Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 16 Aligned Residues 446 % Identity 17% Template c1qhoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-amylase; PDBTitle: five-domain alpha-amylase from bacillus stearothermophilus,2 maltose/acarbose complex Resolution 1.70 Å

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		1	.	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.							.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		M	R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	.	.	.	.	.	.	S
Query Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	K	G	D	V	I	Y	Q	I	I	I	D	R	F	Y	D	G	D	T	T	N	N	N	P	A	K	S	Y	G	L	Y	D	P	T	K	S	K	W	K	M	Y	W	G	G	D	L	E	G	V	R	Q	K	L	P	Y	L	K	Q	L	G	V	T	T	I	W	L	S	P	V	L	D	N	L	D	T	L	A	G	T	D
Template Known Secondary structure			T	T								G	G	G	T			S		G	G	G	S	S		G	G	G	T	T		B		T	T	S		S	T	T	S	B											T								T														S	S		S	S	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		6	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.
		50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D
Query Conservation
Alig confidence															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		N	T	G	Y	H	G	Y	W	T	R	D	F	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	I	E	E	H	F	G	N	W	T	T	F	D	T	L	V	N	D	A	H	Q	N	G	I	K	V	I	V	D	F	V	P	N	H	S	T	P	F	K	A	N	D	S	T	F	A	E	G	G	A	L	Y	N	N	G	T	Y	M
Template Known Secondary structure					T	T	S		S						.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T	T																T	T									T	T						B	T	T	B	T	T	S	T	T	T	T					T	T
Template Predicted Secondary structure															.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		86	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.										.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.
		130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N
Query Conservation
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	N	Y	F	D	D	A	T	K	G	Y	F	H	H	N	G	D	I	S	N	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	R	Y	E	A	Q	W	K	N	F	T	D	P	A	G	F	S	L	A	D	L	S	Q	E	N
Template Known Secondary structure				S	S	S		T	T	T			B			S		B		S		T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T								S	B				T	T	T						B		T	T	S
Template Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		157	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.																																		.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.
		210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.				.	.	280	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.
Query SS confidence																																																																						.	.	.
Query Sequence		H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	.	.	.	I	D	Q	V	E	G	K	T	M
Query Conservation																																																																						.	.	.
Alig confidence																		.																																.	.																			.	.	.
Template Conservation																		.																																.	.
Template Sequence		G	T	I	A	Q	Y	L	T	D	A	A	V	Q	L	V	A	.	H	G	A	D	G	L	R	I	D	A	V	K	H	F	N	S	G	F	S	K	S	L	A	D	K	L	Y	Q	K	K	D	.	.	I	F	L	V	G	E	W	Y	G	D	D	P	G	T	A	N	H	L	E	K	V	R	Y	A	N	N	S	G	V	N
Template Known Secondary structure																		.	T	T							T	T	G	G	G	S																		.	.												T	T	S	T	T											S	S
Template Predicted Secondary structure																		.																																.	.
Template SS confidence
		204	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.		220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250			.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280
		287	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300			.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.
Predicted Secondary structure																.	.																				.
Query SS confidence																.	.																				.
Query Sequence		L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	.	.	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	.	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P
Query Conservation																.	.																				.
Alig confidence																.	.																				.																																	.	.	.
Template Conservation																																																																						.	.	.
Template Sequence		V	L	D	F	D	L	N	T	V	I	R	N	V	F	G	T	F	T	Q	T	M	Y	D	L	N	N	M	V	N	Q	T	G	N	E	Y	K	Y	K	E	N	L	I	T	F	I	D	N	H	D	M	S	R	F	L	S	V	N	S	N	K	A	N	L	H	Q	A	L	A	.	.	.	F	I	L	T	S	R	G	T	P
Template Known Secondary structure			B													T	S		S	S																	T	T	G	G	G					S			T	T	S																			.	.	.					S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																						.	.	.
Template SS confidence
		281	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.				.	350	.	.	.	.	.	.	.
		364	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.				.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.				.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																										.	.	.																					.	.	.
Query SS confidence																										.	.	.																					.	.	.
Query Sequence		S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	.	.	.	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	.	.	.	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M
Query Conservation																										.	.	.																					.	.	.
Alig confidence																										.	.	.																					.	.	.																							.
Template Conservation																																																																										.
Template Sequence		S	I	Y	Y	G	T	E	Q	Y	M	A	G	G	N	D	P	Y	N	R	G	M	M	P	A	F	D	T	T	T	T	A	F	K	E	V	S	T	L	A	G	L	R	R	N	N	A	A	I	Q	Y	G	T	T	T	Q	R	W	I	N	N	D	V	Y	I	Y	E	R	K	F	F	N	D	.	V	V	L	V	A	I	N
Template Known Secondary structure					T	T	G	G	G	T					S	T	T	T	T									T	T	S																															S	S									T	T		.
Template Predicted Secondary structure																																																																										.
Template SS confidence
		358	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.		430	.	.	.	.	.	.
		438	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.			.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.
Query SS confidence																														.	.
Query Sequence		S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	.	.	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E	E	V	I
Query Conservation																														.	.
Alig confidence																														.	.
Template Conservation
Template Sequence		R	N	T	Q	S	S	Y	S	I	S	G	L	Q	T	A	L	P	N	G	S	Y	A	D	Y	L	S	G	L	L	G	G	N	G	I	S	V	S	N	G	S	V	A	S	F	T	L	A	P	G	A	V	S	V	W	Q	Y	S	T	S	A
Template Known Secondary structure				T	T							S		B			S		S						T	T	T	T	T	T	S								T	T									T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		437	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.