Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 35 Aligned Residues 401 % Identity 18% Template c1m7xC_ PDB info PDB header:transferase Chain: C: PDB Molecule:1,4-alpha-glucan branching enzyme; PDBTitle: the x-ray crystallographic structure of branching enzyme Resolution 2.30 Å

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		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.						.	20	.	.	.	.	.	.	.	.		.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.											.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.											.
Query Sequence		R	N	P	T	L	L	Q	C	F	H	W	Y	Y	P	E	G	G	.	.	.	.	.	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	.	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T
Query Conservation																			.	.	.	.	.											.
Alig confidence																			.	.	.	.	.											.																								.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		A	P	I	S	I	Y	E	V	H	L	G	S	W	R	R	H	T	D	N	N	F	W	L	S	Y	R	E	L	A	D	Q	L	V	P	Y	A	K	W	M	G	F	T	H	L	E	L	L	P	I	N	E	H	P	F	D	G	.	S	W	G	Y	Q	P	T	G	L	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	P	T	R
Template Known Secondary structure		S									G	G	G	S				T	T	T																				T	T													S		S	T	.	T	T	T	S	S		S				.	.	.	.	.	.	.	.	.				T
Template Predicted Secondary structure																																																										.											.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		241	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.		.	.	.	300	.	.	.	.	.	.										.	.	.	310
		76	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W
Query Conservation
Alig confidence																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	F	G	T	R	D	D	F	R	Y	F	I	D	A	A	H	A	A	G	L	N	V	I	L	D	W	V	P	G	H	F	P	T	D	D	F	A	L	A	E	F	D	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		T	S																T	T									S	S	S				S	T	T	S	S	T	T	G	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		311	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.
		156	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	N	L	Y	E	H	S	L	I	Y	N	Y	G	R	R	E	V	S	N	F	L	V	G	N	A	L	Y	W	I	E	R	F	G	I	D	A	L	R	V	D
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	S									S																	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																																										354	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.
		236	.	.	.	240								.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence							.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		A	V	K	H	I	.	.	.	.	.	.	.	P	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M
Query Conservation							.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																															.
Template Sequence		A	V	A	S	M	I	Y	R	E	N	L	E	A	I	E	F	L	R	N	T	N	R	I	L	G	E	Q	V	S	.	G	A	V	T	M	A	E	E	S	T	D	F	P	G	V	S	R	P	Q	D	M	G	G	L	G	F	W	Y	K	W	N	L	G	W	M	H	D	T	L	D	Y	M	K	L	D	P	V	Y	R	Q
Template Known Secondary structure																													S	T	.	T								S	S			T	T	T	T	B		T	T	T	T	S	B			S																	S		T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure																															.
Template SS confidence
		406	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.		.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.
		309	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.								340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380
Predicted Secondary structure													.																					.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence													.																					.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A	.	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	.	.	.	.	.	.	.	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G
Query Conservation													.																					.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence													.																					.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		Y	H	H	D	K	L	T	F	G	I	L	Y	N	Y	T	E	N	F	V	L	P	L	S	H	D	E	V	V	H	G	K	K	S	I	L	D	R	M	P	G	D	A	W	Q	K	F	A	N	L	R	A	Y	Y	G	W	M	W	A	F	P	G	K	K	L	L	F	M	G	N	E	F	A	Q	G	R	E	W	N	H	D
Template Known Secondary structure		T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	T	S	G	G	G	S								G	G	G	S	S	T	T				T	T	T	T			S	S																T	T	S	S	S						T	T	G	G	G	T		S	S				T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		502	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.
		381	.	.	.	.	.								.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.												.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.
Predicted Secondary structure								.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence								.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	G	Q	T	Y	P	.	.	.	.	.	.	.	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D
Query Conservation								.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence								.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.
Template Conservation																																																																							.
Template Sequence		A	S	L	D	W	H	L	L	E	G	G	D	N	W	H	H	G	V	Q	R	L	V	R	D	L	N	L	T	Y	R	H	H	K	A	M	H	E	L	D	F	D	P	Y	G	F	E	W	L	V	V	D	D	K	E	R	S	V	L	I	F	V	R	R	D	K	E	G	N	E	.	I	I	V	A	S	N	F	T	P	V
Template Known Secondary structure		S				T	T	T	T		S	S																			T	T		S	T	T	T	S	S	S	S	S	G	G	G						S			T	T	T	T									T	T	S			.								S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																							.
Template SS confidence
		582	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650		.	.	.	.	.	.	.	.	.	660
		443	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence															.								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation															.
Template Sequence		P	R	H	D	Y	R	F	G	I	N	Q	P	G	.	K	W	R	E	I	L	N	T	D	S	M	H	Y	H	G	S	N	A	G	N	G	G	T	V	H	S	D	E	I	A	S	H	G	R	Q	H	S	L	S	L	T	L	P	P	L	A	T	I	W	L	V	R	E
Template Known Secondary structure									B		S	S		S	.								T	T	S	T	G	G	G					S			S					B				B	T	T	B	S	S	B							T	T
Template Predicted Secondary structure															.
Template SS confidence
		661	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.		.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.