Job Description P26612 Confidence 97.24% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 152 Aligned Residues 333 % Identity 13% Template c1ktbA_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:alpha-n-acetylgalactosaminidase; PDBTitle: the structure of alpha-n-acetylgalactosaminidase Resolution 1.90 Å

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		15	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.						.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.
Query SS confidence																			.	.	.	.	.
Query Sequence		P	E	G	G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	.	.	.	.	.	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A
Query Conservation																			.	.	.	.	.
Alig confidence																			.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Template Conservation																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Template Sequence		P	R	Q	C	I	S	E	M	L	F	M	E	M	A	D	R	I	A	E	D	G	W	R	E	L	G	Y	K	Y	I	N	I	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	D	C	W	A	A	K	Q	R	D	A	E	G	R	L	V	P	D	P	E	R	F	P	R	.	.	.	.	.	G	I	K	A	L	A	D	Y
Template Known Secondary structure		T	T	T	S	S	S														S	S					T							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S	S		B		S	S			T	T	S				B		T	T	T		T	T	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																									.	.	.	.	.
Template SS confidence
		29	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60												.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.						.	.	.	.	.	90	.	.
		90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C	F	S	G	I	D	H	I	E	N	P
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	H	A	R	G	L	K	L	G	I	Y	G	D	L	G	R	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure				T	T	T									B	S	S	B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110
		170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H	I	P	A	W	F	Y	K	E	W	I
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	C	G	G	Y	P	G	T	T	L	D	R	V	E	Q	D	A	Q	T	F	A	E	W	.	G	V	D	M	L	K	L	D	G	C	Y	S	S	G	K	E	Q	A	Q	G	Y	P
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	T	S	S	B		B		G	G	G												.	T									T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																							.
Template SS confidence
																																					111	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.		.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.
		250	.	.	.			.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.									.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence						.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	H	V	Q	.	.	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F	D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	.	.	.	.	.	.	.	.	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	V	E	A
Query Conservation						.	.																																																				.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.	.													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	M	A	R	A	L	N	A	T	G	R	P	I	V	Y	S	C	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	P	A	Y	Q	G	G	L	P	P	K	V	N	Y	T	L	L	G	E	I	C	N	L	W	R	N	Y	D	D	I	Q	D	S	W	D	S	V	L	S	I	V	D	W	F	F	T	N	Q	D	V	L
Template Known Secondary structure										T	T	S								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.					T	T	S	S	T	T	T											S					S					S	S														T	G	G	G	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		155	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.												.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.
		320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.			.	.
Predicted Secondary structure																																																																														.	.
Query SS confidence																																																																														.	.
Query Sequence		D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	D	G	Q	T	Y	P	I	D	M	P	I	I	E	Q	L	.	.	D	E
Query Conservation																																																																														.	.
Alig confidence																																						.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.
Template Conservation																																						.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	P	F	A	G	P	G	H	W	N	D	P	D	M	L	I	I	G	N	F	G	L	S	Y	E	Q	S	R	S	Q	M	A	L	W	T	I	.	.	.	.	M	A	A	P	L	L	M	S	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	L	R	T	I	S	P	S	A	K	K	I	L	Q	N	R	L
Template Known Secondary structure		G	G	G		B	T	T	B							B		T	T	S	S	S																.	.	.	.	T	T							S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	T										T
Template Predicted Secondary structure																																						.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		224	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.					260	.	.	.	.	.	.	.	.															.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.
		398	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.							.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.
Predicted Secondary structure																																																													.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																													.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L	G	E	N	Y	G	N	K	.	.	.	.	.	.	T	W	R	D	F	L	G	N	R	Q	E	R	V	V	T
Query Conservation																																																													.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																													.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		M	I	Q	I	N	Q	D	P	L	G	I	Q	G	R	R	I	I	K	E	G	S	H	I	E	V	F	L	R	P	L	S	Q	A	A	S	A	L	V	F	F	S	R	R	T	D	M	P	F	R	Y	T	T	S	L	A	K	L	G	F	P	M	G	A	A	Y	E	V	Q	D	V	Y	S	G	K	I	I	S	G	L	K
Template Known Secondary structure							T		T	T											T	T	S									S	T	T											S	S	S												T			T	T								T	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		286	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.
		472	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I
Query Conservation
Alig confidence				.
Template Conservation				.
Template Sequence		T	G	.	D	N	F	T	V	I	I	N	P	S	G	V	V	M	W	Y	L
Template Known Secondary structure		T	T	.	S								T	T
Template Predicted Secondary structure				.
Template SS confidence
		366	.		.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.