Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 6 Aligned Residues 411 % Identity 28% Template c1mwoA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha amylase; PDBTitle: crystal structure analysis of the hyperthermostable2 pyrocoocus woesei alpha-amylase Resolution 2.20 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		E	G	G	V	I	M	Q	A	F	Y	W	D	V	P	G	G	G	I	W	W	D	H	I	R	S	K	I	P	E	W	Y	E	A	G	I	S	A	I	W	L	P	P	P	S	K	G	M	S	G	G	Y	S	M	G	Y	D	P	Y	D	Y	F	D	L	G	E	Y	Y	Q	K	G	T	V	E	T	R	F	G	S	K	E
Template Known Secondary structure		G	T									T	T				S	S																	T										S			T	T	G	G	G			S	S	S				T	T		S	S		S		B	T	T	B	S	S		S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		8	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.
		82	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S
Query Conservation
Alig confidence																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	L	V	R	L	I	Q	T	A	H	A	Y	G	I	K	V	I	A	D	V	V	I	N	H	R	A	G	G	D	L	E	W	N	P	F	V	G	D	Y	T	W	T	D	F	S	K	V	A	S	G	K	Y	T	A	N	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure													T	T										S	B										T	T	T	T								T	T		T	T		S	S				G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		88	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.
		162	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.				.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																									.	.	.
Query SS confidence																																																									.	.	.
Query Sequence		G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	.	.	.	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K
Query Conservation																																																									.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	F	H	P	N	E	L	H	C	C	D	E	G	T	F	G	G	F	P	D	I	C	H	H	K	E	W	D	Q	Y	W	L	W	K	S	N	E	S	Y	A	A	Y	L	R	S	I	G	F	D	G	W	R	F	D	Y	V	K
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G	B	S	S	S	S	S		S			S				T	T			B	B		T	T	S								T	S	S	T	T	S								T	T							T	T	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																									145	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																																.	.
Query SS confidence																																																																																.	.
Query Sequence		H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	.	.
Query Conservation																																																																																.	.
Alig confidence																		.	.	.	.	.	.																								.	.																																.	.
Template Conservation																		.	.	.	.	.	.																								.	.
Template Sequence		G	Y	G	A	W	V	V	R	D	W	L	N	W	W	G	G	.	.	.	.	.	.	W	A	V	G	E	Y	W	D	T	N	V	D	A	L	L	S	W	A	Y	E	S	G	A	.	.	K	V	F	D	F	P	L	Y	Y	K	M	D	E	A	F	D	N	N	N	I	P	A	L	V	Y	A	L	Q	N	G	Q	T	V
Template Known Secondary structure		G	S															.	.	.	.	.	.									S													T		.	.																T	T	T											T	T		S
Template Predicted Secondary structure																		.	.	.	.	.	.																								.	.
Template SS confidence
		202	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.							.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240			.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.
		317	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D
Query Conservation
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	R	D	P	F	K	A	V	T	F	V	A	N	H	D	T	D	I	I	W	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	Y	P	A	Y	A	F	.	I	L	T	Y	E	G	Q	P	V	I	F	Y	R	D	F	E	E	W	L	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	D	K	L	I
Template Known Secondary structure						T	T	S					S			S	S					S		.	.	.	.	.	.	.	.	.								.				S	S	S											T	T	S		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.								.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		274	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.										.	.	.	.	300	.	.		.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.																	.	.	.	.	.
		397	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.			470	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.
Query SS confidence																																																																											.	.
Query Sequence		E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	.	.	V	T	D	E	N
Query Conservation																																																																											.	.
Alig confidence																																																																											.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	L	I	W	I	H	D	H	L	A	G	G	S	T	T	I	V	Y	Y	D	N	D	E	L	I	F	V	R	N	G	D	S	R	R	P	G	L	I	T	Y	I	N	L	S	P	N	W	V	G	R	W	V	Y	V	P	K	F	A	G	A	C	I	H	E	Y	T	G	N	L	G	G	W	V	D	K	R	V	D	S	S
Template Known Secondary structure										T			S									S	S										S	S											S	S	S									G	G	G	T	T						S	S		T	T	S	S								T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		328	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.
		475	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.								.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	V	S	V	W	V	I	E
Query Conservation													.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	W	V	Y	L	E	A	P	P	H	D	P	A	N	G	Y	Y	G	Y	S	V	W	S	Y	C
Template Known Secondary structure													G	G	G	T			S							T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		408	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.