Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 41 Aligned Residues 426 % Identity 20% Template c1wzaA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase a; PDBTitle: crystal structure of alpha-amylase from h.orenii Resolution 1.60 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.					.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.									.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	.	.	.	.	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	.	.	.	.	.	.	.	.	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q
Query Conservation																			.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.															.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		K	H	G	T	Y	Y	E	I	F	V	R	S	F	Y	D	S	D	G	D	G	I	G	D	L	K	G	I	I	E	K	L	D	Y	L	N	D	G	D	P	E	T	I	A	D	L	G	V	N	G	I	W	L	M	P	I	F	K	S	P	S	.	.	.	Y	H	G	Y	D	V	T	D	Y	Y	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure											G	G	G	S			S	S	S	S	S										T							S		T	T			S	S				S											S	S	.	.	.	S	S			S		S				.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																														.	.	.											.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.				90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q
Query Conservation
Alig confidence		.	.																																					.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.																																					.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	K	I	N	P	D	Y	G	T	L	E	D	F	H	K	L	V	E	A	A	H	Q	R	G	I	K	V	I	I	D	L	P	I	N	H	T	S	.	.	E	R	H	P	W	F	L	K	A	S	R	D	K	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.				G	G	G																T	T										S	B			.	.	T	T	S								T		T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.																																					.	.															.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
				100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.			.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	E	Y	R	D	Y	Y	V	W	A	G	P	D	T	D	T	K	E	T	K	L	D	G	G	R	V	W	H	Y	S	P	T	G	M	Y	Y	G	Y	F	W	S	G	M	P	D	L	N	Y	N	N	P	E	V	Q	E	K	V	I	G	I	A	K	Y	W	L	.	K	Q	G	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	G	G	G	B		B			S						B		S	S	S		B		S					T	T						S	S		T	T	S		B	B		T	T	S																.		T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																																		.
Template SS confidence
												150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.		.	.	.	.
		230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240									.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	.	.	.	.	.	.	.	.	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.																.	.																						.	.	.
Template Conservation																																				.	.																						.	.	.
Template Sequence		D	G	F	R	L	D	G	A	M	H	I	F	P	P	A	Q	Y	D	K	N	F	T	W	W	E	K	F	R	Q	E	I	E	E	V	.	.	K	P	V	Y	L	V	G	E	V	W	D	I	S	E	T	V	A	P	Y	F	K	.	.	.	Y	G	F	D	S	T	F	N	F	K	L	A	E	A	V	I	A	T	A	K
Template Known Secondary structure											T	T	S		G	G	G	T	T														T	T	T	.	.	S										S						G	G	G	G	T	.	.	.	T	T		S			B
Template Predicted Secondary structure																																				.	.																						.	.	.
Template SS confidence
		219	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.			.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.				.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.
		302	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.							.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.
Query SS confidence															.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	.	.	.	.	.	.	T	L	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y
Query Conservation															.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.	.	.	.	.	.																													.	.
Template Conservation																																																	.	.
Template Sequence		A	G	F	P	F	G	F	N	K	K	A	K	H	I	Y	G	V	Y	D	R	E	V	G	F	G	N	Y	I	D	A	P	F	L	T	N	H	D	Q	N	R	I	L	D	Q	L	G	Q	.	.	D	R	N	K	A	R	V	A	A	S	I	Y	L	T	L	P	G	N	P	F	I	Y	Y	G	E	E	I	G	M	R	G
Template Known Secondary structure			T		S																		T		T	T	S				B		B	S			T	T	S							T	T	T	.	.													T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																																																	.	.
Template SS confidence
		294	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340			.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.
		376	.	.	.	380	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.
Predicted Secondary structure											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query SS confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Query Sequence		E	D	V	G	G	D	G	Q	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F
Query Conservation											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Alig confidence											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																								.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Q	G	P	H	E	V	I	R	E	P	F	Q	W	Y	N	G	S	G	E	G	E	T	Y	W	E	P	A	M	Y	N	D	G	F	T	S	V	E	Q	E	E	K	N	L	D	S	L	L	N	H	Y	R	R	L	I	H	F	R	N	E	N	P	V	F	Y	T	G	K	I	E	I	I	N	G	G	L	N	V	V	A	F
Template Known Secondary structure			S	S					T						S	S	S			T	T				S	S			T	T	T	T	T	T							T	T		T	T	S																T					S									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		372	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.
		423	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470		.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure																																																		.
Query SS confidence																																																		.
Query Sequence		S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	.	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E
Query Conservation																																																		.
Alig confidence									.	.	.																			.	.	.	.																	.
Template Conservation									.	.	.																			.	.	.	.
Template Sequence		R	R	Y	N	D	K	R	.	.	.	D	L	Y	V	Y	H	N	L	V	N	R	P	V	K	I	K	V	A	.	.	.	.	S	G	N	W	T	L	L	F	N	S	G	D	K	E	I	T	P	V	E	D	N	N	K	L	M	Y	T	I	P	A	Y	T	T	I	V	L	E	K	E
Template Known Secondary structure						S	S		.	.	.									S	S	S								.	.	.	.	S	S								S	S	S	S								S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure									.	.	.																			.	.	.	.
Template SS confidence
		452	.	.	.	.	.	.				.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.					.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.