Job Description P76578 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:09 GMT 2012 Rank 10 Aligned Residues 536 % Identity 13% Template c3hrzA_ PDB info PDB header:immune system Chain: A: PDB Molecule:cobra venom factor; PDBTitle: cobra venom factor (cvf) in complex with human factor b Resolution 2.20 Å

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		296	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.		.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																								.
Query SS confidence																								.
Query Sequence		A	H	R	Y	H	N	R	L	D	I	F	T	Q	S	L	E	N	G	A	A	Q	Q	.	G	I	E	V	S	L	L	N	E	K	G	Q	T	L	T	Q	A	T	S	D	A	Q	G	H	V	Q	L	E	N	D	K	N	A	A	L	L	L	A	R	K	D	G	Q	T	T	L	L	D	L	K	L	P	A	L	D	L	A
Query Conservation																								.
Alig confidence																								.
Template Conservation
Template Sequence		V	L	R	T	D	T	E	E	Q	I	L	V	E	A	H	G	D	S	T	P	K	Q	L	D	I	F	V	H	D	F	P	R	K	Q	K	T	L	F	Q	T	R	V	D	M	N	P	A	G	G	M	L	V	T	P	T	I	E	I	P	A	K	E	V	S	T	D	N	Q	Y	V	V	V	Q	V	T	G	P	Q	V	R
Template Known Secondary structure					B	T	S										S															T	T			S											G	G	G	T	T								B		G	G	G	S														T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		10	.	.	.	.	.	.	.	.	.	20	.	.	.	.	.	.	.	.	.	30	.	.	.	.	.	.	.	.	.	40	.	.	.	.	.	.	.	.	.	50	.	.	.	.	.	.	.	.	.	60	.	.	.	.	.	.	.	.	.	70	.	.	.	.	.	.	.	.	.	80	.	.	.	.	.	.	.	.	.
		375	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	F	N	I	A	G	A	P	G	Y	S	K	Q	F	F	M	F	G	P	R	D	L	Y	R	P	G	E	T	V	I	L	N	G	L	L	R	D	A	D	G	K	A	L	P	N	Q	P	I	K	L	D	V	I	K	P	D	G	Q	V	L	R	S	V	V	S	Q	P	E	N	G	L	Y	H	F	T	W	P	L	D	S
Query Conservation
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template Sequence		L	E	K	V	V	L	L	S	Y	Q	S	S	F	L	F	I	Q	T	D	K	G	I	Y	T	P	G	S	P	V	L	Y	R	V	F	S	M	D	H	T	.	.	.	.	.	.	.	.	V	I	V	E	F	Q	T	P	E	G	I	L	V	S	S	N	S	V	.	.	.	D	L	N	F	F	W	P	Y	N	L	P	D
Template Known Secondary structure													S							S		S				T	T										S				.	.	.	.	.	.	.	.								T	T										.	.	.	B	T	T	B								S
Template Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.	.																			.	.	.
Template SS confidence
		93	.	.	.	.	.	.	100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.									.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.				150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	160	.
		455	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.		.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.			.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520		.	.	.	.	.	.	.	.	.	530
Predicted Secondary structure																				.																								.	.																										.
Query SS confidence																				.																								.	.																										.
Query Sequence		N	A	A	T	G	M	W	H	I	R	A	N	T	G	D	N	Q	Y	.	R	M	W	D	F	H	V	E	D	F	M	P	E	R	M	A	L	N	L	T	G	E	K	.	.	T	P	L	T	P	K	D	E	V	K	F	S	V	V	G	Y	Y	L	Y	G	A	P	A	N	G	.	N	T	L	Q	G	Q	L	F	L	R
Query Conservation																				.																								.	.																										.
Alig confidence																				.																								.	.																										.
Template Conservation
Template Sequence		L	V	S	L	G	T	W	R	I	V	A	K	Y	E	H	S	P	E	N	Y	T	A	Y	F	D	V	R	K	Y	V	L	P	S	F	E	V	R	L	Q	P	S	E	K	F	F	Y	I	D	G	N	E	N	F	H	V	S	I	T	A	R	Y	L	Y	G	E	E	V	E	G	V	A	F	V	L	F	G	V	K	I	D
Template Known Secondary structure		S													T	T		S																S								S	S	S				T	T														T	T	S		B														T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		169	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.
		531	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.								.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600	.	.	.
Predicted Secondary structure																																														.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																														.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	L	R	E	A	V	S	A	L	P	G	F	E	F	G	D	I	A	A	E	N	L	S	R	T	L	D	E	V	Q	L	T	L	D	D	K	G	R	G	E	V	S	T	E	.	.	.	.	.	.	.	S	Q	W	K	E	T	H	S	P	L	Q	V	I	F	Q	G	S	L	L	E	S	G	G	R	P	V	T	R	R
Query Conservation																																														.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	A	K	K	S	I	P	D	S	L	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	R	I	P	I	I	D	G	D	G	K	A	T	L	K	R	D	T	F	R	S	R	F	P	N	L	N	E	L	V	G	H	T	L	Y	A	S	V	T	V	M	T	E	S	G	S	D	M	V	V	T	E	Q
Template Known Secondary structure		T						G	G	G		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.						B	T	T																		G	G	G	G	T	T												T	T	S	S
Template Predicted Secondary structure												.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		249	250	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.
		604	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		A	E	Q	A	I	W	P	A	D	A	L	P	G	I	R	P	Q	F	A	S	K	S	V	Y	D	Y	R	T	D	S	T	V	K	Q	P	I	V	D	E	G	S	N	A	A	F	D	I	V	Y	S	D	A	Q	G	V	K	K	A	V	S	G	L	Q	V	R	L	I	R	E	R	R	D	Y	Y	W	N	W	S	E	D
Query Conservation
Alig confidence																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		S	G	I	H	I	V	A	S	P	Y	Q	I	H	F	T	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	Y	F	K	P	G	M	P	Y	E	L	T	V	Y	V	T	N	P	D	G	S	P	A	A	H	V	P	V	V	S	E	A	F	H	S	M	G	T	T	.	.	.	.	.	.	.
Template Known Secondary structure								S	S	S						T	T	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S				T	T	S											T	T	S		B		T	T						G	G	G	T						.	.	.	.	.	.	.
Template Predicted Secondary structure																			.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																									.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		312	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.	.	.	.	.																	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	360	.	.	.	.	.	.	.	.
		684	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		E	G	W	Q	S	Q	F	D	Q	K	D	L	I	E	N	E	Q	T	L	D	L	K	A	D	E	T	G	K	V	S	F	P	V	E	W	G	A	Y	R	L	E	V	K	A	P	N	E	A	V	S	S	V	R	F	W	A	G	Y	S	W	Q	D	N	S	D	G	S	G	A	V	R	P	D	R	V	T	L	K	L	D
Query Conservation
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	L	S	D	G	T	A	K	L	I	L	N	I	P	L	N	A	Q	S	L	P	I	T	V	R	T	N	H	G	D	L	P	R	E	R	.	Q	A	T	K	S	M	T	A	I	A	Y	Q	T	Q	G	G	S	G	N	Y	L	H	V	A	I	T
Template Known Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		T	T	S										T	T		S											T	T	S		G	G	G	.	S													G	G	G
Template Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
																					369	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.		.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.
		764	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.								.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.			.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query SS confidence																							.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query Sequence		K	A	S	Y	R	P	G	D	T	I	K	L	H	I	A	A	P	T	A	G	K	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	A	M	V	E	S	S	E	G	P	L	W	W	Q	E	I	D	V	R	A	Q	.	.	G	L	D	L	T	I	P	V	D	K	T	W	N	R	H	D	L	Y	L	S	T	L	V	V	R	P	G	D
Query Conservation																							.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Alig confidence																							.	.	.	.	.	.	.																							.	.													.
Template Conservation																																																																		.
Template Sequence		S	T	E	I	K	P	G	D	N	L	P	V	N	F	N	V	K	G	N	A	N	S	L	K	Q	I	K	Y	F	T	Y	L	I	L	N	K	G	K	I	F	K	V	G	R	Q	P	R	R	D	G	Q	N	L	V	T	M	N	L	H	I	T	P	D	L	.	I	P	S	F	R	F	V	A	Y	Y	Q	V	G	N	N
Template Known Secondary structure				S			T	T											S							T											T	T												T	T		S										G	G	G	.		S											T	T	T
Template Predicted Secondary structure																																																																		.
Template SS confidence
		429	430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.		.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.
		835	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.		.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.	.	910	.	.	.
Predicted Secondary structure																							.
Query SS confidence																							.
Query Sequence		K	S	R	S	A	T	P	K	R	A	V	G	V	L	H	L	P	L	G	D	E	.	N	R	R	L	D	L	A	L	E	T	P	A	K	M	R	P	N	Q	P	L	T	V	K	I	K	A	S	T	K	N	G	E	K	P	K	Q	V	N	V	L	V	S	A	V	D	S	G	V	L	N	I	T	D	Y	V	T	P	D
Query Conservation																							.
Alig confidence			.	.	.	.	.	.	.														.										.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation			.	.	.	.	.	.	.																								.																			.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		E	.	.	.	.	.	.	.	I	V	A	D	S	V	W	V	D	V	K	D	T	C	M	G	T	L	V	V	K	G	D	.	N	L	I	Q	M	P	G	A	A	M	K	I	K	L	E	G	D	P	.	.	.	.	.	.	.	G	A	R	V	G	L	V	A	V	D	K	A	V	Y	V	L	N	D	K	Y	K	I	S
Template Known Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.															S	S								.						T	T										S	T	.	.	.	.	.	.	.	T																		S	S
Template Predicted Secondary structure			.	.	.	.	.	.	.																								.																			.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		508								.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.		.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.								550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.
		914	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		P	W	Q	A	F
Query Conservation
Alig confidence
Template Conservation
Template Sequence		Q	A	K	I	W
Template Known Secondary structure
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		573	.	.	.	.