Job Description P17315 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:36:04 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 570 % Identity 13% Template c3efmA_ PDB info PDB header:membrane protein Chain: A: PDB Molecule:ferric alcaligin siderophore receptor; PDBTitle: structure of the alcaligin outer membrane recepteur faua from2 bordetella pertussis Resolution 2.33 Å

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		19	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		C	A	W	P	V	L	A	V	D	D	D	G	E	T	M	V	V	T	A	S	S	V	E	Q	N	L	K	D	A	P	A	S	I	S	V	I	T	Q	E	D	L	Q	R	K	P	V	Q	N	L	K	D	V	L	K	E	V	P	G	V	Q	L	T	N	E	G	D	N	R	K	G	V	S	I	R	G	L	D	S	S	Y
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		I	S	D	L	T	E	G	T	N	A	Y	T	T	E	A	M	S	T	A	T	G	L	T	L	S	P	R	E	T	P	Q	S	V	S	V	V	T	R	Q	Q	I	E	D	Q	G	L	T	D	T	G	A	I	L	A	T	A	P	G	I	S	V	T	R	S	D	S	N	R	Y	S	F	S	A	R	G	F	T	I	D	N
Template Known Secondary structure							T	T	S			S	S		S		B		T	T	T	S	S		B		G	G	G		S	S													T	T			B							T	S	T	T						T	T	S	S	S						T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		22	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.	100	.
		99	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	L	I	L	V	D	G	K	R	V	N	S	R	N	A	V	F	R	H	N	D	F	D	L	N	W	I	P	V	D	S	I	E	R	I	E	V	V	R	G	P	M	S	S	L	Y	G	S	D	A	L	G	G	V	V	N	I	I	T	K	K	I	G	Q	K	W	S	G	T	V	T	V	D	T	T	I	Q	E	H	R
Query Conservation
Alig confidence		.	.																		.	.	.	.
Template Conservation		.	.																		.	.	.	.
Template Sequence		.	.	F	Q	F	D	G	L	V	S	P	I	L	S	Q	W	N	Y	G	.	.	.	.	S	T	D	M	D	A	A	I	Y	D	H	V	E	I	V	R	G	A	T	G	L	M	T	G	S	G	N	P	S	A	A	V	N	F	V	R	K	R	P	L	R	E	F	A	A	T	F	N	A	S	V	G	S	W	D	Y	V
Template Known Secondary structure		.	.				T	T						S	G	G	G		T	T	.	.	.	.	G	G	G		B	G	G	G									S								B			S	S												S	S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure		.	.																		.	.	.	.
Template SS confidence
				102	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.					.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.
		179	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		D	R	G	D	T	Y	N	G	Q	F	F	T	S	G	P	L	I	D	G	V	L	G	M	K	A	Y	G	S	L	A	K	R	E	K	D	D	P	Q	N	S	T	T	T	D	T	G	E	T	P	R	I	E	G	F	S	S	R	D	G	N	V	E	F	A	W	T	P	N	Q	N	H	D	F	T	A	G	Y	G	F	D
Query Conservation
Alig confidence																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		R	G	D	A	D	I	S	V	P	I	T	E	D	G	R	I	R	S	R	L	V	A	A	Y	S	Q	G	D	L	D	T	R	R	R	T	F	Y	G	V	V	S	A	D	L	T	P	D	T	V	L	T	T	S	V	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	Q	H	N	H	S	N
Template Known Secondary structure											S	S	S	S	S	S																															T	T									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																																																									.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		176	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230																			.	.	.	.	.	.	.
		259	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	Q	D	R	D	S	D	S	L	D	K	N	R	L	E	R	Q	N	Y	S	V	S	H	N	G	R	W	D	Y	G	T	S	E	L	K	Y	Y	G	E	K	V	E	N	K	N	P	G	N	S	S	P	I	T	S	E	S	N	T	V	D	G	K	Y	T	L	P	L	T	A	I	N	Q	F	L	T	V	G	G	E	W
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		G	P	W	A	R	Q	D	T	E	A	T	T	Y	F	V	D	L	T	H	R	F	T	N	D	W	K	L	R	A	A	Y	S	H	T	D	G	R	Y	L	M	K	H	V	F	S	N	Y	D	G	N	L	D	R	D	D	I	H	F	S	L	S	A	P	F	E	A	F	G	L	R	H	E	V	A	L	G	W	M	S	I
Template Known Secondary structure																							T	T	S																																											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		243	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.
		339	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		R	H	D	K	L	S	D	A	V	N	L	T	G	G	T	S	S	K	T	S	A	S	Q	Y	A	L	F	V	E	D	E	W	R	I	F	E	P	L	A	L	T	T	G	V	R	M	D	D	H	E	T	Y	G	E	H	W	S	P	R	A	Y	L	V	Y	N	A	T	D	T	V	T	V	K	G	G	W	A	T	A	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		D	N	H	S	D	I	Q	R	Y	A	M	T	L	S	P	A	D	D	V	R	T	K	Q	T	G	A	Y	L	V	G	R	F	A	L	A	E	P	L	H	L	I	V	G	D	R	W	S	D	W	K	T	K	Q	M	Y	F	G	S	R	R	E	Y	R	I	K	N	Q	F	T	P	Y	A	G	L	T	Y	D	I	N	D
Template Known Secondary structure																S																					T	T																			T	T																						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		338	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.
		419	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		K	A	P	S	L	L	Q	L	S	P	D	W	T	S	N	S	C	R	G	A	C	K	I	V	G	S	P	D	L	K	P	E	T	S	E	S	W	E	L	G	L	Y	Y	M	G	E	E	G	W	L	E	G	V	E	S	S	V	T	V	F	R	N	D	V	K	D	R	I	S	I	S	R	T	S	D	V	N	A	A	P
Query Conservation
Alig confidence																																												.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Conservation																																												.	.	.	.	.	.	.																															.
Template Sequence		T	Y	T	A	Y	A	S	Y	T	E	I	F	Q	P	Q	N	A	R	D	T	S	G	G	I	L	P	P	I	K	S	K	S	Y	E	L	G	L	K	A	A	Y	L	.	.	.	.	.	.	.	E	G	R	L	N	T	S	A	A	L	F	Q	T	R	Q	D	N	L	A	Q	V	I	P	G	S	S	I	P	G	F	.
Template Known Secondary structure		S																	B		S	S	S		B																		G	.	.	.	.	.	.	.	G	G	T														S						T	T				T	T	S	.
Template Predicted Secondary structure																																												.	.	.	.	.	.	.																															.
Template SS confidence
		433	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.								.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
		499	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	Y	Q	N	F	V	G	F	E	T	G	A	N	G	R	R	I	P	V	F	S	Y	Y	N	V	N	K	A	R	I	Q	G	V	E	T	E	L	K	I	P	F	N	D	E	W	K	L	S	I	N	Y	T	Y	N	D	G	R	D	V	S	N	G	E	N	K	P	L	S	D	L	P	F	H	T	A	N	G	T	L	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	N	M	Q	A	S	R	A	A	S	G	A	K	V	E	G	I	D	L	E	A	S	G	Q	I	L	P	D	W	N	I	G	A	S	Y	T	H	F	T	T	K	D	A	S	G	.	.	N	P	I	N	T	N	H	P	R	S	L	F	K	L	Y	T	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S																								T	T															T	T	S	.	.		B				S	S		S
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																														.	.
Template SS confidence
																		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.			550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.
		579	580	.	.		.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.
Query SS confidence						.
Query Sequence		W	K	P	L	.	A	L	E	D	W	S	F	Y	V	S	G	H	Y	T	G	Q	K	R	A	D	S	A	T	A	K	T	P	G	G	Y	T	I	W	N	T	G	A	A	W	Q	V	T	K	D	V	K	L	R	A	G	V	L	N	L	G	D	K	D	L	S	R	D	D	Y	S
Query Conservation						.
Alig confidence						.																		.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Y	R	L	P	G	A	L	H	R	L	T	V	G	G	G	V	D	W	Q	S	R	M	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	S	Y	A	L	V	S	L	M	A	R	F	D	F	N	K	K	L	S	A	T	L	N	V	N	N	L	R	N	V	M	L	N	L	R	A	Q	Y
Template Known Secondary structure					S	S	T	T	T	T														.	.	.	.	.	.	.	.	.																	T	T
Template Predicted Secondary structure																								.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		567	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.										.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.