure												.																																		.																			.	.	.	.	.
Template SS confidence
		191	.	.	.	.	.	.	.	.	200		.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.		.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.						.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.
		294	.	.	.	.	.	300	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	K	F	H	E	A	S	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	P	T	I	A	F	A	A	G	D	R	V	V	L	E	Q	V	Q	S	R	D	Y	Q	P	Y	P	P	L	F	A	A	E	Y	A	T	K	I	Q	E	V	L	Q	L	Y	P	W	E	I	Q	L	T	Q	L	N	L	L	A	S	H	D	T	A	R	L	M	T	I	A	G	G	D	I	A	S	V	E	L	S	T	L
Template Known Secondary structure									T	G	G	G			S	S	S			T	T	T					S																T	S	S						T	T					S			T	T	S							T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		264	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.
		353	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.																					.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.																					.	.	.
Query Sequence		A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	.	.	.	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G
Query Conservation																																					.	.	.																					.	.	.
Alig confidence		.	.																																		.	.	.																					.	.	.
Template Conservation		.	.
Template Sequence		.	.	L	L	L	T	F	P	G	A	P	S	I	Y	Y	G	D	E	V	G	L	P	G	G	I	D	P	D	S	R	R	G	F	P	E	A	N	W	N	Q	E	I	F	N	T	H	R	Q	L	I	T	I	R	Q	T	Y	P	A	L	R	T	G	D	Y	Q	V	L	Y	A	Q	G	Q	L	Y	L	F	A	R	T	L
Template Known Secondary structure		.	.			T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T					S	S	S	S	S																												T					S									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.
Template SS confidence
				344	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.
		427	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.			.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure																																																	.	.
Query SS confidence																																																	.	.
Query Sequence		T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	.	.	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V
Query Conservation																																																	.	.
Alig confidence					.	.	.																																										.	.
Template Conservation					.	.	.
Template Sequence		G	T	E	.	.	.	E	L	I	I	A	I	N	A	G	T	S	S	A	T	A	N	V	D	V	A	S	L	H	T	Q	P	N	K	L	L	Y	G	T	A	E	A	E	W	N	G	E	E	G	T	Q	Q	L	S	L	T	L	P	A	R	S	G	C	I	L	G
Template Known Secondary structure		T	T		.	.	.									S	S	S										S		S	S								S										S	T	T									S	S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.
Template SS confidence
		423	.	.				.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.