Job Description P17315 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:36:04 GMT 2012 Rank 5 Aligned Residues 636 % Identity 14% Template d1by5a_ SCOP info Transmembrane beta-barrels Porins Ligand-gated protein channel Resolution 2.60

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		21	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.			.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.			.
Predicted Secondary structure																																																																	.	.													.	.
Query SS confidence																																																																	.	.													.	.
Query Sequence		W	P	V	L	A	V	D	D	D	G	E	T	M	V	V	T	A	S	S	V	E	Q	N	L	K	D	A	P	A	S	I	S	V	I	T	Q	E	D	L	Q	R	K	P	V	Q	N	L	K	D	V	L	K	E	V	P	G	V	Q	L	T	N	E	G	.	.	D	N	R	K	G	V	S	I	R	G	L	D	.	.	S
Query Conservation																																																																	.	.													.	.
Alig confidence																																																																	.	.													.	.
Template Conservation
Template Sequence		S	A	W	G	P	A	A	T	I	A	A	R	Q	S	A	T	G	T	K	T	D	T	P	I	Q	K	V	P	Q	S	I	S	V	V	T	A	E	E	M	A	L	H	Q	P	K	S	V	K	E	A	L	S	Y	T	P	G	V	S	V	G	T	R	G	A	S	N	T	Y	D	H	L	I	I	R	G	F	A	A	E	G
Template Known Secondary structure			T	T	S			S	S	S	S					S	T	T	T	S	S				G	G	G		S	S																S	S					T	T	T		T	T					T	T	T	T			S	S						T	T	B			T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		97	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	Y	T	L	I	L	V	D	G	K	R	V	N	S	R	N	A	V	F	R	H	N	D	F	D	L	N	W	I	P	V	D	S	I	E	R	I	E	V	V	R	G	P	M	S	S	L	Y	G	S	D	A	L	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	I	G	Q	K	W	S	G	T	V	T	V	D	T	T	I	Q	E
Query Conservation
Alig confidence																				.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																				.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	S	Q	N	N	Y	L	N	G	L	K	L	Q	G	N	F	Y	N	.	.	.	.	.	.	.	D	A	V	I	D	P	Y	M	L	E	R	A	E	I	M	R	G	P	V	S	V	L	Y	G	K	S	S	P	G	G	L	L	N	M	V	S	K	R	P	T	T	E	P	L	K	E	V	Q	F	K	A	G	T	D	S
Template Known Secondary structure		S							T	T						B	T	T	B	.	.	.	.	.	.	.						G	G	G									S							S	S			T	T												S	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure																				.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.								.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.
		177	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	R	D	R	G	D	T	Y	N	G	Q	F	F	T	S	G	P	L	I	D	G	V	L	G	M	K	A	Y	G	S	L	A	K	R	E	K	D	D	P	Q	N	S	T	T	T	D	T	G	E	T	P	R	I	E	G	F	S	S	R	D	G	N	V	E	F	A	W	T	P	N	Q	N	H	D	F	T	A	G	Y	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		L	F	Q	T	G	F	D	F	S	D	S	L	D	D	D	G	V	Y	S	Y	R	L	T	G	L	A	R	S	A	N	A	Q	Q	K	G	S	E	E	Q	R	Y	A	I	A	P	A	F	T	W	R	P	D	D	K	T	N	F	T	F	L	S	Y	F	Q	N	E	P	E	T	G	Y	Y	G	W	L	P	K	E	G	T
Template Known Secondary structure													S	S	S	S	S	S															S	S	T	T																S	S	T	T																					B		S	B	T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		173	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.
		257	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		F	D	R	Q	D	R	D	S	D	S	L	D	K	N	R	L	E	R	Q	N	Y	S	V	S	H	N	G	R	W	D	Y	G	T	S	E	L	K	Y	Y	G	E	K	V	E	N	K	N	P	G	N	S	S	P	I	T	S	E	S	N	T	V	D	G	K	Y	T	L	P	L	T	A	I	N	Q	F	L	T	V	G	G
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		V	E	P	L	P	N	G	K	R	L	P	T	D	F	N	E	G	A	K	N	N	T	Y	S	R	N	E	K	M	V	G	Y	S	F	D	H	E	F	N	D	T	F	T	V	R	Q	N	L	R	F	A	E	N	K	T	S	Q	N	S	V	Y	G	Y	G	V	C	S	D	P	A	N	A	Y	S	K	Q	C	A	A	L
Template Known Secondary structure		T	B			T	T	S					T	T				S		T	T																			S	S	S																									T	T	S	G	G	G	T	T						T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		253	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.
		337	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		E	W	R	H	D	K	L	S	D	A	V	N	L	T	G	G	T	S	S	K	T	S	A	S	Q	Y	A	L	F	V	E	D	E	W	R	I	F	E	P	L	A	L	T	T	G	V	R	M	D	D	H	E	T	Y	G	E	H	W	S	P	R	A	Y	L	V	Y	N	A	T	D	T	V	T	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence																																																																											.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	P	A	D	K	G	H	Y	L	A	R	K	Y	V	V	D	D	E	K	L	Q	N	F	S	V	D	T	Q	L	Q	S	K	F	A	T	G	D	I	D	H	T	L	L	T	G	V	D	F	M	R	M	R	N	D	I	N	A	W	F	G	Y	D	D	S	V	P	L	L	N	L	Y	N	P	V	N	T	D	F	D	F
Template Known Secondary structure			G	G	G	G	G	S																													T	T																									T	T	S						S	S	S								S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		333	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.
																																						410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	V	K	G	G	W	A	T	A	F	K	A	P	S	L	L	Q	L	S	P	D	W	T	S	N	S	C	R	G	A	C	K	I	V	G	S	P	D	L	K	P	E	T	S	E
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	A	K	D	P	A	N	S	G	P	Y	R	I	L	N	K	Q	K	Q	T	G	V	Y	V	Q	D	Q	A	Q	W	D	K	V	L	V	T	L	G	G	R	Y	D	W	A	D	Q	E	S	L	N	R	V	A	G	T	T	D	K	R	D	D	K	Q	F	T	W	R	G	G	V	N	Y	L	F	D	N	G	V	T	P
Template Known Secondary structure		S				T	T	S																								T	T																			T	T	T																						T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		413	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.
		454	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	W	E	L	G	L	Y	Y	M	G	E	E	G	W	L	E	G	V	E	S	S	V	T	V	F	R	N	D	V	K	D	R	I	S	I	S	R	T	S	D	V	N	A	A	P	G	Y	Q	N	F	V	G	F	E	T	G	A	N	G	R	R	I	P	V	F	S	Y	Y	N	V	N	K	A	R	I	Q	G	V	E	T
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Y	F	S	Y	S	E	S	F	E	P	S	S	Q	V	G	K	D	G	N	I	F	A	P	S	K	G	K	Q	Y	E	V	G	V	K	Y	V	P	E	D	R	P	I	V	V	T	G	A	V	Y	N	L	T	K	T	N	N	L	M	A	D	P	E	G	S	F	F	S	V	E	G	G	E	I	R	A	R	G	V	E	I
Template Known Secondary structure															B		T	T	S		B																		S	S	S																					S	S			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		493	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		534	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.			.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.			.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																														.	.																							.	.
Query SS confidence																														.	.																							.	.
Query Sequence		E	L	K	I	P	F	N	D	E	W	K	L	S	I	N	Y	T	Y	N	D	G	R	D	V	S	N	G	E	.	.	N	K	P	L	S	D	L	P	F	H	T	A	N	G	T	L	D	W	K	P	L	A	.	.	L	E	D	W	S	F	Y	V	S	G	H	Y	T	G	Q	K	R	A	D	S	A	T	A	K	T	P
Query Conservation																														.	.																							.	.
Alig confidence																														.	.																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		E	A	K	R	P	L	S	A	S	V	N	V	V	G	S	Y	T	Y	T	D	A	E	Y	T	T	D	T	T	Y	K	G	N	T	P	A	Q	V	P	K	H	M	A	S	L	W	A	D	Y	T	F	F	D	G	P	L	S	G	L	T	L	G	T	G	G	R	Y	T	G	S	S	Y	G	D	P	A	N	S	F	K	V
Template Known Secondary structure							S	S	S	S																		T	T	T	T	T				T	T			S													S	S	T	T	T	T															S	S	T	T			S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		573	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.
		610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.					.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.					.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.
Predicted Secondary structure																		.	.	.	.																							.	.	.	.
Query SS confidence																		.	.	.	.																							.	.	.	.
Query Sequence		G	G	Y	T	I	W	N	T	G	A	A	W	Q	V	T	K	.	.	.	.	D	V	K	L	R	A	G	V	L	N	L	G	D	K	D	L	S	R	D	D	Y	S	.	.	.	.	Y	N	E	D	G	R	R	Y	F	M	A	V	D	Y	R	F
Query Conservation																		.	.	.	.																							.	.	.	.
Alig confidence																		.	.	.	.																							.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	S	Y	T	V	V	D	A	L	V	R	Y	D	L	A	R	V	G	M	A	G	S	N	V	A	L	H	V	N	N	L	F	D	R	E	Y	V	A	S	C	F	N	T	Y	G	C	F	W	G	A	E	R	Q	V	V	A	T	A	T	F	R	F
Template Known Secondary structure															T	T	T	T	T		T	T									S	T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		653	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.