Job Description P26612 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:42:59 GMT 2012 Rank 39 Aligned Residues 411 % Identity 16% Template c1bf2A_ PDB info PDB header:hydrolase Chain: A: PDB Molecule:isoamylase; PDBTitle: structure of pseudomonas isoamylase Resolution 2.00 Å

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		18	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.												.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	K	L	W	P	E	L	A	E	R	A	D	G	F	N	D	I	G	I	N	M	V	W	L	P	P	A	Y	K	G	A	S	G	G	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	V	G	Y	D	S	Y	D	L	F	D	L	G	E	F	D	Q	K	G	S	I	P	T	K	Y	G	D	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																												.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	T	Y	Y	G	A	G	L	K	A	S	Y	L	A	S	L	G	V	T	A	V	E	F	L	P	V	Q	E	T	Q	N	D	A	N	D	V	V	P	N	S	D	A	N	Q	N	Y	W	G	Y	M	T	E	N	Y	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	P	D	R	R	Y	A	Y	N	K	A	A	G	G	P
Template Known Secondary structure		T	T	S							T								T							S			B		B	S		T	T	T	T	S	S	T	T			T	T				S				B	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.		B		G	G	G		S			S	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																										.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		201	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.										.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.
		80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	Q	L	L	A	A	I	D	A	L	K	R	N	D	I	A	V	L	L	D	V	V	V	N	H	K	M	G	A	D	E	K	E	A	I	R	V	Q	R	V	N	A	D	D	R	T	Q	I	D	E	E	I	I	E	C	E	G	W	T	R	Y	T	F	P	A	R	A	G	Q	Y	S	Q	F	I	W	D	F	K	C
Query Conservation
Alig confidence																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		T	A	E	F	Q	A	M	V	Q	A	F	H	N	A	G	I	K	V	Y	M	D	V	V	Y	N	H	T	A	E	G	G	T	W	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure															T	T										S	S		T	T		S	B	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		272	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.
		160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	S	G	I	D	H	I	E	N	P	D	E	D	G	I	F	K	I	V	N	D	Y	T	G	E	G	W	N	D	Q	V	D	D	E	L	G	N	F	D	Y	L	M	G	E	N	I	D	F	R	N	H	A	V	T	E	E	I	K	Y	W	A	R	W	V	M	E	Q	T	Q	C	D	G	F	R	L	D	A	V	K	H
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	T	S	S	D	P	T	T	A	T	I	Y	S	W	R	G	L	D	N	A	T	Y	Y	E	L	T	S	G	N	Q	Y	F	Y	D	N	T	G	I	G	A	N	F	N	T	Y	N	T	V	A	Q	N	L	I	V	D	S	L	A	Y	W	A	N	T	M	G	V	D	G	F	R	F	D	L	A	S	V
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	S	S	S		S	S		B	B		S	S										B		B		T	T	S	S	S	B			S	S	S	S	S			B		T	T	S																	T	S								T	T	G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.
Template SS confidence
							305	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		240	.																																.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		I	P	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	A	W	F	Y	K	E	W	I	E	H	V	Q	E	V	A	P	K	P	L	F	I	V	A	E	Y	W	S	H	E	V	D	K	L	Q	T	Y	I	D	Q	V	E	G	K	T	M	L	F
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													.																							.	.
Template Conservation																																															.																							.	.
Template Sequence		L	G	N	S	C	L	N	G	A	Y	T	A	S	A	P	N	C	P	N	G	G	Y	N	F	D	A	A	D	S	N	V	A	I	N	R	I	L	R	E	F	T	V	R	P	A	.	A	G	G	S	G	L	D	L	F	A	E	P	W	A	I	G	G	N	S	Y	Q	L	.	.	G	G	F	P	Q	G	W	S	E	W
Template Known Secondary structure		G	G	B			S	S	S	S			T	T	S	T	T		T	T		S			B		T	T		T	T	S									S		B			T	.	T			S	S	B									S	S	T	T				T	.	.	T		S		T	T
Template Predicted Secondary structure																																															.																							.	.
Template SS confidence
		380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.		.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.			.	.	.	450	.	.	.	.	.	.
		289	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.											.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		D	A	P	L	Q	M	K	F	H	E	A	S	R	M	G	R	D	Y	D	M	T	Q	I	F	T	G	T	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	E	A	D	P	F	H	A	V	T	L	V	A	N	H	D	T	Q	P	L	Q	A	L	E	A	P	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	G	L	F	R	D	S	L	R	Q	A	Q	N	E	L	G	S	M	T	I	Y	V	T	Q	D	A	N	D	F	S	G	S	S	N	L	F	Q	S	S	G	R	S	P	W	N	S	I	N	F	I	D	V	H	D	G	M	T	L	K	D	V	Y	S	C	N	G	A	N	N	S	Q	A	W	P	Y	G	P	S	D	G
Template Known Secondary structure																B	T	T	B												T	T						G	G	G	T			G	G	G					S			S	S	S							T	T		S	S							T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		457	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.
																							345	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380												.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	W	F	K	P	L	A	Y	A	L	I	L	L	R	E	N	G	V	P	S	V	F	Y	P	D	L	Y	G	A	H	Y	E	D	V	G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	G	Q	T	Y	P	I	D	M	P	I	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	T	S	T	N	Y	S	W	D	Q	G	M	S	A	G	T	G	A	A	V	D	Q	R	R	A	A	R	T	G	M	A	F	E	M	L	S	A	G	T	P	L	M	Q	G	G	D	E	Y	L	R	T	L	Q	C	N	N	N	A	Y	N	L	D	S	S	A	N	W	L	T	Y	S	W	T	T	D	Q	S	N	F	Y
Template Known Secondary structure				S							T	T	T	T	T	T	S																				S	S	S						T	T	G	G	G	T				T	T		S			T	T			S	T	T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		537	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.
		393	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.																							.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.		.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query SS confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Query Sequence		E	Q	L	D	E	L	I	L	A	R	Q	R	F	A	H	G	V	Q	T	L	F	F	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	D	H	P	N	C	I	A	F	S	R	S	G	T	D	.	E	F	P	G	C	V	V	V	M	S	N	G	D	D	G	E	K	T	I	H	L
Query Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Alig confidence																								.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.															.
Template Conservation
Template Sequence		T	F	A	Q	R	L	I	A	F	R	K	A	H	P	A	L	R	P	S	S	W	Y	S	G	S	Q	L	T	W	Y	Q	P	S	G	A	V	A	D	S	N	Y	W	N	N	T	S	N	Y	A	I	A	Y	A	I	N	G	P	S	L	G	D	S	N	S	I	Y	V	A	Y	N	G	W	S	S	S	V	T	F	T	L
Template Known Secondary structure															G	G	G	S		S	S				T	T	T						T	T	S	S	B							T		T	T										G	G	G	G	T		S	S									S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		617	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.
		450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.												.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
Predicted Secondary structure																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		G	E	N	Y	G	N	K	T	W	R	D	F	L	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	N	R	Q	E	R	V	V	T	D	E	N	G	E	A	T	F	F	C	N	G	G	S	V	S	V	W	V	I	E
Query Conservation																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		P	A	P	P	S	G	T	Q	W	Y	R	V	T	D	T	C	D	W	N	D	G	A	S	T	F	V	A	P	G	S	E	T	L	I	G	G	A	G	T	T	Y	G	Q	C	G	Q	S	L	L	L	L	I	S	K
Template Known Secondary structure					S	S	S	S									S	G	G	G		S	T	T	S	B			T	T							S	T	T							S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		697	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750