Job Description P76578 Confidence 100.00% Date Wed Jan 25 15:21:09 GMT 2012 Rank 3 Aligned Residues 1180 % Identity 16% Template c2b39B_ PDB info PDB header:immune system Chain: B: PDB Molecule:c3; PDBTitle: structure of mammalian c3 with an intact thioester at 3a resolution Resolution 3.00 Å

Show / Hide SS confidence

Show / Hide Conservation and Alignment quality

		363	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.	400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.	.	.	.	.			.	.	440
Predicted Secondary structure																																																																													.	.
Query SS confidence																																																																													.	.
Query Sequence		L	L	D	L	K	L	P	A	L	D	L	A	E	F	N	I	A	G	A	P	G	Y	S	K	Q	F	F	M	F	G	P	R	D	L	Y	R	P	G	E	T	V	I	L	N	G	L	L	R	D	A	D	G	K	A	L	P	N	Q	P	I	K	L	D	V	I	K	P	D	G	Q	V	L	R	S	V	.	.	V	S	Q
Query Conservation																																																																													.	.
Alig confidence																																																								.																					.	.
Template Conservation																																																								.
Template Sequence		F	V	T	V	V	A	T	F	G	N	V	Q	V	E	K	V	V	L	I	S	L	Q	S	G	Y	L	F	I	Q	T	D	K	T	I	Y	T	P	G	S	T	V	L	Y	R	V	F	T	V	D	H	K	L	L	P	.	V	G	Q	T	V	F	I	T	I	E	T	P	D	G	I	P	V	K	R	D	S	K	S	S	Q
Template Known Secondary structure										T	T																					S		S				T	T												T	T	T			.												T	T											T	T
Template Predicted Secondary structure																																																								.
Template SS confidence
		104	.	.	.	.	.	110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	150	.	.	.	.	.	.	.		.	.	160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	180	.	.
		441	.	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470			.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.			.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																.	.																																.	.
Query SS confidence																																.	.																																.	.
Query Sequence		P	E	N	G	L	Y	H	F	T	W	P	L	D	S	N	A	A	T	G	M	W	H	I	R	A	N	T	G	D	N	.	.	Q	Y	R	M	W	D	F	H	V	E	D	F	M	P	E	R	M	A	L	N	L	T	G	E	K	T	P	L	T	P	K	.	.	D	E	V	K	F	S	V	V	G	Y	Y	L	Y	G	A
Query Conservation																																.	.																																.	.
Alig confidence																																.	.																																.	.
Template Conservation
Template Sequence		N	Q	F	G	I	L	T	L	S	W	N	I	P	E	L	V	N	M	G	V	W	K	I	K	A	Y	Y	E	D	S	P	Q	Q	V	F	S	A	E	F	E	V	K	E	Y	V	L	P	S	F	E	V	Q	L	E	P	E	E	K	F	Y	Y	I	D	D	P	D	G	L	K	V	N	I	I	A	R	F	L	Y	G	E
Template Known Secondary structure		T	T	T	S										S	S													T	T			S	S		B													S								S	S	S	S			S			S	S											T	T	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		183	.	.	.	.	.	.	190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	250	.	.	.	.	.	.	.	.	.	260	.	.
		517	.	.	520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.										.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		P	A	N	G	N	T	L	Q	G	Q	L	F	L	R	P	L	R	E	A	V	S	A	L	P	G	F	E	F	G	D	I	A	A	E	N	L	S	R	T	L	D	E	V	Q	L	T	L	D	D	K	G	R	G	E	V	S	T	E	S	Q	.	.	.	.	.	.	.	.	.	W	K	E	T	H	S	P	L	Q	V	I
Query Conservation																																																														.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence						.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation						.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		Q	V	D	G	.	T	A	F	V	I	F	G	V	Q	D	G	D	R	R	I	S	L	T	H	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	L	T	R	V	P	I	N	D	G	N	G	E	A	I	L	K	R	Q	V	L	L	N	G	V	Q	P	S	R	A	D	A	L	V	G	K	S	I	Y
Template Known Secondary structure		B				.											S	S						G	G	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	G								S	S								G	G	G	T	S	S	T	T		S		S	S	S	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure						.																				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		263	.	.	.		.	.	.	270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	280	.	.	.	.	.																		.	.	.	.	290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	320	.	.	.	.
		588	.	590	.	.	.	.	.	.	.	.	.	600			.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure															.	.
Query SS confidence															.	.
Query Sequence		F	Q	G	S	L	L	E	S	G	G	R	P	V	.	.	T	R	R	A	E	Q	A	I	W	P	A	D	A	L	P	G	I	R	P	Q	F	A	S	K	S	V	Y	D	Y	R	T	D	S	T	V	K	Q	P	I	V	D	E	G	S	N	A	A	F	D	I	V	Y	S	D	A	Q	G	V	K	K	A	V	S	G	L
Query Conservation															.	.
Alig confidence															.	.																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		V	S	A	T	V	I	L	Q	S	G	S	D	M	V	E	A	E	R	T	G	I	P	I	V	T	S	P	Y	Q	I	H	F	T	K	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	P	K	F	F	K	P	A	M	P	F	D	L	M	V	Y	V	T	N	P	D	G	S	P	A	R	H	I	P	V
Template Known Secondary structure									T	T	T															S	S	S						S	S	S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S				T	T	S										B	T	T	T	B			S	S	B
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		325	.	.	.	.	330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	350	.	.	.	.	.	.	.	.	.																	360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	380	.	.	.	.	.	.	.	.
		666	.	.	.	670	.	.	.	.	.	.	.	.	.	680	.	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		Q	V	R	L	I	R	E	R	R	D	Y	Y	W	N	W	S	E	D	E	G	W	Q	S	Q	F	D	Q	K	D	L	I	E	N	E	Q	T	L	D	L	K	A	D	E	T	G	K	V	S	F	P	V	E	W	G	A	Y	R	L	E	V	K	A	P	N	E	A	V	S	S	V	R	F	W	A	G	Y	S	W	Q	D
Query Conservation
Alig confidence													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Conservation													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template Sequence		V	T	Q	G	S	N	V	Q	S	L	T	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	D	D	G	V	A	K	L	S	I	N	T	Q	N	K	R	D	P	L	T	I	T	V	R	T	K	K	D	N	I	P	E	G	R	.	Q	A	T	R	T	M	Q	A
Template Known Secondary structure				T	T			B			B		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	S	S	S	S	B									S			S		B									T	T	S		T	T	S	.								B
Template Predicted Secondary structure													.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																			.
Template SS confidence
		389	390	.	.	.	.	.	.	.	.	.																											400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	430	.	.	.		.	.	.	.	.	.	440	.
		746	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760	.	.	.	.	.	.	.	.	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.								.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.			.	.	.	810	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																									.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query SS confidence																																									.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Query Sequence		N	S	D	G	S	G	A	V	R	P	D	R	V	T	L	K	L	D	K	A	S	Y	R	P	G	D	T	I	K	L	H	I	A	A	P	T	A	G	K	.	.	.	.	.	.	.	G	Y	A	M	V	E	S	S	E	G	P	L	W	W	Q	E	I	D	V	R	A	Q	.	.	G	L	D	L	T	I	P	V	D	K
Query Conservation																																									.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Alig confidence																																									.	.	.	.	.	.	.																							.	.
Template Conservation
Template Sequence		L	P	Y	N	T	Q	G	N	S	N	N	Y	L	H	L	S	V	P	R	V	E	L	K	P	G	E	T	L	N	V	N	F	H	L	R	T	D	P	G	E	Q	A	K	I	R	Y	Y	T	Y	M	I	M	N	K	G	K	L	L	K	V	G	R	Q	Y	R	E	P	G	Q	D	L	V	V	L	P	L	T	I	T	S
Template Known Secondary structure							S	S	S																S	S	S												S	S	G	G	G	T											T	T												T	T		S										S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		442	.	.	.	.	.	.	.	450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	520	.
		817	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.	.	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure
Query SS confidence
Query Sequence		T	W	N	R	H	D	L	Y	L	S	T	L	V	V	R	P	G	D	K	S	R	S	A	T	P	K	R	A	V	G	V	L	H	L	P	L	G	D	E	N	R	R	L	D	L	A	L	E	T	P	A	K	M	R	P	N	Q	P	L	T	V	K	I	K	A	S	T	K	N	G	E	K	P	K	Q	V	N	V	L	V
Query Conservation
Alig confidence				.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation				.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		D	F	.	I	P	S	F	R	L	V	A	Y	Y	T	L	I	N	A	K	G	Q	R	E	V	V	A	D	S	V	W	V	D	V	K	D	S	C	M	G	T	L	V	V	K	N	G	G	K	E	E	K	H	H	R	P	G	Q	Q	I	T	L	K	I	E	A	D	Q	.	.	.	.	.	.	.	G	A	R	V	G	L
Template Known Secondary structure		T	T	.	S	S											B		T	T	S		B													S			S	S							S	S				S		B		T	T											T	.	.	.	.	.	.	.	T
Template Predicted Secondary structure				.																																																																	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		522	.		.	.	.	.	.	.	530	.	.	.	.	.	.	.	.	.	540	.	.	.	.	.	.	.	.	.	550	.	.	.	.	.	.	.	.	.	560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	580	.	.	.	.	.	.	.								.	.	590	.	.	.
		897	.	.	900	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		S	A	V	D	S	G	V	L	N	I	T	D	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Conservation														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence														.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		V	A	V	D	K	G	V	F	V	L	N	K	K	N	K	L	T	Q	R	K	I	W	D	V	V	E	K	A	D	I	G	C	T	P	G	S	G	R	N	Y	A	G	V	F	T	D	A	G	L	T	L	K	T	S	Q	G	L	E	T	Q	Q	R	A	D	P	Q	C	P	Q	S	V	Q	L	M	E	K	R	M	D	K
Template Known Secondary structure					B					T	T	S	G	G	G	S												T	T	T	S		S		S	S			S										T	B					T	T										S	S						S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		594	.	.	.	.	.	600	.	.	.	.	.	.	.	.	.	610	.	.	.	.	.	.	.	.	.	620	.	.	.	.	.	.	.	.	.	630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	640	.	.	.	.	.	.	.	.	.	650	.	.	.	.	.	.	.	.	.	660	.	.	.	.	.	.	.	.	.	670	.	.	.
																909	910	.	.	.	.	.	.	.	.	.	920	.	.	.	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.								.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	Y	V	T	P	D	P	W	Q	A	F	F	G	Q	K	R	Y	G	A	D	I	Y	D	I	Y	G	Q	V	I	E	G	.	.	.	.	.	.	.	Q	G	R	L	A	A	L	R	F	G	G	D	G	D	E	L	K	R	G	G	K	P	P	V	N	H	V	N	I
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																															.	.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		A	G	Q	Y	S	S	D	L	R	K	C	C	E	D	G	M	R	D	N	P	M	K	F	P	C	Q	R	R	A	Q	F	I	L	Q	G	D	A	C	V	K	A	F	L	D	C	C	E	Y	I	T	Q	L	R	Q	Q	H	S	R	D	G	A	L	D	D	D	I	I	P	E	E	D	I	I	S	R	S	Q	F	P	E
Template Known Secondary structure				S			G	G	G						T	T	S	S			S	S								G	G	G	B		S																						T	T	T	T	S					S					S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		681	.	.	.	.	.	.	.	.	690	.	.	.	.	.	.	.	.	.	700	.	.	.	.	.	.	.	.	.	710	.	.	.	.	.	.	.	.	.	720	.	.	.	.	.	.	.	.	.	730	.	.	.	.	.	.	.	.	.	740	.	.	.	.	.	.	.	.	.	750	.	.	.	.	.	.	.	.	.	760
		968	.	970	.						.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.	.	.	.	.		.	.	.	1010	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040
Predicted Secondary structure						.	.	.	.	.																																				.							.
Query SS confidence						.	.	.	.	.																																				.							.
Query Sequence		V	V	Q	Q	.	.	.	.	.	A	L	P	V	T	L	N	E	Q	G	E	G	S	V	T	L	P	I	G	D	F	N	G	E	L	R	V	M	A	Q	A	W	T	A	D	.	D	F	G	S	N	E	.	S	K	V	I	V	A	A	P	V	I	A	E	L	N	M	P	R	F	M	A	S	G	D	T	S	R	L	T
Query Conservation						.	.	.	.	.																																				.							.
Alig confidence						.	.	.	.	.																																				.							.
Template Conservation
Template Sequence		S	W	L	W	T	V	I	E	D	L	K	Q	A	D	K	N	G	I	S	T	K	L	M	N	V	F	L	K	D	S	I	T	T	W	E	I	L	A	V	S	L	S	D	K	K	G	I	C	V	A	D	P	Y	E	V	T	V	M	Q	D	F	F	I	D	L	R	L	P	Y	S	V	V	R	N	E	Q	V	E	I	R
Template Known Secondary structure													S			S	S	S												S	S	S												T	T	T												B			S									S				S	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		768	.	770	.	.	.	.	.	.	.	.	.	780	.	.	.	.	.	.	.	.	.	790	.	.	.	.	.	.	.	.	.	800	.	.	.	.	.	.	.	.	.	810	.	.	.	.	.	.	.	.	.	820	.	.	.	.	.	.	.	.	.	830	.	.	.	.	.	.	.	.	.	840	.	.	.	.	.	.	.
		1041	.	.	.	.	.	.	.		.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.	.					1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1090	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure										.																						.	.	.	.
Query SS confidence										.																						.	.	.	.
Query Sequence		L	D	I	T	N	L	T	D	.	K	P	Q	K	L	N	V	A	L	T	A	S	G	L	L	E	L	V	S	D	S	.	.	.	.	P	A	A	V	E	L	A	P	G	V	R	T	T	L	F	I	P	V	R	A	L	P	G	Y	G	D	G	E	I	Q	A	T	I	S	G	L	A	L	P	G	E	T	V	A	D	Q
Query Conservation										.																						.	.	.	.
Alig confidence										.																						.	.	.	.																							.													.	.	.	.
Template Conservation																																																										.													.	.	.	.
Template Sequence		A	I	L	Y	N	Y	R	E	A	E	N	L	K	V	R	V	E	L	L	Y	N	P	A	F	C	S	L	A	T	A	K	K	R	H	Q	Q	T	I	T	I	P	A	R	S	S	V	A	V	P	Y	V	I	V	P	L	K	.	I	G	L	H	E	V	E	V	K	A	A	V	.	.	.	.	Y	N	H	F	I	S	D
Template Known Secondary structure									S	S													T	T				S	S		S	S											S	S													S	.													.	.	.	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																										.													.	.	.	.
Template SS confidence
		848	.	850	.	.	.	.	.	.	.	.	.	860	.	.	.	.	.	.	.	.	.	870	.	.	.	.	.	.	.	.	.	880	.	.	.	.	.	.	.	.	.	890	.	.	.	.	.	.	.	.	.	900	.	.	.		.	.	.	.	.	.	910	.	.	.	.	.					.	.	.	.	920	.	.
		1116	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.									.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.		1160	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.							.	.	.	.	.	1180
Predicted Secondary structure																									.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.	.	.	.	.
Query SS confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.	.	.	.	.
Query Sequence		H	K	Q	W	K	I	G	V	R	P	A	F	P	A	Q	T	V	N	Y	G	T	A	L	.	.	.	.	.	.	.	.	Q	P	G	E	T	W	A	I	P	A	D	G	L	Q	N	F	S	P	V	T	L	.	E	G	Q	L	L	L	S	G	K	P	P	L	N	I	A	.	.	.	.	.	.	R	Y	I	K	E	L
Query Conservation																									.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.	.	.	.	.
Alig confidence																									.	.	.	.	.	.	.	.																						.																.	.	.	.	.	.
Template Conservation
Template Sequence		G	V	K	K	T	L	K	V	V	P	E	G	V	R	V	N	K	T	V	A	V	R	T	L	N	P	E	H	L	G	Q	G	G	V	Q	R	E	E	V	P	A	A	D	L	S	D	Q	V	P	D	T	E	S	E	T	K	I	L	L	Q	G	T	P	V	A	Q	M	T	E	D	A	I	D	G	E	R	L	K	H	L
Template Known Secondary structure												S	S																			B	T	T	B											T	T	B		T	T											S	S	T	T									S	T	T	T	G	G	G	S
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		923	.	.	.	.	.	.	930	.	.	.	.	.	.	.	.	.	940	.	.	.	.	.	.	.	.	.	950	.	.	.	.	.	.	.	.	.	960	.	.	.	.	.	.	.	.	.	970	.	.	.	.	.	.	.	.	.	980	.	.	.	.	.	.	.	.	.	990	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1000	.	.
		1181	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.				.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure																																			.	.	.
Query SS confidence																																			.	.	.
Query Sequence		K	A	Y	P	Y	G	C	L	E	Q	T	A	S	G	L	F	P	S	L	Y	T	N	A	A	Q	L	Q	A	L	G	I	K	G	.	.	.	D	S	D	E	K	R	R	A	S	V	D	I	G	I	S	R	L	L	Q	M	Q	R	D	N	G	G	F	A	L	W	D	K	N	G	D	E	E	Y	W	L	T	A	Y	V
Query Conservation																																			.	.	.
Alig confidence																																			.	.	.																															.
Template Conservation																																																																				.
Template Sequence		I	Q	T	P	S	G	C	G	E	Q	N	M	I	G	M	T	P	T	V	I	A	V	H	Y	L	D	S	T	D	Q	W	E	K	F	G	L	E	K	R	Q	E	S	L	E	L	I	R	K	G	Y	T	Q	Q	L	A	F	R	Q	K	S	S	A	Y	A	A	F	.	Q	Y	R	P	P	S	T	W	L	T	A	Y	V
Template Known Secondary structure			S	S				S	T	T	G	G	G	G	G	T														T		G	G	G	S		T	T																		T	T	B		T	T	S		B		S	S	.	T	T	S
Template Predicted Secondary structure																																																																				.
Template SS confidence
		1003	.	.	.	.	.	.	1010	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1020	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1030	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1040	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1050	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1060	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1070	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1080	.
		1258	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.		.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.											.	.	.	.	1310	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1320	.	.
Predicted Secondary structure																												.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Query SS confidence																												.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Query Sequence		M	D	F	L	V	R	A	G	E	Q	G	Y	S	V	P	T	D	A	I	N	R	G	N	E	R	L	.	L	R	Y	L	Q	D	P	G	M	M	S	I	P	Y	A	D	N	L	K	A	S	K	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	F	A	V	Q	S	Y	A	A	L	V	L	A	R	Q	Q	K	A	.	.	.	.
Query Conservation																												.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Alig confidence											.																	.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																		.	.	.	.
Template Conservation											.
Template Sequence		V	K	V	F	A	L	A	A	N	.	L	I	A	I	D	S	K	D	L	C	E	T	V	K	W	L	I	L	E	K	Q	K	P	D	G	I	F	Q	E	D	G	P	V	I	H	Q	E	M	I	G	G	F	R	D	T	R	E	K	D	V	S	L	T	A	F	V	L	I	A	L	H	E	A	K	D	I	C	E	A	Q
Template Known Secondary structure									T	T	.	T	S																		T	B		T	T	S		B				S				S	G	G	G	S			T	T			S	S	T	T														T	T	T	T	T	T	T	T
Template Predicted Secondary structure											.
Template SS confidence
		1082	.	.	.	.	.	.	.	1090		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1100	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1110	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1120	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1130	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1140	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1150	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1160
									1323	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1380	.	.	.	.				.	.	.	.	.	1390	.	.
Predicted Secondary structure		.	.	.	.	.	.	.																																																															.	.	.
Query SS confidence		.	.	.	.	.	.	.																																																															.	.	.
Query Sequence		.	.	.	.	.	.	.	P	L	G	A	L	R	E	I	W	E	H	R	A	D	A	A	S	G	L	P	L	L	Q	L	G	V	A	L	K	T	M	G	D	A	T	R	G	E	E	A	I	A	L	A	L	K	T	P	R	N	S	D	E	R	I	W	L	G	D	Y	G	S	.	.	.	S	L	R	D	N	A	L	M
Query Conservation		.	.	.	.	.	.	.																																																															.	.	.
Alig confidence		.	.	.	.	.	.	.																																					.	.	.	.	.																						.	.	.
Template Conservation																																													.	.	.	.	.
Template Sequence		V	N	S	L	G	R	S	I	A	K	A	G	D	F	L	E	N	H	Y	R	E	L	R	R	P	Y	T	V	A	I	A	A	Y	A	L	A	L	L	G	K	L	E	G	.	.	.	.	.	D	R	L	T	K	F	L	N	T	A	K	E	K	N	R	W	E	E	P	N	Q	K	L	Y	N	V	E	A	T	S	Y	A
Template Known Secondary structure			S	S																G	G	G			S														T	T				T	.	.	.	.	.									T		B	T	T	T	B				S	S
Template Predicted Secondary structure																																													.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1161	.	.	.	.	.	.	.	.	1170	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1180	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1190	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1200	.	.	.						.	.	.	.	.	.	1210	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1220	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1230	.	.	.	.	.
		1393	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1420	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.		.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470
Predicted Secondary structure																												.																								.
Query SS confidence																												.																								.
Query Sequence		L	S	L	L	E	E	N	K	L	L	P	D	E	Q	Y	T	L	L	N	T	L	S	Q	Q	A	F	.	G	E	R	W	L	S	T	Q	E	S	N	A	L	F	L	A	A	R	T	I	Q	D	L	.	P	G	K	W	Q	A	Q	T	S	F	S	A	E	Q	L	T	G	E	K	A	Q	N	S	N	L	N	S	D	Q
Query Conservation																												.																								.
Alig confidence																	.											.																								.
Template Conservation																	.
Template Sequence		L	L	A	L	L	A	R	K	D	Y	D	T	T	P	P	.	V	V	R	W	L	N	E	Q	R	Y	Y	G	G	G	Y	G	S	T	Q	A	T	F	M	V	F	Q	A	L	A	Q	Y	Q	K	D	V	P	D	H	K	E	L	N	L	D	V	S	I	Q	L	P	S	R	N	S	A	V	R	H	R	I	L	W	E	S
Template Known Secondary structure								T	T		G	G	G				.											B	T	T	B	B		S																		S			S	T	T										S	S	S	S	S								S	S	S
Template Predicted Secondary structure																	.
Template SS confidence
		1236	.	.	.	1240	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1250		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1260	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1270	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1280	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1290	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1300	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1310	.	.	.	.
		1471	.												.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1490	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1500	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1510	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1520	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1530	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Predicted Secondary structure				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query SS confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Query Sequence		L	V	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	T	L	Q	V	S	N	S	G	D	Q	P	L	W	L	R	M	D	A	S	G	Y	P	Q	S	A	P	L	P	A	N	N	V	L	Q	I	E	R	H	I	L	G	T	D	G	K	S	K	S	L	D	S	L	R	S	G	D	L	V	L	V	W	L	Q	V	K	A	S
Query Conservation				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Alig confidence				.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.																																																			.	.
Template Conservation																																																																	.	.
Template Sequence		A	S	L	L	R	S	E	E	T	K	E	N	E	R	F	T	V	K	A	E	G	K	G	Q	G	T	L	S	V	V	T	V	Y	H	A	K	L	K	G	K	V	S	C	K	K	F	D	L	R	V	S	I	R	P	A	P	E	T	V	K	K	P	Q	.	.	D	A	K	G	S	M	I	L	D	I	C	T	K	Y	L
Template Known Secondary structure		S		S							S	S										S	S																	T	T	S	S		B	S												T	T	S				T	.	.	T	S	S
Template Predicted Secondary structure																																																																	.	.
Template SS confidence
		1315	.	.	.	.	1320	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1330	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1340	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1350	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1360	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1370	.	.	.	.	.	.	.			.	.	1380	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1390	.	.
		1540	.	.		.	.	.	.	.	.	.	1550		.	.	.	.	.	.	.	.	.	1560	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1570	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1580	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1590	.	.	.					.	.	.	.	.	.	1600	.	.	.	.	.	.	.	.	.		1610	.	.
Predicted Secondary structure					.									.																																												.	.	.	.																	.
Query SS confidence					.									.																																												.	.	.	.																	.
Query Sequence		N	S	V	.	P	D	A	L	V	V	D	L	.	L	P	A	G	L	E	L	E	N	Q	N	L	A	N	G	S	A	S	L	E	Q	S	G	G	E	V	Q	N	L	L	N	Q	M	Q	Q	A	S	I	K	H	I	E	F	.	.	.	.	R	D	D	R	F	V	A	A	V	A	V	D	E	Y	Q	P	.	V	T	L
Query Conservation					.									.																																												.	.	.	.																	.
Alig confidence					.									.																							.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.							.	.	.	.																	.
Template Conservation																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template Sequence		G	D	Q	D	A	T	M	S	I	L	D	I	S	M	M	T	G	F	S	P	D	V	E	D	L	K	T	L	S	T	G	V	D	R	Y	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	I	S	K	Y	E	M	N	R	D	S	N	K	N	T	L	I	I	Y	L	D	K	V	S	H	T	V	E	D	C	L
Template Known Secondary structure		S	S	S		B		S									T	T														S	S	B		S	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.		S						S	S	S	S	S								S		B		S	S	S
Template Predicted Secondary structure																																					.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.	.
Template SS confidence
		1393	.	.	.	.	.	.	1400	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1410	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1420	.	.	.	.	.	.	.																.	.	1430	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1440	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1450	.	.	.	.	.	.	.
		1613	.	.	.	.	.	.	1620	.	.	.	.	.	.	.	.		.	1630	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1640	.	.
Predicted Secondary structure																		.
Query SS confidence																		.
Query Sequence		V	Y	L	A	R	A	V	T	P	G	T	Y	Q	V	P	Q	.	P	M	V	E	S	M	Y	V	P	Q	W	R	A	T
Query Conservation																		.
Alig confidence																		.
Template Conservation
Template Sequence		S	F	K	V	H	Q	Y	F	N	V	G	L	I	Q	P	G	A	V	K	V	Y	S	Y	Y	N	L	D	E	T	C	I
Template Known Secondary structure									S				S											T	T
Template Predicted Secondary structure
Template SS confidence
		1458	.	1460	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1470	.	.	.	.	.	.	.	.	.	1480	.	.	.	.	.	.	.	.