Job Description P15254 Confidence 100.00% Date Thu Jan 5 11:34:41 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 567 % Identity 25% Template c3d54I_ PDB info PDB header:ligase Chain: I: PDB Molecule:phosphoribosylformylglycinamidine synthase ii; PDBTitle: stucture of purlqs from thermotoga maritima Resolution 3.50 Å

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		186	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	I	D	Y	L	Q	D	A	F	T	K	L	G	R	N	P	N	D	I	E	L	Y	M	F	A	Q	A	N	S	E	H	C	R	H	K	I	F	N	A	D	W	V	I	D	G	E	Q	Q	P	K	S	L	F	K	M	I	K	N	T	F	E	T	T	P	D	H	V	L	S	A	Y	K	D	N	A	A	V	M	E	G
Query Conservation
Alig confidence																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Conservation																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template Sequence		K	L	R	Y	L	N	I	L	K	E	K	L	G	R	E	P	T	F	V	E	L	Q	A	F	S	V	M	W	S	E	H	C	G	Y	S	H	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	K	Y	I	R	R	L	P	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	G	N	A	G	V	V	N	.
Template Known Secondary structure				S	T									T	S														T	S	S	S	S	S		T	T	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							S			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.				T	T				.
Template Predicted Secondary structure																																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.									.
Template SS confidence
		2	.	.	.	.	.	.	.	10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.																.	40	.	.	.	.	.	.	.											.	.	50	.	.	.	.	.
		266	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		S	E	V	G	R	Y	F	A	D	H	E	T	G	R	Y	D	F	H	Q	E	P	A	H	I	L	M	K	V	E	T	H	N	H	P	T	A	I	S	P	W	P	G	A	A	T	G	S	G	G	E	I	R	D	E	G	A	T	G	R	G	A	K	P	K	A	G	L	V	G	F	S	V	S	N	L	R	I	P	G	F
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.															.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.															.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	D	D	Y	Y	S	V	A	F	K	I	E	S	H	N	H	P	S	A	I	E	P	Y	N	G	A	A	T	G	V	G	G	I	I	R	D	V	L	A	M	G	.	.	A	R	P	T	A	I	F	D	S	L	H	M	S	R	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S																		S																	T	T	T	.	.													S	S	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																										.	.															.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																			59	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.	90	.	.	.	.	.	.	.	.	.			100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.
		346	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	Q	P	W	E	E	D	F	G	K	P	E	R	I	V	T	A	L	D	I	M	T	E	G	P	L	G	G	A	A	F	N	N	E	F	G	R	P	A	L	N	G	Y	F	R	T	Y	E	E	K	V	N	S	H	N	G	E	E	L	R	G	Y	H	K	P	I	M	L	A	G	G	I	G	N	I	R	A	D	H	V
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	I	D	G	I	I	E	G	I	A	D	Y	G	N	S	I	G	V	P	T	V	G	G	E	L	.	R	I	S	S	L	Y	A	H	N	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	L	V	N	V	L	A	A	G	V	V	R	N	D	M	L
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														G	G	G	T									.				T	T	S	T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.													G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																										.										.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
																					114	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.		.	140	.	.	.	.	.	.	.											.	.	150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.	.	.
		426	.	.	.		430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.
Predicted Secondary structure						.
Query SS confidence						.
Query Sequence		Q	K	G	E	.	I	N	V	G	A	K	L	V	V	L	G	G	P	A	M	N	I	G	L	G	G	G	A	A	S	S	M	A	S	G	Q	S	D	A	D	L	D	F	A	S	V	Q	R	D	N	P	E	M	E	R	R	C	Q	E	V	I	D	R	C	W	Q	L	G	D	A	N	P	I	L	F	I	H	D	V	G
Query Conservation						.
Alig confidence						.																						.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Conservation																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template Sequence		V	D	S	K	A	S	R	P	G	Q	V	I	V	I	F	G	G	A	T	G	R	D	G	T	K	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	I	Q	V	G	D	P	F	A	E	K	M	L	.	.	.	I	E	A	F	L	E	M	V	E	E	G	L	V	E	G	A	Q	D	L	G
Template Known Secondary structure				S	S			S	S	S								S		B		S					S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S													.	.	.										T	T			S
Template Predicted Secondary structure																												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.														.	.	.
Template SS confidence
		164	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.																			190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.				.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.
		505	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	G	G	L	S	N	A	M	P	E	L	V	S	D	G	G	R	G	G	K	F	E	L	R	E	I	L	S	D	E	P	G	M	S	P	L	E	I	W	C	N	E	S	Q	E	R	Y	V	L	A	V	A	A	D	Q	L	P	L	F	D	E	L	C	K	R	E	R	A	P	Y	A	V	I	G	E	A	T	E	E	L
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		A	G	G	V	L	S	A	T	S	E	L	V	A	K	G	N	L	G	A	I	V	H	L	D	R	V	P	L	R	E	P	D	M	E	P	W	E	I	L	I	S	E	S	Q	E	R	M	A	V	V	T	S	P	Q	K	A	S	R	I	L	E	I	A	R	K	H	L	L	F	G	D	V	V	A	E	V	I	E	E	P
Template Known Secondary structure		S	S	T						T					T	T	T							G	G	G	S		B	S	S	T	T								S				S	S								T	T	S	S	T	T								T	T											S	S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		239	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.
		585	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		H	L	S	L	H	D	R	H	F	D	N	Q	P	I	D	L	P	L	D	V	L	L	G	K	T	P	K	M	T	R	D	V	Q	T	L	K	A	K	G	D	A	L	A	R	E	G	I	T	I	A	D	A	V	K	R	V	L	H	L	P	T	V	A	E	K	T	F	L	V	T	I	G	D	R	S	V	T	G	M	V
Query Conservation
Alig confidence									.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation									.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	Y	R	V	M	Y	R	.	.	N	D	L	V	M	E	V	P	V	Q	L	L	A	N	A	P	E	E	D	I	V	E	Y	T	P	G	K	I	P	E	F	K	R	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	E	F	E	E	V	N	A	R	E	V	F	E	Q	Y	D	H	M	V	G	T	D	T
Template Known Secondary structure								T	.	.	T								T					S																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.			B				S					T	T	S			S	T	T	S		B
Template Predicted Secondary structure									.	.																																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		319	320	.	.	.	.	.			.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.																360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.
		665	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	R	D	Q	M	V	G	P	W	Q	V	P	V	A	N	C	A	V	T	T	A	S	L	D	S	Y	Y	G	E	A	M	A	I	G	E	R	A	P	V	A	L	L	D	F	A	A	S	A	R	L	A	V	G	E	A	L	T	N	I	A	A	T	Q	I	G	D	I	K	R	I	K	L	S	A	N	W	M	A	A	A
Query Conservation
Alig confidence							.	.	.	.	.	.	.	.										.	.																																																	.
Template Conservation							.	.	.	.	.	.	.	.										.	.																																																	.
Template Sequence		V	V	P	P	G	.	.	.	.	.	.	.	.	F	G	A	A	V	M	R	I	K	.	.	R	D	G	G	Y	S	L	V	T	H	S	R	A	D	L	A	L	Q	D	T	Y	W	G	T	L	I	A	V	L	E	S	V	R	K	T	L	S	V	G	A	E	P	L	A	I	T	N	C	.	V	N	Y	G	D	P	D
Template Known Secondary structure		S	S		S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S			B			S	.	.	S	S															T	T		T	T																T	T	T										.				S		T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.	.	.	.	.	.	.										.	.																																																	.
Template SS confidence
		382	.	.	.	.									.	.	.	390	.	.	.	.	.			.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.		.	.	.	.	.	.	450
		745	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		G	H	P	G	E	D	A	G	L	Y	E	A	V	K	A	V	G	E	E	L	C	P	A	L	G	L	T	I	P	V	G	K	D	S	M	S	M	K	T	R	W	Q	E	G	N	E	E	R	E	M	T	S	P	L	S	L	V	I	S	A	F	A	R	V	E	D	V	R	H	T	I	T	P	Q	L	S	T	E	D	N
Query Conservation
Alig confidence					.	.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Conservation					.	.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template Sequence		V	D	P	.	.	.	V	G	L	S	A	M	M	T	A	L	.	K	N	A	C	E	F	S	G	V	P	V	A	S	G	N	A	S	L	Y	N	.	.	.	.	.	.	.	.	T	Y	Q	G	K	P	I	P	P	T	L	V	V	G	M	L	G	K	V	N	P	Q	K	V	A	.	.	.	.	.	K	P	K	P	S
Template Known Secondary structure		T			.	.	.											.							S									B					.	.	.	.	.	.	.	.			T	T																	T	T	S			.	.	.	.	.				S
Template Predicted Secondary structure					.	.	.											.																					.	.	.	.	.	.	.	.																										.	.	.	.	.
Template SS confidence
		451	.	.				.	.	.	.	.	.	460	.	.	.		.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.									.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.						.	510	.	.	.
		825	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	L	L	L	I	D	L	G	K	G	N	N	A	L	G	A	T	A	L	A	Q	V	Y	R	Q	L	G	D	K	P	A	D	V	R	D	V	A	Q	L	K	G	F	Y	D	A	I	Q	A	L	V	A	Q	R	K	L	L	A	Y	H	D	R	S	D	G	G	L	L	V	T	L	A	E	M	A	F	A	G	H	C	G
Query Conservation
Alig confidence							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Conservation							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template Sequence		K	V	F	A	V	.	.	G	W	N	D	F	E	L	E	R	E	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	K	E	L	W	R	A	I	R	K	L	S	E	E	G	A	F	I	L	S	S	S	Q	L	L	T	R	T	H	V	E	T	F	.	R	E	Y	G
Template Known Secondary structure							.	.			S	S			G	G	G	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.												T	T	T							T	T	S	S									.		T	T	T
Template Predicted Secondary structure							.	.											.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																	.
Template SS confidence
		514	.	.	.	.			.	520	.	.	.	.	.	.	.	.																											.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560		.	.	.	.
		905	.	.	.	.	910	.	.	.	.				.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure												.	.	.
Query SS confidence												.	.	.
Query Sequence		I	D	A	D	I	A	T	L	G	D	.	.	.	D	R	L	A	A	L	F	N	E	E	L	G	A	V
Query Conservation												.	.	.
Alig confidence												.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	K	I	E	V	K	L	P	E	V	R	P	A	H	Q	M	V	L	V	F	S	E	R	T	P	V	V
Template Known Secondary structure													S	S									S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		565	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.