Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 32 Aligned Residues 416 % Identity 19% Template c2d0gA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase i; PDBTitle: crystal structure of thermoactinomyces vulgaris r-47 alpha-2 amylase 1 (tvai) mutant d356n/e396q complexed with p5, a3 pullulan model oligosaccharide Resolution 2.60 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.		.	.	.	.	.	.	40
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query SS confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	.	I	G	I	N	M	V	W
Query Conservation																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	.
Template Conservation
Template Sequence		K	N	G	V	M	Y	Q	I	F	P	D	R	F	Y	N	G	D	S	S	N	D	V	Q	T	G	S	Y	T	Y	N	G	T	P	T	E	K	K	A	W	G	S	S	V	Y	A	D	P	G	Y	D	N	S	L	V	F	F	G	G	D	L	A	G	I	D	Q	K	L	G	Y	I	K	K	T	L	G	A	N	I	L	Y
Template Known Secondary structure											G	G	G	T			S		G	G	G				T	T	S		B	S	S	S		B						T	T	S			S			T	T	S		G	G	G													T						T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		131	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210
		41	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.					.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																								.	.	.	.
Query SS confidence																																																								.	.	.	.
Query Sequence		L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	.	.	.	.	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R
Query Conservation																																																								.	.	.	.
Alig confidence											.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.	.														.	.
Template Conservation											.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template Sequence		L	N	P	I	F	K	A	P	T	.	.	.	N	H	K	Y	D	T	Q	D	Y	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	V	D	P	A	F	G	D	N	S	T	L	Q	T	L	I	N	D	I	H	S	T	A	N	G	P	K	G	Y	L	I	L	D	G	V	F	N	H	T	G	.	.	D	S	H	P	W	F	D
Template Known Secondary structure			S						S	S	.	.	.	S	S			S		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	T																S	S	S	S	S											S	B			.	.	T	T	S	T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.
Template SS confidence
		211	.	.	.	.	.	.	.	.				220	.	.	.	.	.	.	.	.	.										230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.			270	.	.	.	.	.	.
		117	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	Y	N	N	F	S	S	Q	G	A	Y	E	S	Q	S	S	P	W	Y	N	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	F	Y	T	W	P	D	S	Y	A	S	F
Template Known Secondary structure		T	T			S	S	S			T	T	T		T	T		T	T	G	G	G	B	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		277	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.																																															.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310
		197	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.			210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.						.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.												.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	.	.	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	.	.	.	.	.	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K
Query Conservation															.	.													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.													.	.	.	.	.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																.
Template Conservation																																																																																	.
Template Sequence		L	G	F	N	S	L	P	K	L	N	Y	G	N	S	G	S	A	V	R	G	V	I	Y	N	N	S	N	S	V	A	K	T	Y	L	N	P	P	Y	S	V	D	G	W	R	L	N	A	A	Q	Y	V	D	A	N	G	N	N	G	S	D	V	T	N	H	Q	I	W	S	E	F	R	N	A	V	K	G	V	N	S	.
Template Known Secondary structure		T	T						B	B				S	T	T								T	T	S	T	T	S							S	T	T	T								T	T	G	G	G			S	T	T				S	S																			T	.
Template Predicted Secondary structure																																																																																	.
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.														.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V
Query Conservation																																																	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																				.	.	.	.																										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.
Template Sequence		N	A	A	I	I	G	Q	Y	W	G	N	A	N	P	W	T	A	Q	.	.	.	.	G	N	Q	W	D	A	A	T	N	F	D	G	F	T	Q	P	V	S	E	W	I	T	G	K	D	Y	Q	N	N	S	A	S	I	S	T	T	Q	F	D	S	W	L	R	G	T	R	A	N	Y	P	T	N	V	Q	Q	S	M	M
Template Known Secondary structure		T								S	S			G	G	G	T	T	T	.	.	.	.	S	S	S		S			B		T	T	T	T										S	B		T	T	S		B																	T	T	S						T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.
Template SS confidence
		390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.					.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.
		326	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.						.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400
Predicted Secondary structure																																																																.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																.	.	.	.	.
Query Sequence		T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	.	.	.	.	.	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L
Query Conservation																																																																.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.																																												.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.
Template Sequence		N	F	L	S	N	H	D	I	T	R	F	A	T	R	S	G	G	.	.	D	L	W	K	T	Y	L	A	L	I	F	Q	M	T	Y	V	G	T	P	T	I	Y	Y	G	D	E	Y	G	M	Q	G	G	A	D	P	D	N	R	R	S	F	D	W	S	Q	A	T	P	S	N	S	A	V	A	L	T	Q	K	L	I	T
Template Known Secondary structure				S			T	T	S							T	T	T	.	.													T	T	S	S	S						T	T	T	T	T	T					S	T	T	T	T	S					T	T	T	S	S	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																			.	.
Template SS confidence
		466	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.			.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.
		401	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.			.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.					.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure									.	.	.									.	.																																							.	.	.	.
Query SS confidence									.	.	.									.	.																																							.	.	.	.
Query Sequence		A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	.	.	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	.	.	.	.	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T
Query Conservation									.	.	.									.	.																																							.	.	.	.
Alig confidence									.	.	.									.	.															.	.	.																						.	.	.	.																	.	.
Template Conservation																																				.	.	.																																										.	.
Template Sequence		I	R	N	Q	Y	P	A	L	R	T	G	S	F	M	T	L	I	T	D	D	T	N	K	I	Y	S	Y	G	R	F	D	N	V	N	.	.	.	R	I	A	V	V	L	N	N	D	S	V	S	H	T	V	N	V	P	V	W	Q	L	S	M	P	N	G	S	T	V	T	D	K	I	T	G	H	S	Y	T	V	.	.
Template Known Secondary structure												S									T	T	T	T									S	S		.	.	.									S	S	S								G	G	G	G	T			T	T						T	T	T							.	.
Template Predicted Secondary structure																																				.	.	.																																										.	.
Template SS confidence
		544	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.				.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V
Query Conservation
Alig confidence		.
Template Conservation		.
Template Sequence		.	Q	N	G	M	V	T	V	A	V	D	G	H	Y	G	A	V	L	A
Template Known Secondary structure		.	B	T	T	B							T	T
Template Predicted Secondary structure		.
Template SS confidence
			619	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.